Stage Bioinfo NGS pour le diagnostic MSI et biomarqueurs

SFBI; Paris; On-site; EUR 7,800 - 12,000; Part time

Job summary

Centre de Recherche Saint Antoine cherche un stagiaire en analyse de données NGS pour le diagnostic des cancers MSI. Stage de 6 mois en Master 2, à Paris, sous supervision d’une équipe de recherche pluridisciplinaire.

Le candidat doit maîtriser Linux, Python et/ou R, et connaître les formats NGS (FASTQ, BAM, VCF). Développement de pipelines (Nextflow/Snakemake) et analyses statistiques associées.

Qualifications

• Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur en bioinformatique, biostatistique ou équivalent.
• Bonne pratique de Linux, Python et/ou R, scripting shell.
• Connaissance des formats et outils NGS (FASTQ, BAM, VCF, GATK, samtools…)

Responsibilities

• Traiter les données NGS: QC, alignement, appel de variants, analyse des microsatellites.
• Concevoir et exécuter des pipelines reproductibles (Nextflow ou Snakemake, conteneurs).
• Réaliser des analyses statistiques et les relier aux données cliniques (survie, réponse au traitement).
• Utiliser des jeux de données publics (TCGA, CPTAC).
• Présenter les résultats en réunion d’équipe et rédiger un rapport.

Skills

Linux

Python

R

Shell scripting

Education

Master 2 en bioinformatique

Tools

FASTQ

BAM

VCF

GATK

samtools

Job description

Centre de Recherche Saint Antoine cherche un stagiaire en analyse de données NGS pour le diagnostic des cancers MSI. Stage de 6 mois en Master 2, à Paris, sous supervision d’une équipe de recherche pluridisciplinaire.

Le candidat doit maîtriser Linux, Python et/ou R, et connaître les formats NGS (FASTQ, BAM, VCF). Développement de pipelines (Nextflow/Snakemake) et analyses statistiques associées.