Analyse de données NGS pour le diagnostic des cancers MSI

SFBI; Paris; On-site; EUR 7,800 - 12,000; Part time

Job summary

Centre de Recherche Saint Antoine cherche un stagiaire en analyse de données NGS pour le diagnostic des cancers MSI. Stage de 6 mois en Master 2, à Paris, sous supervision d’une équipe de recherche pluridisciplinaire.

Le candidat doit maîtriser Linux, Python et/ou R, et connaître les formats NGS (FASTQ, BAM, VCF). Développement de pipelines (Nextflow/Snakemake) et analyses statistiques associées.

Qualifications

• Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur en bioinformatique, biostatistique ou équivalent.
• Bonne pratique de Linux, Python et/ou R, scripting shell.
• Connaissance des formats et outils NGS (FASTQ, BAM, VCF, GATK, samtools…)

Responsibilities

• Traiter les données NGS: QC, alignement, appel de variants, analyse des microsatellites.
• Concevoir et exécuter des pipelines reproductibles (Nextflow ou Snakemake, conteneurs).
• Réaliser des analyses statistiques et les relier aux données cliniques (survie, réponse au traitement).
• Utiliser des jeux de données publics (TCGA, CPTAC).
• Présenter les résultats en réunion d’équipe et rédiger un rapport.

Skills

Linux

Python

R

Shell scripting

Education

Master 2 en bioinformatique

Tools

FASTQ

BAM

VCF

GATK

samtools

Job description

Analyse de données NGS pour le diagnostic des cancers MSI

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterCentre de Recherche Saint Antoine·Paris (France)

Date de prise de poste : 11 janvier 2027

L’ÉQUIPE

L’équipe dirigée par le professeur Alex Duval (DR Inserm) étudie depuis de nombreuses années les tumeurs à instabilité des microsatellites (MSI), liées à un déficit du système de réparation des mésappariements de l’ADN (dMMR). Ses travaux couvrent les mécanismes de la cancérogenèse MSI, la réponse à la chimiothérapie et la résistance à l’immunothérapie, avec une forte orientation translationnelle vers de nouveaux biomarqueurs et outils diagnostiques.

L’équipe compte environ 45 personnes (chercheurs, cliniciens, ingénieurs, doctorants) et fait partie du SIRIC CURAMUS, en lien étroit avec l’AP-HP.

CONTEXTE ET OBJECTIFS

Le statut MSI est un biomarqueur majeur en oncologie : il conditionne l’accès aux inhibiteurs de checkpoints immunitaires dans le cancer colorectal, de l’endomètre, de l’estomac et d’autres localisations. Pourtant, une fraction des patients MSI ne répond pas à l’immunothérapie, et la détection du statut MSI par NGS reste hétérogène selon les méthodes et les panels.

Le stage vise à exploiter des données de séquençage (panels ciblés, exomes, RNA-seq) issues de cohortes cliniques privées et publiques pour :

• évaluer et améliorer les approches de détection du statut MSI par NGS
• identifier des marqueurs génomiques associés à la réponse ou à la résistance à l’immunothérapie (mutations des microsatellites codants, TMB, signatures mutationnelles, microenvironnement immunitaire)

• Traitement de données NGS : QC, alignement, appel de variants, analyse des microsatellites
• Développement et exécution de pipelines reproductibles (Nextflow ou Snakemake, conteneurs)
• Analyses statistiques et intégration aux données cliniques (survie, réponse au traitement)
• Exploitation de jeux de données publics (TCGA, CPTAC)
• Restitution des résultats en réunion d’équipe, rédaction d’un rapport

PROFIL RECHERCHÉ

• Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur en bioinformatique, biostatistique ou équivalent
• Bonne pratique de Linux, Python et/ou R, scripting shell
• Connaissance des formats et outils NGS (FASTQ, BAM, VCF, GATK, samtools…)
• Un intérêt pour l’oncologie et la génomique du cancer est un vrai plus
• Expérience en HPC appréciée
• Rigueur, autonomie, goût du travail en équipe pluridisciplinaire

Date limite : 14 décembre 2026

Offre publiée le 6 octobre 2026, affichage jusqu'au 14 décembre 2026