Ingénieur·e des données de spectrométrie de masse pour l'élucidation structurale (H/F)

CEA; Saclay; Hybride; EUR 45 000 - 75 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Télétravail

Restaurant d’entreprise

Transports pris en charge 75%

Navettes depuis Paris

CE riche en avantages

Résumé du poste

Le CEA à Saclay recherche un ingénieur·e des données pour développer des workflows haute débit en spectrométrie de masse et contribuer à l’élucidation structurale des petites molécules. Vous participerez à la création de bases de données MS/MS et à leur diffusion auprès de la communauté scientifique.

Cette mission s’inscrit dans l’infrastructure MetaboHUB et le projet e-Lucid, avec une collaboration étroite avec les chimistes et les développeurs IA, et des possibilités de télétravail.

Qualifications

• Vous êtes titulaire d'un diplôme d'ingénieur ou d'un master 2 en informatique et vous avez une spécialisation en sciences des données.
• Vous avez une solide formation en programmation Python, en traitement des données, en gestion de workflow (e.g., Nextflow, Galaxy) et en bases de données (e.g., PostgreSQL).
• Vous avez si possible une expérience des données de spectrométrie de masse MS/MS.
• Vous aimez le travail d'équipe en interaction étroite avec les développeurs en IA et les expérimentateurs chimiques.

Responsabilités

• Développer des workflows pour planifier les acquisitions, rechercher les métadonnées et traiter les spectres.
• Indexer, harmoniser et formater les données dans des bases pour l'entraînement IA.
• Diffuser les bases et les librairies logicielles dans un cadre FAIR auprès de la communauté.

Connaissances

Python programming

Data processing

Workflow management

PostgreSQL

Formation

Diplôme d'ingénieur ou Master 2 en informatique

Outils

Nextflow

Galaxy

PostgreSQL

Description du poste

Ingénieur·e des données de spectrométrie de masse pour l'élucidation structurale (H/F)

Description du poste

Mathématiques, information scientifique, logiciel

Intitulé de l'offre

Ingénieur·e des données de spectrométrie de masse pour l'élucidation structurale (H/F)

Durée du contrat (en mois)

24 mois

Description de l'offre

La création de bases de données de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) est un enjeu majeur pour l’entrainement de modèles d’IA afin de prédire la structure des petites molécules [1]. La constitution de telles bases de données nécessite le développement de workflows computationnels pour planifier les acquisitions, traiter les données, et les formater [2]. Dans le cadre de l’infrastructure de métabolomique (MetaboHUB) et du projet d’IA pour l’élucidation structurale (e-Lucid), de nouvelles données MS/MS multi-modales sont en cours d’acquisition (multiplicité des technologies et des conditions de fragmentation).
[1] Rutz,A. et al. (2026) MultiMS2: A curated multi-modal, multi-energy spectral library for metabolomics. Gigascience. (https://doi.org/10.1093/gigascience/giag069).
[2] Brungs,C. et al. (2025) MSnLib: efficient generation of open multi-stage fragmentation mass spectral libraries. Nat Methods, 1–4. (https://doi.org/10.26434/chemrxiv-2024-l1tqh-v3).
Vous êtes une personne passionnée par l'informatique appliquée à la chimie et souhaitez contribuer à l'excellence de la recherche scientifique ? Rejoignez‑nous en tant qu'ingénieur·e des données et participez au développement des workflows computationnels haut-débit pour traiter ces données, créer les bases de données et les diffuser dans la communauté !

En tant qu'ingénieur informaticien·ne, vos missions sont :

• Le développement de workflows pour la planification des acquisitions, la recherche des métadonnées associées aux molécules, le traitement des spectres, et leur matching avec les grandes bases de données spectrales publiques.
• L'indexation de ces données, leur harmonisation et leur formatage au sein de bases de données pour l’entrainement des modèles d'IA.
• La diffusion de ces bases de données et des librairies logicielles de traitement dans un contexte FAIR auprès des communautés informatiques et expérimentales.

Vous travaillerez au sein de l'équipe Odiscé (https://odisce.github.io/) du CEA à Saclay (https://www.cea.fr/), spécialisée depuis plus de 15 ans dans le développement de méthodes en informatique mathématique (traitement du signal, machine learning, chémoinformatique, gestion de workflows) et de librairies logicielles innovantes en sciences des données de spectrométrie de masse pour la métabolomique de population. Les données et algorithmes sont mis à disposition de la communauté notamment grâce à une suite logicielle (https://github.com/odisce), également disponible sous Galaxy/Workflow4Metabolomics (https://workflow4metabolomics.org/).

Profil du candidat

Vous êtes titulaire d'un diplôme d'ingénieur ou d'un master 2 en informatique et vous avez une spécialisation en sciences des données.

Vous avez une solide formation en programmation Python, en traitement des données, en gestion de workflow (e.g., Nextflow, Galaxy) et en bases de données (e.g., PostgreSQL).

Vous avez si possible une expérience des données de spectrométrie de masse MS/MS.

Vous aimez le travail d'équipe en interaction étroite avec les développeurs en IA et les expérimentateurs chimistes.

Pourquoi nous rejoindre ?
En rejoignant le CEA, vous intégrez un environnement de recherche dynamique et innovant où vous avez l’opportunité d’apprendre, de grandir et de jouer un rôle clé au sein d’une unité d’excellence.

Les à-côtés de votre mission principale peuvent vous intéresser :

• Un écosystème de recherche à la pointe, dédié à des thématiques à fort enjeu sociétal.
• Des formations pour renforcer vos compétences et booster votre carrière.
• Un équilibre vie privée/vie professionnelle reconnu et facilité par des possibilités de télétravail.
• Un CE riche en avantages sociaux, culturels et sportifs.
• Des avantages pratiques : restaurant d’entreprise, transport pris en charge à 75%, navettes dédiées depuis Paris, et bien plus encore.

Conformément aux engagements pris par le CEA en faveur de l'intégration des personnes handicapées, cet emploi est ouvert à toutes et à tous. Le CEA propose des aménagements et/ou