Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

CNRS; Strasbourg; Sur place; EUR 60 000 - 80 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche à Strasbourg recrute un Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F) pour des analyses de données de séquençage de nouvelle génération. Le candidat idéal possède un master en bioinformatique, une bonne maîtrise des langages R et Python, et des compétences en analyse de données transcriptomiques. Ce poste, de 12 mois, offre un environnement stimulant et international.

Qualifications

• Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire.
• Une expérience dans l'utilisation des langages R ou Python est nécessaire.
• Une connaissance en biologie est préférable.
• Expérience dans l'analyse de données transcriptomiques souhaitée.

Responsabilités

• Réaliser des analyses bioinformatiques de données de séquençage.
• Effectuer des contrôles de qualité des lectures.
• Quantifier l'expression des gènes et analyser l'expression différentielle.
• Contribuer à des analyses intégratives et de biologie des systèmes.

Connaissances

Recherche en bioinformatique

Langages R

Langages Python

Analyse de données transcriptomiques

Autonomie

Travail en équipe

Formation

Master en bioinformatique ou similaire

Outils

Slurm

Conda

Snakemake

Description du poste

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Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Date Limite Candidature : mardi 21 octobre 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l\'offre : Ingénieur d\'études en bioinformatique (H/F)
Référence : UPR3212-PIELUT0-012
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : mardi 30 septembre 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d\'embauche prévue : 1 novembre 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : à partir de 2521.95 euros bruts par mois selon expérience
Niveau d\'études souhaité : BAC+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l\'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en traitement de donnees

Missions

La personne recrutée contribuera à remplir les objectifs de notre équipe en terms d\'analyse bioinformatique de données de séquençage de nouvelle génération.

Activités

La personne recrutée sera responsable de la réalisation d\'analyses bioinformatiques de données de séquençage de nouvelle génération portant sur l\'expression des gènes (généées en utilisant une approche de 3’RNA-Seq).

Cette activité impliquera notamment :

• la réalisation de contrôles qualités des lectures et leur alignement sur le génome murin de référence
• la quantification de l\'expression des gènes et l\'analyse d\'expression différentielle entre groupes de réplicats biologiques

Dans un second temps, la personne recrutée sera amenée à réaliser des analyses intégratives et de biologie des systèmes, qui consisteront à construire des réseaux de co-expression génique (approche MEGENA), puis à annoter ces réseaux et les modules qui les composent (en utilisant des groupes de gènes définis comme affectés par notre condition biologique d’intérêt, connu pour remplir une fonction biologique commune, enrichis en polymorphismes génétiques associés chez l’homme aux pathologies psychiatriques, etc).

Compétences

1. Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire (niveau master au minimum).
2. Une expérience préalable dans l\'utilisation des langages R ou Python (de préférence R) est nécessaire, ainsi que des connaissances en biologie.
3. Une expérience dans les domaines suivants est également souhaitée : traitement et l\'analyse de données transcriptomiques ; utilisation d\'un centre de calcul et d\'un gestionnaire de tâches (par exemple Slurm) ; utilisation d\'environnements virtuels (par exemple Conda) ; utilisation de pipelines d\'analyses standardisés (par exemple Snakemake).
4. La personne recrutée devra faire preuve d\'autonomie et d\'organisation.
5. La personne recrutée sera amenée à travailler en équipe avec les personnels du laboratoire impliqués dans ce projet.

Contexte de travail

La personne recrutée intégrera l\'équipe « Douleurs et Psychopathologie » à l\'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI UPR3212). Il/Elle participera au projet « Analyse multi-régions des adaptations transcriptomiques impliquées dans les conséquences émotionnelles à long terme de la douleur neuropathique chronique », mené grâce à un financement de la Fondation de France. Notre institut offre un environnement de travail stimulant, convivial et international, puisque de très nombreuses nationalités sont représentées.

Contraintes et risques

Les contraintes sont celles liées au travail sur ordinateur.