Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

CNRS; Montpellier; Sur place; EUR 60 000 - 80 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche à Montpellier cherche un Ingénieur d'études en bioinformatique. Le candidat idéal aura des compétences en bio-informatique, en traitement de données de séquençage et en programmation. Ce rôle consiste à concevoir la gestion des données en génomique évolutive et à former les membres de l'équipe aux techniques nécessaires. Un contrat de 18 mois est proposé avec une rémunération à partir de 2 521,95€ selon l'expérience.

Qualifications

• Connaissances approfondies en bio-informatique et traitement des données de séquençage.
• Capacité à utiliser des méthodes bioinformatiques et biostatistiques.
• Intérêt pour la biologie évolutive et la génomique des populations.

Responsabilités

• Concevoir la gestion des données de séquençage en génomique évolutive.
• Former les membres du projet aux techniques de traitement des données.
• Assurer la veille technologique et l'interface avec les plateformes d’analyse.

Connaissances

Bio-informatique et traitement des données de séquençage

Calcul GPU

Langages : Bash, Python, R

Gestion de workflows

Anglais avancé

Travail en équipe

Formation

BAC+3/4

Outils

Outils bioinformatiques

Environnements informatiques (Linux, Mac, Windows)

Description du poste

Portail > Offres > Offre UMR5175-THOLEN-009 - Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)

Date Limite Candidature : samedi 29 novembre 2025 23:59:00 heure de Paris

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Ingénieur d'études en bioinformatique (H/F)
Référence : UMR5175-THOLEN-009
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : samedi 8 novembre 2025
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : à partir de 2 521,95 € et selon expériences
Niveau d'études souhaité : BAC+3/4
Expérience souhaitée : Indifférent
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en traitement de donnees

Missions

Concevoir et organiser la gestion et le traitement bio-informatique de données de séquençage en génomique évolutive

Activités

• Utiliser couramment des méthodes bioinformatiques et biostatistiques pour analyser des données génomiques et pour participer activement à la recherche menée en génomique évolutive sur le projet RegEvol
• Conseiller, assister et former les membres du projet aux diverses techniques de traitement des données de séquençage dans différents environnements (clusters de calcul, cloud, Linux, Mac et Windows)
• Concevoir et mettre en œuvre des protocoles de gestion et stockage des données
• Assurer la veille technologique pour connaître les nouvelles techniques et les nouveaux logiciels et assurer l’interface avec les plateformes d’analyse et de calcul.

Compétences

• Connaissances et savoir-faire approfondis en bio-informatique et traitement des données de séquençage (par exemple assemblage, transcriptomique, mapping, variant calling, sur des données Illumina, ONT, PacBio).
• Connaissances en calcul GPU
• Connaissances en langage (Bash, Python, R, conda, slurm) et environnements informatiques
• Capacité à explorer et à mettre en place l'utilisation de logiciels/outils spécifiques aux besoins des analyses « downstream » (expression différentielle, outils de génomique des populations et d’évolution moléculaire, cartographie génétique etc), ainsi que d'outils de gestion de workflows
• Intérêt pour la biologie évolutive et la génomique des populations
• Anglais avancé
• Forte capacité au travail en équipe et en interaction

Contexte de travail

La personne passera la plupart du temps dans le groupe d'Ecologie Génétique et Evolutive (GEE, ~40 personnes) du Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), un grand institut de recherche axé sur l'écologie et l'évolution situé à Montpellier, dans le sud de la France, avec d'éventuelles visites de partenaires du projet ailleurs en France. Le poste fait partie d'un projet ERC avancé ('RegEvol', Thomas Lenormand), qui aborde de nouvelles idées et prédictions théoriques sur le rôle de l'évolution des régulateurs de l’expression de gènes pour plusieurs sujets fondamentaux importants en biologie évolutive (chromosomes sexuels, maintien du sexe, complexité des réseaux de gènes, etc.). La personne recrutée rejoindra l'équipe travaillant sur ce projet, comprenant Aline Muyle, Christoph Haag, Denis Roze, Sylvain Glémin, et Thomas Lenormand, ainsi que d'autres personnes recrutées sur le projet. Elle travaillera aussi en coordination avec le pôle informatique du CEFE et plusieurs bio-informaticiens recrutés sur des projets spécifiques. A l’extérieur du CEFE, elle sera en contact important avec les ingénieurs de la plateforme MBB (Montpellier Bio-informatique Biodiversité et Génomique Environnementale) et des autres plateformes de bio-informatique à l’échelle Montpellieraine et nationale. La personne recrutée rejoindra ainsi un environnement de travail très riche, diversifié, et scientifiquement stimulant Elle s’appuiera sur des ressources mutualisées et des architectures de pointe de calcul intensif (High Performance Computing, bigmem, machines GPU), de traitement massif de données et de cloud, proposés au laboratoire, au niveau régional et national. Le contrat pourra éventuellement être renouvelé.

Contraintes et risques

RAS