Ingénieur d'étude en optique (H/F)

Cnrs Inc; Marseille; On-site; EUR 42,000 - 60,000; Full time

Job summary

CNRS recrute pour le service MOSAIC de l’Institut Fresnel un chercheur en microscopie à profondeur de champ étendue. Vous concevrez et optimiserez un montage optique, piloterez les acquisitions et effectuerez des traitements d’images, avec rédaction de rapports et publications.

Le poste s’exerce en laboratoire, avec collaboration avec des biologistes et plateformes d’imagerie. Exigence d’autonomie, rigueur et travail en équipe, conditions de sécurité laser et biologique respectées.

Qualifications

• Connaissances en optique et imagerie et en super-résolution.
• Maîtrise des méthodes d’imagerie et des paramètres d’acquisition.
• Compétences en traitement d’images et statistiques appliquées à l’imagerie.

Responsibilities

• Participer à la conception et à l’optimisation du montage optique et des illuminations speckle.
• Acquérir et traiter des images EDF-RIM et 2D-RIM sur échantillons fluorescents.
• Développer et utiliser les chaînes de traitement d’images et effectuer des reconstructions et comparaisons.

Skills

Optique physique

Imagerie de fluorescence

Microscopie avancée

Traitement d’images

Programmation scientifique

Analyse quantitative

Rédaction scientifique

Anglais technique

Tools

Python

MATLAB

Job description

Missions: Mener un travail de recherche expérimental et méthodologique en microscopie à profondeur de champs étendue: conception, mise au point instrumentale, acquisition d’images, analyse quantitative et valorisation scientifique. Le travail inclut les échanges avec les membres de l’équipe et les collaborateurs, ainsi que la rédaction de rapports, d’articles.
Activités:

• Participer à la conception et à l’optimisation du montage optique: génération d’illuminations speckle, balayage focal rapide par lentille accordable électriquement, calibration de la PSF EDF et des autocorrélations d’illumination.
• Acquérir des images EDF-RIM, EDF grand champ et 2D-RIM sur échantillons fluorescents: cytosquelette d’actine, épithéliums, tissus embryonnaires ou autres modèles fournis par les collaborations biologiques.
• Développer et utiliser les chaînes de traitement d’images: calcul de variance, reconstruction super-résolue, comparaison avec déconvolution grand champ, estimation de topographie et rendu 3D des signaux projetés.
• Caractériser les performances: résolution latérale, contraste, suppression du fond, robustesse aux aberrations, vitesse d’acquisition, dose lumineuse et comparaison aux acquisitions plan par plan.
• Rédiger des rapports d’avancement, communications, articles scientifiques et mémoire de thèse.

Contexte de travail:
Conditions de travail: Temps plein ; travail en laboratoire de microscopie et sur poste informatique ; respect des règles de sécurité laser et biologique ; déplacements ponctuels possibles pour collaborations, formations, réunions ou conférences.
Contexte d’exercice du poste: Poste exercé à l’Institut Fresnel, service MOSAIC, dans un environnement interdisciplinaire associant instrumentation optique, traitement d’images et applications à des échantillons biologiques. Collaborations possibles avec des plateformes d’imagerie et laboratoires partenaires.
Moyens mis à disposition: Salle expérimentale de microscopie, montage optique RIM/EDF-RIM, sources laser, diffuseur ou modulateur spatial de lumière, lentille accordable électriquement, caméras, objectifs, échantillons préparés avec les collaborateurs, bureau, ordinateur personnel et moyens de calcul/analyse.
Principaux interlocuteurs: Loïc Le Goff, Anne Sentenac, Frédéric Galland, Marc Allain, membres de l’équipe MOSAIC et collaborateurs biologistes/plateformes d’imagerie associés au projet EDF-RIM.

Conditions particulières d'exercice

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde: 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers) , en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Profil recherché

Competences:

• Optique physique, imagerie de fluorescence, microscopie avancée et principes de super-résolution.
• Microscopie à illumination structurée ou aléatoire, speckles, profondeur de champ étendue, PSF et aberrations optiques.
• Traitement d’images, statistiques, problèmes inverses, notions de programmation scientifique et analyse quantitative.
• Bases de biologie cellulaire et tissulaire utiles à l’imagerie de cellules, épithéliums et tissus embryonnaires.
• Aligner, calibrer et exploiter un microscope optique de recherche intégrant lasers, caméras, objectifs, lentille accordable et génération de speckles.
• Piloter les acquisitions, organiser les données, programmer ou adapter des scripts d’analyse sous Python/Matlab ou environnement équivalent.
• Quantifier les performances instrumentales et comparer des modalités d’imagerie sur des critères reproductibles.
• Rédiger des documents scientifiques en français et en anglais et présenter les résultats à l’oral.
• Rigueur expérimentale, autonomie progressive, curiosité scientifique et sens critique.
• Goût pour le travail interdisciplinaire à l’interface physique-biologie et capacité à dialoguer avec des collaborateurs.
• Organisation, fiabilité dans la tenue des cahiers d’expérience et respect des règles de sécurité, notamment laser et laboratoire.
• Assiduité sur les horaires correspondant à un temps plein.

Contraintes et risques:

Présentation de Cnrs

Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.