Ingénieur bioinformatique et laboratoire (F/H)

Université de Montpellier; Montpellier; Hybrid; EUR 24,000 - 26,000; Full time

Benefits offered by this job

Jusqu’à 46 jours de congés/an

Télétravail jusqu’à 2 jours/semaine

Restauration collective

Aide sociale et transport

Activités sportives et culturelles

Aide parentalité

Job summary

Service Formation Continue de l'Université de Montpellier recrute pour le projet BiodivMed 2024; vous participerez au développement d’indicateurs écologiques à partir de l’ADN environnemental et réaliserez des analyses bio-informatiques sur des échantillons marins.

Vous effectuerez des analyses en laboratoire et en informatique, participerez à la veille technologique et contribuerez au fonctionnement du groupe.

Qualifications

• Compétences en bio-informatique et analyse de données de séquençage haut débit.
• Maîtrise des outils d’analyse de séquençage haut débit et des pipelines.
• Programmation (Python, R, Bash) et gestion de workflows.

Responsibilities

• Réaliser des analyses de métabarcoding et SNP calling.
• Conduire des expériences en laboratoire et optimiser les protocoles.
• Concevoir et exécuter des workflows sur cluster de calcul et participer à la rédaction de rapports.

Skills

Bio-informatique

Python

R

Shell

Analyse de données

Education

Master Biologie/ Bioinformatique

Tools

NGS

MinION

Job description

Intitulé du projet :

BiodivMed 2024 : réseau de surveillance de la biodiversité marine méditerranéenne

Acronyme du projet :

biodivmed

Durée globale du projet :

3 ans

Description sommaire du projet :

Échantillonner l'ADNe sur 45 sites côtiers et 55 sites hauturiers en Méditerranée en intégrant à la fois des sites impactés et des sites protégés. Ces sites sont complémentaires de l'opération réalisée en 2023.

Mission principale :

La personne recrutée participera au développement de nouveaux indicateurs écologiques à partir de l’ADN environnemental (diversité génétique, abondance). Elle réalisera les analyses bio-informatiques des projets concernés et sera amenée à conduire des expériences au laboratoire. Elle participera à la veille technologique et au fonctionnement du groupe.

Définition des tâches à accomplir :

Analyses de métabarcoding, SNP calling, assemblage de génomes et autres traitements de données de séquençage (MinION, NGS), design d’amorces ; veille bibliographique ; travaux de laboratoire (extraction, amplification, capture, tests d’amorces) ; participation à la base de référence ; programmation (Python, C, R, bash) et réalisation de workflows sur cluster de calcul ; aide au stockage et à l’analyse des données ; appui aux analyses de génétique des populations ; appui à l’organisation des réunions de projet, aux commandes et à la rédaction de rapports.

Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat :

Réaliser le metabarcoding de l'ADNe sur ces échantillons pour les poissons et les crustacés en milieu côtier et en ajoutant les mammifères marins pour le milieu hauturier. Le livrable sera un fichier de données

Spécificités / Contraintes du poste :

Travail en laboratoire de biologie moléculaire (manipulations) en complément des analyses bio-informatiques.

Qualifications / Domaine de formation demandé :

Compétences en bio-informatique (analyse de données de séquençage haut débit, métabarcoding de l’ADN environnemental, filtrage de données SNP, extraction de données) ; maîtrise des outils d’analyse de séquençage haut débit ; programmation (Python, C, R, bash) ; bases solides en biologie moléculaire ; connaissances en statistiques et en génétique des populations

Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif.

Nos avantages :

• Dispositifs de développement des compétences: accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes
• Jusqu’à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30)
• Temps de travail aménageable
• Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM)
• Restauration collective
• Aide et prestations sociales
• Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville
• Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université
• Soutien à la parentalité: club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade
• Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité

Informations complémentaires :

Rémunération :

de 2160€ à 2325€ bruts mensuels, dont 200€ d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime)

Prise de poste :

Janvier

Type de contrat :

CDD de catégorie A

Durée du contrat :

13 mois

Clôture des candidatures :

06/12/2026