Ingénieur Bio-Informatique — Pipelines & Données Médicales

Centre Hospitalier Universitaire; Limoges; On-site; EUR 50,000 - 70,000; Full time

Job summary

Le Centre Hospitalier Universitaire de Limoges recrute un ingénieur bio-informaticien pour développer et intégrer des outils destinés à la biologie médicale et à la recherche.

Vous conduirez des pipelines, assurerez la qualification et la traçabilité des données, et contribuerez à l’accréditation des méthodes utilisées en laboratoire. Travail en équipe avec biologistes, cliniciens et services informatiques.

Qualifications

• Maîtrise des principes de bio-informatique appliquée à la biologie médicale et aux données de séquençage haut débit.
• Maîtrise des environnements Linux et des outils en ligne de commande.
• Compétences en programmation et scripting, notamment Python, Bash ou équivalents.
• Connaissance des formats biologiques: FASTQ, BAM/CRAM, VCF, BED, GFF/GTF.
• Capacité à concevoir, développer, tester, documenter et maintenir des outils bio-informatiques.
• Capacité à intégrer des outils existants dans un environnement de production diagnostique ou de recherche.
• Maîtrise des gestionnaires de workflows bio-informatiques (Nextflow, Snakemake).
• Connaissance des conteneurisation (Docker, Singularity).
• Maîtrise des outils de versioning (Git, GitLab, GitHub).
• Connaissance des bases de données biologiques et de la traçabilité des données.
• Connaissance des principes de reproductibilité et de validation des méthodes bio-informatiques.

Responsibilities

• Développement et intégration d’outils bio-informatiques et pipelines d’analyse.
• Analyse des données biologiques et production de rapports interprétables.
• Gestion, structuration et traçabilité des données de laboratoire.
• Participation à l’accréditation et à la documentation qualité.
• Formation et support des utilisateurs des outils bio-informatiques.

Skills

Bio-informatique

Linux

Python

Bash

Data formats

Outils pipelines

Workflows

Docker/Singularity

Git/GitLab/GitHub

Bases de données

Qualité/reproductibilité

Education

Bac +5 Bio-informatique (École d’Ingénieur, Master…)

Tools

Nextflow

Snakemake

Docker

Singularity/Apptainer

GitLab

GitHub

Job description

Le Centre Hospitalier Universitaire de Limoges recrute un ingénieur bio-informaticien pour développer et intégrer des outils destinés à la biologie médicale et à la recherche.

Vous conduirez des pipelines, assurerez la qualification et la traçabilité des données, et contribuerez à l’accréditation des méthodes utilisées en laboratoire. Travail en équipe avec biologistes, cliniciens et services informatiques.