Développement des méthodes d'analyses bioinformatiques de données ribo-seq

SFBI; Marseille; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche en bioinformatique recherche un stagiaire pour analyser des données ribo-seq de virus géants à Marseille. Vous serez chargé de développer des techniques bioinformatiques et de présenter les résultats. Le stage dure 6 mois et nécessite un Master en bioinformatique ou bio-analyse. CV et lettre de motivation à envoyer à l'adresse fournie.

Qualifications

• Formation en bioinformatique ou bio-analyse préférable.
• Autonomie et intérêt pour le développement informatique requis.

Responsabilités

• Mettre en place des techniques bioinformatiques de ribo-seq.
• Identifier et mettre en œuvre des programmes adaptés.
• Présenter les analyses au responsable scientifique.

Connaissances

Bioinformatique

Développement informatique

Autonomie

Intérêt pour la biologie

Formation

Bac+5 / Master en bioinformatique ou bio-analyse

Description du poste

Développement des méthodes d'analyses bioinformatiques de données ribo-seq

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterPACA Bioinfo - Information Génomique et Structurale - UMR 7256·Marseille 09 (France)

riboseq rnaseq virus géant séquençage

Projet de stage

Depuis la caractérisation de mimivrus en 2003 plusieurs virus géants ont été découverts donnant lieu à la création de diverses familles. Parmi elles, celle des Pandoraviridae regroupe certains des plus gros individus avec une particule de 1.2 µm, un génome d’ADN double brin d’environ 2.5 Mb contenant presque 2000 gènes dont 85 % sont de fonction inconnue. L’étude de ces génomes a montré que beaucoup de ces gènes pourraient correspondre à des gènes créés de novo à partir de régions non génétiques. Le laboratoire IGS tente de comprendre comment les Pandoraviridae créent de nouveaux gènes et l’impact sur leur évolution et leur physiologie (projet PandoNovo ANR‑22‑CE12‑0041). Une des étapes consiste à comprendre comment et quand ces gènes sont traduits lors du cycle infectieux. Pour cela le laboratoire s’appuie sur l’analyse bioinformatique à grande échelle du « traductome » du virus et de son hôte grâce à deux méthodes : le profilage ribosomique (ribo‑seq) et la protéomique par spectrométrie de masse à haut débit. Pour l’approche ribo‑seq, 18 échantillons ont été séquencés (6 points du cycle infectieux prélevés en triplicats). Brièvement, les ARNm ont été isolés avec leurs ribosomes, puis digérés en conservant les zones protégées par ces derniers. Ces séquences préservées ont été séquencées par la technologie Illumina. Le profilage ribosomique des ARNm au cours du cycle infectieux permettra de cartographier l’occupation des ribosomes et de caractériser en même temps la traduction des gènes de l’hôte et du virus géant (les gènes créés de novo mais également les gènes dits “cœurs”). Ceci permettra aussi de mettre en évidence les éléments régulateurs de la traduction. À plus long terme, l’analyse de ce type de données pourra être étendue à d’autres familles de virus géants présentant un cycle de réplication différent (cycle dit « strictement cytoplasmique » et les résultats comparés à ceux obtenus lors de ce stage (cycle « nucléocytoplasmique »).

Au sein de la plateforme PACA‑Bioinfo, le/la candidat(e) recruté(e) aura pour objectif de mettre en place les techniques de traitement et d’analyses bioinformatiques de données de “ribo‑seq” au travers d’une étude ciblée d’un virus géant et de son hôte. Il/Elle évoluera dans un environnement naturellement interdisciplinaire où il sera nécessaire de comprendre la biologie des organismes étudiés (ici le virus et son hôte) mais aussi les aspects informatiques pour la manipulation des données dans un contexte hautement technique (cluster de calcul). Il/Elle identifiera les programmes les plus performants et les mieux adaptés pour cette étude. Il/Elle les mettra en œuvre sur les données disponibles et si possible fournira un pipeline de traitement transposable à d’autres expériences. Dans une démarche de type projet, généralisable à d’autres environnements professionnels, il/elle mènera l’analyse des résultats et les présentera au responsable scientifique. Il/Elle suivra et participera à l’intégration du nouveau type de données dans l’écosystème du laboratoire en adéquation avec les principes FAIR de science ouverte.

Profil attendu du candidat

Le/la candidat(e) aura de préférence un parcours intégrant de la bioinformatique et/ou de la bio‑analyse ou un fort attrait pour l’une de ces disciplines. Il/Elle devra être autonome et montrer un réel intérêt pour les aspects de développement informatique à visée bio‑analyses.

Procédure

Pièces à fournir : CV, relevé de notes et classements du Master 1, lettre de motivation, lettre de recommandation éventuelle.

Sébastien Santini
[e-mail]

Offre publiée le 18 novembre 2025, affichage jusqu’au 19 décembre 2025.