Data Engineer Santé & NLP pour données cliniques

Centre Hospitalier Regional Universitaire; Brest; Hybrid; EUR 36,000 - 49,000; Full time

Job summary

Centre Hospitalier Régional Universitaire recrute un spécialiste pour le suivi technique du projet PARTAGES et l'accompagnement sur l'analyse textuelle des comptes rendus médicaux.

Vous contribuerez à l'orchestration et à l'évaluation des flux de données cliniques, au développement d'ETL et à la mise en œuvre des cas d'usage avec les corpus PARHAF/PARCOMED, en interface avec Health Data Hub et partenaires, en mode CDI/6 mois renouvelable selon expérience.

Qualifications

• Master 2 ou diplôme d’ingénieur en informatique, science des données, intelligence artificielle ou domaine équivalent.
• Première expérience, y compris académique, dans l’orchestration de flux de données ou le traitement automatique du langage est un atout.
• Le poste est ouvert aux profils juniors, y compris aux candidats en première expérience professionnelle.

Responsibilities

• Déploiement et maintien en conditions opérationnelles des composants du noeud local de la plateforme nationale d'évaluation fédérée
• Constitution et préparation des jeux de données locaux servant à l'évaluation : extraction, sélection, contrôle de conformité, documentation
• Exécution des campagnes d'évaluation des modèles fournis par le consortium sur les données réelles de l'établissement
• Production, contrôle et transmission des métriques d'évaluation au coordonnateur du projet
• Documentation du cadre réglementaire et de sécurité appliqué, traçabilité des traitements réalisés
• Interface technique avec les équipes du Health Data Hub et des autres partenaires ; participation aux points d'avancement et contribution aux rendus techniques attendus
• Exploration et cartographie des bases contenant des documents textuels : volumétrie, typologies de comptes rendus, métadonnées, chaînage aux séjours et aux patients
• Conception, développement et industrialisation des chaînes de traitement (ETL) d'extraction et de préparation des corpus, orchestrées sous Dagster- Mise en qualité des données : détection des anomalies, doublons, documents tronqués ou mal rattachés ; normalisation et documentation des corpus produits
• Définition et calcul des métriques d'évaluation des traitements (qualité des corpus, performance des modèles) et restitution aux équipes métier
• Mise en oeuvre technique des cas d'usage prioritaires retenus par le service, en s'appuyant sur les ressources ouvertes produites par PARTAGES (corpus PARHAF et PARCOMED, modèles open source) :
• Génération de comptes rendus fictifs (data augmentation)
• pseudonymisation automatique des comptes rendus médicaux
• Aide au codage médical automatisé à partir des comptes rendus (DIM)
• Utilisation, spécialisation et évaluation de modèles de langage sur les corpus annotés, sur l'infrastructure de calcul dédiée
• Documentation des travaux (code, jeux de données, résultats), versionnement sous Git et transfert de compétences auprès de l'équipe

Skills

Anglais scientifique

Conduite de projet

Éthique et déontologie médicales

Informatique / Systèmes d’information

Méthodes de recherche clinique

Vocabulaire médical

Education

Master 2 ou diplôme d’ingénieur en informatique, science des données, intelligence artificielle ou domaine équivalent

Job description

Centre Hospitalier Régional Universitaire recrute un spécialiste pour le suivi technique du projet PARTAGES et l'accompagnement sur l'analyse textuelle des comptes rendus médicaux.

Vous contribuerez à l'orchestration et à l'évaluation des flux de données cliniques, au développement d'ETL et à la mise en œuvre des cas d'usage avec les corpus PARHAF/PARCOMED, en interface avec Health Data Hub et partenaires, en mode CDI/6 mois renouvelable selon expérience.