Concours externe CNRS – Ingénieur.e d’étude – Challenges FBI

France-BioImaging; Montpellier; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

France-BioImaging recrute un.e ingénieur.e d’étude pour gérer les Challenges FBI sur la bioimagerie, au sein du Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier.

Les missions incluent la définition de thématiques de challenges, la collecte de données, et la coordination des annonces. Le candidat idéal doit avoir une solide culture en gestion de données scientifiques et maîtriser Python.

Un employeur engagé dans la recherche scientifique au service de la santé.

Qualifications

• Solide culture en gestion et structuration des données scientifiques.
• Maîtrise des principes FAIR et de leur implémentation.
• Bonnes connaissances en apprentissage profond appliqué à l’analyse d’images.

Responsabilités

• Définir les thématiques des challenges avec la communauté.
• Coordonner la collecte, le contrôle qualité et l’annotation des images.
• Mettre en place les outils pour l’organisation des challenges.

Connaissances

Gestion et structuration des données scientifiques

Apprentissage profond pour l’analyse d’images

Maîtrise de Python

Développement d’interfaces utilisateurs

Gestion de projets collaboratifs

Outils

Python

Javascript

HTML

Description du poste

Organisation: France-BioImaging

Location: LIRMM - Laboratoire d'informatique, de robotique et de microélectronique de Montpellier, Rue Ada, Montpellier, France

Position Description

France-BioImaging, infrastructure nationale de recherche en biologie et santé dédiée à la bioimagerie, recrute un.e ingénieur.e d’étude pour la gestion des Challenges FBI (compétition de machine learning). Le poste est rattaché au nœud transverse “Image Processing and Data Management” et basé à Montpellier où il sera intégré dans le Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM, UMR5506 CNRS/Université de Montpellier). En parallèle de ces missions, 20 % du temps de travail sera dédié à des actions locales au sein de LIRMM et à l’Institut de Science des Données de Montpellier (ISDM).

Responsibilities

• Participer à la définition des thématiques des challenges en lien avec la communauté (chercheurs, ingénieurs, laboratoires, développeurs IA)
• Formaliser et organiser les objectifs scientifiques, les spécifications des données et les critères d’évaluation
• Mobiliser la communauté pour la production de données
• Élaborer les protocoles d’acquisition, formuler des requêtes d’études détaillées des données collectées et organisées
• Coordonner la collecte, le contrôle qualité, l’annotation et la standardisation des images et métadonnées
• Structurer les jeux de données en conformité avec les principes FAIR
• Assurer la maintenance et l’évolution des bases de données
• Mettre en place les outils pour l’organisation des challenges (sites web, interfaces de soumission, plateformes d’évaluation)
• Administrer les systèmes d’information liés à la diffusion et à la gestion des données (base de données, API, hébergement)
• Garantir la sécurité, la fiabilité et l’accessibilité des services mis en ligne
• Solliciter activement les plateformes pour la contribution de données
• Organiser des réunions, sessions d’information ou webinaires
• Promouvoir les challenges via réseaux sociaux, conférences, etc.
• Répondre aux questions techniques, assurer le support
• Garantir une expérience utilisateur fluide tout au long du challenge (inscription aux résultats)
• Analyser les performances des méthodes, établir des classements, synthèses comparatives
• Participer à la rédaction d’articles scientifiques
• Assurer le dépôt des données et publications

Qualifications

Savoirs

• Solide culture en gestion et structuration des données scientifiques (data stewardship, bases de données, métadonnées)
• Maîtrise des principes FAIR et de leur implémentation dans un contexte scientifique
• Bonnes connaissances théoriques et pratiques en apprentissage profond appliqué à l’analyse d’images
• Bonne compréhension des enjeux spécifiques à l’imagerie en biologie (variabilité, variété, volumétrie, annotation, etc.)

Savoirs Faire

• Maîtrise de Python (numpy, pandas, pytorch, tensorflow, etc.)
• Connaissance du développement d’interfaces utilisateurs (Javascript, HTML, frameworks web)
• Compétences en gestion de projets collaboratifs (organisation, priorisation, coordination)
• Capacité à vulgariser des notions complexes et à faire le lien entre communautés scientifiques diverses

Savoir‑être

• Autonomie, rigueur, sens de l’initiative
• Excellentes qualités relationnelles, capacités d’écoute et d’animation de communauté
• Appétence pour le travail en équipe dans un environnement pluridisciplinaire
• Sens du service public et engagement dans les actions de mutualisation et de diffusion

Employment Type

Administratrice ou administrateur de bases de données / Intégrateur d’applications

Location

LIRMM, Montpellier

Application

Pour candidater, consulter le concours n°131 sur https://carrieres.cnrs.fr/concours-externes-des-ingenieurs-et-techniciens-h-f/