CDD Ingénieur (H/F) de recherche

CNRS; Paris; Hybride; EUR 45 000 - 65 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Indemnisation TT à 75%

Forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Résumé du poste

Le CNRS, via l’unité Biologie cellulaire physiologique et pathologique à Paris, propose un poste d’ingénieur(e) pour transférer SCALE vers une plateforme de transcriptomique spatiale en contexte 3D. Vous consoliderez les protocoles existants, assurerez le contrôle qualité et préparerez les SOP.

Le candidat sera chargé de former les agents et d’établir des procédures documentées, tout en interagissant avec les utilisateurs pilotes et les partenaires du réseau FBI.

Qualifications

• Bonne connaissance de la microscopie optique et des applications biologiques.
• Expérience en biologie moléculaire et/ou en hybridation in situ appréciée.
• Capacité à documenter et à standardiser les protocoles (SOP).

Responsabilités

• Standardiser le workflow SCALE et documenter les protocoles.
• Réaliser le contrôle qualité et les benchmarks des procédures.
• Rédiger SOP et supports de formation; former les agents.
• Interagir avec les utilisateurs et ajuster les délais et procédures.
• Contribuer à la veille et à la diffusion des résultats.

Connaissances

Microscopie optique

Hybridation in situ

Analyse d’images

Logiciels bio-imagerie

Programmation microscope

Esprit scientifique

Travail en équipe

Autonomie et rigueur

Formation

Diplôme d’ingénieur en biosciences

Outils

ImageJ/Fiji

napari

Description du poste

L'unité

Biologie cellulaire physiologique et pathologique

Durée du contrat

8 mois

Les Missions

Sous la responsabilité de l’équipe de recherche et développement de la plateforme d’imagerie photonique UTechS Photonic Bio Imaging (PBI) de l’Institut Pasteur, l’ingénieur/e participera au transfert vers le service de la plateforme du workflow SCALE (Spatial Cleared-tissue Affordable Multiplexed Expression mapping), financé par France-BioImaging dans le cadre de l’appel à projets Tech Transfer to Core Facilities 2026.
L’objectif principal est de transformer les développements méthodologiques actuels en un service ouvert et standardisé de transcriptomique spatiale pour tissus 3D épais. Le/La candidat/e sera chargé/e de consolider les protocoles de clearing, d’hybridation in situ (smFISH, HCR multispectral, AutoFISH séquentiel), d’acquisition sur microscopes confocaux/spinning disk existants, et d’analyse des données. Un volet important consistera à établir les procédures opératoires standard (SOP), les critères de contrôle qualité et la documentation utilisateur, ainsi qu’à initier l’ouverture du service à une cohorte d’utilisateurs pilotes.

L'Activité

• Standardisation du workflow SCALE : optimisation et documentation des protocoles de fixation, d’inclusion dans un hydrogel, de clearing et d’hybridation in situ pour des échantillons épais (organes sur puce, cerveaux de zebrafish en whole-mount, coupes de tissus).


• Contrôle qualité et benchmark : définition de critères d’acceptation des échantillons, de seuils de signal/bruit et de protocoles de validation des rounds d’hybridation.


• Documentation et transfert : rédaction des SOP, des protocoles utilisateurs et des supports de formation ; participation à la montée en compétences des agents permanents de la plateforme PBI (train-the-trainer).


• Relation avec les utilisateurs : collecte des retours d’expérience, ajustement des délais et des procédures de prestation.


• Veille et diffusion : participation au groupe de travail FBI Multiplexed Imaging et préparation d’un atelier de présentation du service (ex. MIFOBIO 2027).

Compétences

• Bonne connaissance de la microscopie optique (confocale, spinning disk, imagerie de fluorescence).


• Expérience en biologie moléculaire et/ou en hybridation in situ (FISH, smFISH, HCR, FISH séquentiel) appréciée.


• Connaissances en analyse d’images et/ou en utilisation de logiciels de bio-imagerie (ImageJ/Fiji, napari, etc.) (un plus)


• Notions en microfluidique, en automatisation d’acquisition ou en programmation de microscopes (un plus).


• Curiosité scientifique et intérêt pour la biologie des tissus et l’imagerie quantitative.


• Capacité à travailler en équipe dans un environnement multiculturel et multidisciplinaire.


• Autonomie, rigueur, sens de l’organisation et aptitude à documenter les procédures.


• Bonne communication en anglais scientifique (oral et écrit).

Votre Environnement de Travail

Le poste est localisé au sein de la plateforme Photonic Bio Imaging (PBI) de l'Institut Pasteur, dirigée par Florian Muller (https://research.pasteur.fr/en/team/photonic-bio-imaging-utechs-pbi/).
Le/La candidat/e travaillera en étroite collaboration avec l'équipe R&D du PBI, les partenaires biologistes de l'Institut Pasteur et le réseau FBI.
La personne recrutée sera sous la responsabilité de Monsieur Florian Muller

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Secteur d’activité

Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type

Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F)

Expérience souhaitée

Expérience souhaitée 5 à 10 années

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.