Bioinformaticien Génomique Virale - CDD H / F

INSTITUT PASTEUR; Boulogne-Billancourt; Sur place; EUR 40 000 - 55 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche en biomédecine à Boulogne-Billancourt recherche un expert en bioinformatique pour analyser et annoter des données de séquençage viral. Vous travaillerez en étroite collaboration avec des biologistes et virologues pour surveiller l'évolution des virus. Un diplôme d'ingénieur ou un doctorat dans un domaine pertinent est requis, ainsi qu'une maîtrise des outils bioinformatiques et des compétences en programmation. Vous bénéficierez d'un environnement multiculturel et de conditions favorables au travail.

Prestations

Forfait mobilité douce

Remboursement de 75% des titres de transport

Cantine d'entreprise

Mutuelle familiale

Salles de sports

Activités culturelles et sportives

Qualifications

• Maîtrise des méthodes standards d'analyse de données de séquençage.
• Connaissance des méthodes de bioinformatique évolutive.
• Bon relationnel et rigueur méthodologique.

Responsabilités

• Analyser des données de séquençage viral.
• Reconstruire et annoter des génomes viraux.
• Assurer une veille scientifique sur les outils bioinformatiques.

Connaissances

Maîtrise des outils bioinformatiques

Compétences en programmation (Python, R)

Analyse de données de séquençage

Rédaction scientifique

Travail en équipe

Formation

Diplôme d'ingénieur ou doctorat en génomique, génétique des populations ou biologie computationnelle

Description du poste

Activités principales :

Les missions consisteront à analyser des données de séquençage viral à l'aide de méthodes bioinformatiques, en vue de reconstruire et d'annoter des génomes viraux, ainsi que de surveiller l'évolution et la propagation des virus à ARN, notamment les virus respiratoires :

Traiter et analyser des données de séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, etc.) à l'aide des outils bioinformatiques existants :

• Reconstruire des génomes viraux complets ou partiels (assemblage de novo, mapping sur références).
• Annoter les séquences (identification des gènes, mutations, recombinaisons, sites fonctionnels).
• Caractériser la diversité génétique (clades, lignées, variants préoccupants).
• Appliquer des pipelines bioinformatiques et adapter les méthodes en fonction des besoins spécifiques.
• Contribuer à l'amélioration des workflows bioinformatiques du CNR.
• Suivre la qualité des résultats générés par les pipelines du CNR (cohérence des résultats).

Assurer une veille scientifique et technique :

• Suivre les avancées en bioinformatique appliquée à la surveillance des virus respiratoires (outils, algorithmes, bases de données).
• Monitorer la circulation mondiale des virus (influenza, SARS-CoV-2, VRS, etc.) via des sources publiques (e.g. GISAID, GenBank) et internes (données du CNR).

Analyser les dynamiques évolutives :

• Détecter les mutations d'intérêt (échappement immunitaire, résistance aux antiviraux, fitness viral).
• Étudier les patterns de transmission.
• Produire des rapports internes : Synthèses hebdomadaires / mensuelles sur la surveillance génomique (ex : émergence de nouveaux variants, tendances épidémiologiques).
• Participer aux réunions de suivi avec les partenaires.
• Travailler en étroite collaboration avec les biologistes et virologues du CNR pour interpréter les résultats.
• Maintenir une documentation pour les outils développés.

Profil recherché

Diplôme d'ingénieur ou doctorat dans un domaine pertinent (ex : génomique, génétique des populations ou biologie computationnelle).

• Maîtrise des outils et méthodes standards d'analyse de données de séquençage de génome (contrôle qualité, preprocessing, assemblage, mapping).
• Maîtrise des méthodes de bioinformatique évolutive (alignement de séquences, phylogénie, systèmes de workflows).
• Connaissance d'au moins un langage de programmation (ex : python, R,).
• Bonne compétence en rédaction scientifique et communication.
• Avoir des qualités de méthode et de rigueur, et avoir un bon relationnel.
• Enthousiasme pour le travail en équipe et dans un environnement de recherche international.
• Éthique de travail et autonomie.

Vos conditions et environnement de travail :

• Forfait mobilité douce ou remboursement de 75% des titres de transport.
• Cantine d'entreprise, restaurant, cafétérias.
• Mutuelle familiale (gratuité conjoints / enfants) et service de santé pour les collaborateurs sur le campus.
• Salles de sports, 30 activités culturelles / artistiques / sportives sur le campus.
• Engagements RSE forts, et initiatives des collaborateurs encouragées.
• Environnement multiculturel (plus de 75 nationalités sur le campus).