PhD Student (d/w/m) Translationale Forschung im Bereich Solide Tumore

Charité; Berlin; Híbrido; EUR 39.000 - 58.000; Jornada completa

Descripción de la vacante

Charité – Universitätsmedizin Berlin sucht eine wissenschaftliche Mitarbeiterin/einen wissenschaftlichen Mitarbeiter für translationalen Bioinformatik-Schwerpunkt. Sie analysieren multimodale Einzelzell- und räumliche Datensätze, untersuchen Ligand–Rezeptor-Interaktionen und arbeiten eng mit Klinikerinnen, Kliniker sowie Wet-Lab-Wissenschaftlerinnen/Wissenschaftlern zusammen.

Erwünscht ist ein Masterabschluss in Bioinformatik oder verwandter Disziplin, sowie Erfahrung in

Formación

• Masterabschluss in Bioinformatik, Computational Biology oder verwandter Disziplin
• Gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Erwünscht: Erfahrung mit RNA-Seq oder Spatial-Transcriptomics-Daten
• Fundierte Statistikkenntnisse und Bioinformatik-Kompetenzen

Responsabilidades

• Durchführung translationaler Promotionsarbeiten mit bioinformatischem Schwerpunkt
• Analyse und Integration multimodaler Einzelzell- und räumlicher Datensätze
• Untersuchung räumlicher Ligand–Rezeptor-Interaktionen und Immunzelltypen
• Vergleich klinischer Parameter und Signaling-Pfade
• Ableitung mechanistischer Validierungen für Risikostratifizierung
• Entwicklung reproduzierbarer und skalierbarer Bioinf-Workflows
• Teilnahme an Kollaborationen am MDC/BIMSB und DKTK-Standorten

Conocimientos

Selbstständige wissenschaftlicheArbeit

Problemlösungsorientiertes Denken

Ausgezeichnete Kommunikationsfähigen

Englischkenntnisse in Wort und Schrift

Educación

Masterabschluss in Bioinformatik/Computational Biology

Universitätsabschluss in verwandter Naturwissenschaft

Herramientas

RNA-Seq-Datenanalyse

Spatial-Transcriptomics-Daten

Hochleistungsrechnen (HPC)

Descripción del empleo

• Translationale Promotionsarbeit mit bioinformatischem Schwerpunkt zur Identifikation räumlicher und molekularer Biomarker für die Stratifizierung von Metastasierungsrisiko und Überleben sowie für gezielte Therapieansätze
• Analyse und Integration multimodaler Einzelzell- und räumlicher Datensätze, einschließlich Single-Nucleus-Sequenzierung, Xenium-Spatial-Transcriptomics und Protein-Imaging, zur Charakterisierung von Tumor-Immun-Nichen
• Analyse räumlicher Ligand–Rezeptor-Interaktionen, Proximität und Nischen, um zu bestimmen, wie Tumorgenotypen und Tumorzustände mit spezifischen Immunzellsubtypen kolokalisieren und interagieren
• Analysen der differenziellen Zellzusammensetzung, von Signalwegen und räumlich variablen Genen über klinisch relevante Vergleiche
• Ableitung nachfolgender mechanistischer Validierung und Translation der Ergebnisse in valide Biomarker für Risikostratifizierung und gezielte Therapie, in enger Zusammenarbeit mit Klinikerinnen / Kliniker und Wet-Lab-Wissenschaftlerinnen / Wissenschaftler (einschließlich Kooperationen am MDC / BIMSB und an DKTK-Standorten)
• Anwendung eines breiten Methodenspektrums: Einzelzell- und räumliche Transkriptomik, RNA-Sequenzierung, Multiplex-Imaging, hochdimensionale Datenintegration sowie reproduzierbare und skalierbare bioinformatische Workflows
• Sie werden als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter beschäftigt: Nach §110 (4), Satz 3 sieht das BerlHG für wissenschaftliche Mitarbeitende eine angemessene Zeit innerhalb der Arbeitszeit für die eigene wissenschaftliche Weiterqualifikation vor

• Masterabschluss (oder äquivalenter Abschluss), vorzugsweise in Bioinformatik, Computational Biology oder einer verwandten naturwissenschaftlichen Disziplin mit starkem Schwerpunkt auf Bioinformatik und/oder Datenanalyse
• Hohe Motivation, Fähigkeit zu selbstständiger wissenschaftlicher Arbeit, lösungsorientiertes Denken und ausgezeichnete Kommunikationsfähigkeiten
• Grundkenntnisse in statistischen Testverfahren sowie in Molekular- und Zellbiologie
• Sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift
• Erwünscht: praktische Erfahrung mit RNA-Sequenzierungs- oder Spatial-Transcriptomics-Daten, Hochleistungsrechnen (HPC) und dem Management großer Datenmengen