PhD Position (m/w/d)

Max Delbrück Centrum; Berlin; On-site; EUR 20,000 - 27,000; Full time

Job summary

Im Max Delbrück Centrum in Heidelberg wird eine PhD-Position im Bereich Molekular- und Zellbiologie angeboten. Sie arbeiten an der transkriptionellen Umstrukturierung von Kardiomyozyten in bioengineerten Mikroumgebungen und nutzen hiPSC-Modelle in 2D- und 3D-Systemen.

Sie setzen CRISPR/Cas-gestützte Strategien, RNA-/ATAC-/ChIP-Seq-Ansätze sowie High-Content-Imaging ein, um krankheitsrelevante Signalwege zu identifizieren. Internationale Zusammenarbeit und Publikationsvorhaben sind vorgesehen.

Qualifications

• Masterabschluss in Biologie, Molekularbiologie, Zellbiologie, Molekulmedizin oder verwandtem Fach.

Responsibilities

• Eigenständige Bearbeitung des Forschungsprojekts zur Transkriptions- und Epigenetik von Kardiomyozyten.
• Dichte Nutzung von hiPSC-Modellen in 2D- und 3D-Mikroumgebungen.
• Anwenden molekularbiologischer Techniken wie CRISPR/Cas, RNA-Seq, ATAC-Seq, ChIP-Seq und High-Content-Imaging.
• Dokumentation, Analyse und Präsentation von Ergebnissen in Meetings und auf Konferenzen.

Skills

Teamarbeit

Englisch (fließend)

Experimentierfreude

Education

Master in Biologie

Tools

CRISPR/Cas

RNA-Seq

ATAC-Seq

ChIP-Seq

HiPSC-Differenzierung

High-Content-Imaging

Job description

PhD Position (m/w/d)

Wir suchen einen engagierten und hochmotivierten Molekular- oder Zellbiologin, der*die unser von der DFG gefördertes Sonderforschungszentrum SFB 1550 „Molekulare Schaltkreise von Herzerkrankungen“ in Heidelberg verstärkt. Die Position ist Teil des Projekts „Transkriptionelle Umstrukturierung von Kardiomyozyten in bioengineerten Mikroumgebungen“, das in enger Zusammenarbeit mit dem Labor von Christine Selhuber-Unkel durchgeführt wird. Im Mittelpunkt steht die Frage, wie entzündliche und metabolische Signale die Funktion und den epigenetischen Zustand von Kardiomyozyten beeinflussen. Damit leistet das Projekt einen wichtigen Beitrag zum besseren Verständnis der Auswirkungen des kardiometabolischen Syndroms auf Herzmuskelzellen. Im Rahmen des Projekts entwickeln und nutzen Sie innovative Modelle auf Basis menschlicher Stammzellen und bioengineerter Kardiomyozyten, um Herzzellen unter vollständig definierten Bedingungen mit hoher Auflösung zu untersuchen und zu charakterisieren. Dabei verbinden Sie modernste Methoden aus Molekular- und Zellbiologie, Bioengineering, High-Content-Imaging sowie CRISPR/Cas-basierter Transkriptionsmanipulation. Ziel ist es, krankheitsrelevante Signalprogramme zu identifizieren und neue Ansätze zu erforschen, mit denen krankheitsassoziierte Zellzustände gezielt beeinflusst und möglicherweise umgekehrt werden können.

Responsibilities

• Sie übernehmen die eigenständige Bearbeitung Ihres Forschungsprojekts und untersuchen, wie entzündliche und metabolische Signale den Zustand von Kardiomyozyten sowie deren Genregulation und epigenetische Landschaft beeinflussen.
• Sie etablieren, optimieren und charakterisieren Kardiomyozytenmodelle aus humanen induzierten pluripotenten Stammzellen (hiPSCs) in 2D- sowie in bioengineerten 3D-Mikroumgebungen.
• Sie setzen ein breites Spektrum molekular- und zellbiologischer Methoden ein, darunter hiPSC-Kultur und -Differenzierung, molekulare Klonierung, CRISPR/Cas-basiertes Genom- und Transkriptions-Engineering, Immunoblotting, ELISA, qPCR, Durchflusszytometrie und High-Content-Mikroskopie.
• Sie generieren und analysieren Transkriptom- und Epigenom-Datensätze, unter anderem mittels RNA-Seq, ATAC-Seq sowie ChIP-Seq oder CUT&Tag.
• Sie verknüpfen Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten mit Bildgebungsdaten und funktioneller Phänotypisierung, um molekulare Schaltkreise zu identifizieren, die Stressreaktionen und Umbauprozessen von Kardiomyozyten zugrunde liegen.
• Sie untersuchen ausgewählte Signal- und Transkriptionsregulatoren mithilfe genetischer Ansätze wie CRISPR/Cas oder shRNA sowie durch den gezielten Einsatz niedermolekularer Wirkstoffe.
• Sie dokumentieren, analysieren und interpretieren Ihre experimentellen Ergebnisse und bewerten diese kritisch im wissenschaftlichen Kontext.
• Sie präsentieren Ihre Forschungsergebnisse in internen Meetings und Seminaren sowie auf nationalen und internationalen Konferenzen.
• Sie wirken an der Veröffentlichung Ihrer Forschungsergebnisse in begutachteten wissenschaftlichen Fachzeitschriften mit.

Qualifications

• Sie verfügen über einen Masterabschluss (M.Sc.) oder einen vergleichbaren Abschluss in Biologie, Molekularbiologie, Zellbiologie, Molekularmedizin, Biomedizin oder einem verwandten Fachgebiet einer international anerkannten Hochschule oder Forschungseinrichtung.
• Sie bringen fundierte theoretische Kenntnisse in der Molekular- und Zellbiologie mit.
• Sie verfügen über praktische Erfahrung in der Kultivierung von Säugetierzellen sowie in der Anwendung molekularbiologischer Methoden.
• Erfahrungen mit hiPSC-Kulturen, der Differenzierung von Kardiomyozyten, CRISPR/Cas-basierten Methoden, High-Content-Imaging oder Next-Generation-Sequencing sind von Vorteil.
• Kenntnisse in den Bereichen Kardiologie, Immunologie, Epigenetik, Bioengineering oder in der computergestützten Analyse von Sequenzierungsdaten sind wünschenswert.
• Idealerweise haben Sie bereits Erfahrung mit der Erstellung, Aufbereitung oder Interpretation von Transkriptom- und Epigenom-Datensätzen.
• Sie begeistern sich für wissenschaftliche Fragestellungen rund um Entzündungssignalwege, Kardiomyozytenbiologie und die molekularen Mechanismen von Erkrankungen.
• Sie sind motiviert, innovative und für den Menschen relevante Modellsysteme unter definierten experimentellen Bedingungen zu etablieren und weiterzuentwickeln.
• Eine selbstständige, strukturierte und zugleich teamorientierte Arbeitsweise zeichnet Sie aus, und Sie arbeiten gerne in einem interdisziplinären Forschungsumfeld.
• Sie verfügen über sehr gute Englischkenntnisse in Wort und Schrift und können sich sicher in einem internationalen wissenschaftlichen Umfeld verständigen.

Ein internationales, kooperatives und interdisziplinäres Forschungsumfeld an der Schnittstelle von Molekular- und Zellbiologie, Kardiologie, Materialwissenschaften und Bioingenieurwesen.

• Teilnahme an der Ausbildungsplattform des SFB 1550, einschließlich Kompetenzkursen, Seminaren, Workshops und Journal Clubs.
• Regelmäßige strukturierte Treffen mit dem Projektteam und individuelle wissenschaftliche Betreuung.
• Möglichkeiten, ein eigenständiges Forschungsprofil zu entwickeln und an Kooperationsprojekten mitzuwirken.
• Unterstützung bei der Präsentation von Forschungsergebnissen auf nationalen und internationalen Konferenzen.
• Möglichkeiten zum Aufbau wissenschaftlicher Netzwerke durch nationale und internationale Forschungskonsortien und Fachgesellschaften, darunter das DZHK, die DGK, die ESC und die AHA.

Ein anregendes Forschungsumfeld in Heidelberg, Deutschland.