Bioinformatiker (m/w/d)

Universitätsklinikum Würzburg; Würzburg; Hybrid; EUR 50.000 - 70.000; Vollzeit

Zusammenfassung

Ein führendes Klinikum in Deutschland sucht einen Bioinformatiker zur Entwicklung innovativer Bioinformatik-Pipelines und zur Durchführung von NGS-Datenanalysen in der Klinischen Genetik. Sie sind verantwortlich für die automatisierte Variantenannotation und die Konzeption einer Varianten-Datenbank. Fundierte Kenntnisse in Python, R und Erfahrung in der Bioinformatik sind erforderlich. Flexible Arbeitszeitmodelle und Weiterbildungsmöglichkeiten sind Teil des Angebots.

Leistungen

Betriebliche Altersvorsorge

Flexible Arbeitszeiten

Homeoffice-Möglichkeit

Individuelle Weiterbildung

Betriebssportangebote

Qualifikationen

• Mehrjährige Erfahrung in der Analyse klinischer NGS-Daten (WES/WGS).
• Erfahrung mit Standard-Bioinformatik-Tools und Workflow-Systemen.
• Praktische Erfahrung in Backend/API-Entwicklung.

Aufgaben

• Entwicklung und Validierung von Bioinformatik-Pipelines.
• Implementierung einer zentralen Varianten-Datenbank.
• Anwendung von KI-Methoden in der Genomdiagnostik.

Kenntnisse

Programmierkenntnisse in Python

Programmierkenntnisse in R

Erfahrung mit NGS-Datenanalyse

Kenntnisse in Linux/HPC-Umgebungen

Deutschkenntnisse

Englischkenntnisse

Ausbildung

Master/Diplom/Promotion in Bioinformatik oder vergleichbarem Fach

Tools

GATK

Nextflow

Docker

PostgreSQL

FastAPI

Jobbeschreibung

Bewerbungsfrist: 15.01.2026

Bereit für eine neue Herausforderung? Das Uniklinikum Würzburg sucht für die Klinische Genetik und Genommedizin zum 01.01.2026 eine/n

Wir bieten

⚕️ Hochrelevante Arbeit: Ihre Ergebnisse haben unmittelbare klinische Konsequenzen und beeinflussen direkt die Therapie und Risikoeinschätzung.
🎢 Keine Routine, sondern Abwechslung: Bei uns gibt es kein 08/15! Sie arbeiten an spannenden, vielfältigen Aufgaben – von Zellkulturarbeiten bis hin zu modernsten genetischen Analysen.
🤝 Ein echtes Team: Wir leben flache Hierarchien und ein kollegiales Miteinander. Hier ziehen alle an einem Strang, um gemeinsam Großes zu leisten.
💡 Weiterentwicklung garantiert: Regelmäßige Weiterbildungen und ein innovatives Umfeld sorgen dafür, dass Sie immer auf dem neuesten Stand bleiben.
💻 Modernste Technik: Arbeiten Sie mit innovativen Technologien.
🌈 Flexibilität: Dank Gleitzeit können Sie Beruf und Privatleben optimal vereinbaren.
📚 Weiterbildung: Wir fördern Ihre persönliche und berufliche Entwicklung.
💰 Attraktive Vergütung und Betriebliche Altersvorsorge: Bezahlung nach TV‑L sowie zusätzliche Leistungen.

Ihr Aufgabengebiet

• Entwicklung, Validierung und klinischer Routinebetrieb modernster Bioinformatik‑Pipelines für konstitutionelle und somatische Hochdurchsatzsequenzierung (WES, WGS, große Genpanels, Long‑Read, Transkriptom, Epigenom).
• Automatisierte Variantenannotation, –priorisierung und Klassifizierung nach ACMG/AMP‑ und ClinGen‑Richtlinien.
• Konzeption, Implementierung und Betrieb einer zentralen Varianten‑Datenbank (Keimbahn, Tumor, ggf. RNA).
• Etablierung von KI/Deep‑Learning‑basierten Ansätzen zur phänotypgestützten Genomdiagnostik.
• Multi‑Omics‑Integration und Analyse komplexer Strukturvarianten.
• Konzeption/Weiterentwicklung von Web‑GUIs/Dashboards für die Varianteninterpretation.
• Mitwirkung an der Befunderstellung und Präsentation komplexer Fälle in interdisziplinären Fallkonferenzen.
• Veröffentlichung in hochkarätigen Fachzeitschriften und Einwerbung von Drittmitteln.
• Betreuung von Promotions- und Masterarbeiten.

Das Institut für Klinische Genetik und Genommedizin am Universitätsklinikum Würzburg gehört zu den führenden deutschen Zentren für die Diagnostik seltener Erkrankungen, Krebsprädispositionssyndrome, Zytogenetik. Wir führen diagnostische Analysen durch, darunter klinisches Whole‑Genome‑Sequencing in der Regelversorgung, Long‑Read‑Sequencing, RNA‑Seq, Methylierungsanalysen. Die molekulargenetische Diagnostik ist nach ISO 15189 und GenDG akkreditiert und fest in nationale und internationale Netzwerke eingebunden.

Ihr Profil

Erforderlich

• Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master/Diplom/Promotion) in Bioinformatik, Informatik, Humangenetik, Molekularer Medizin oder einem vergleichbaren Fach
• Nachgewiesene mehrjährige Erfahrung in der Analyse klinischer NGS‑Daten (WES/WGS)
• Exzellente Programmierkenntnisse in Python und/oder R sowie sicherer Umgang mit Linux/HPC‑Umgebungen
• Praktische Erfahrung mit Standard‑Bioinformatik‑Tools und Workflow‑Systemen (z. B. GATK, Nextflow, Snakemake, Docker/Singularity)
• Praktische Erfahrung mit Standard‑Bioinformatik‑Tools und Workflow‑Systemen (z. B. Workflow‑Managementsysteme,, Docker)
• Sehr gute Deutsch- und Englischkenntnisse in Wort und Schrift

Wünschenswert

• Promotion mit relevanter Publikationsliste (First-/Last‑Authorships)
• Erfahrung in der regulierten klinischen Diagnostik (GenDG, ISO 15189)
• Praktische Erfahrung mit Datenbankdesign und -betrieb (z. B. PostgreSQL/MySQL)
• Praktische Erfahrung in Backend/API‑Entwicklung (z. B. Python mit FastAPI/Django/Flask)
• Kenntnisse in Long‑Read‑Sequencing, Strukturvarianten, RNA‑Seq oder Multi‑Omics
• Anwendung von KI‑Frameworks (TensorFlow, PyTorch) in der Genommedizin

Darauf können Sie sich freuen

• Aus‑ und Weiterbildung in der eigenen Akademie
• Betriebliche Altersvorsorge
• Homeoffice‑Möglichkeit bis zu 50 % der Arbeitszeit
• Betriebssportangebote
• Betriebskindertagesstätte mit verlängerten Öffnungszeiten
• Flexible Arbeitszeiten dank Gleitzeitregelung
• Sehr gutes Betriebsklima in einem hochmotivierten und kollegialen Team
• Anspruchsvolles, vielfältiges und entwicklungsfähiges Aufgabengebiet
• Attraktive Bezahlung nach TV‑L inkl. Jahressonderzahlung
• Jobrad
• Mitarbeiter Angebote

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ChristianRemmele
Bioinformatiker
Tel: [phone]

Die Vergütung erfolgt nach den einschlägigen Tarifverträgen. Schwerbehinderte Bewerber/-innen werden bei ansonsten im Wesentlichen gleicher Eignung bevorzugt eingestellt.