Wetenschappelijk medewerker in onderzoeksproject FunDive

Cancer Research Institute Ghent (CRIG); Oost-Vlaanderen; Sur place; EUR 22 000 - 36 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

36 dagen vakantieverlof

Fietsvergoeding

Ecocheques

Résumé du poste

Universiteit Gent zoekt een wetenschappelijk medewerker voor het onderzoeksproject FunDive. Je voert long-read metabarcoding analyses uit en analyseert datasets.

Je ontwikkelt workflows in R, Bash en Python in een Linux/HPC-omgeving, schrijft mee aan manuscripten en begeleidt masterstudenten. Een vier maanden contract van 100% tewerkstelling staat gepland.

Qualifications

• Masterdiploma in biologie of gelijkwaardig, bij voorkeur met mycologie-specialisatie.
• Ruime ervaring in mycologie, taxonomie en biodiversiteit van macrofungi.
• Diepgaande kennis van moleculaire biodiversiteitsanalyses en metabarcoding.
• Ervaring met taxonomie/annotatie van metabarcodinggegevens (UNITE/EUKARYOME).
• Praktische ervaring met bio-informatica en statistische analyses in R; HPC-omgevingen.
• Ervaring met multivariate statistiek en ecologische gemeenschapsdata.
• Vaardigheid in schrijven en indienen van manuscripten; eerste auteur is plus.
• Vermogen om zelfstandig onderzoek te plannen en resultaten te interpreteren.
• Goede communicatie in wetenschappelijk Engels; ondersteuning aan studenten mogelijk.

Responsabilités

• Voert bio-informatisch en statistisch analysewerk uit op metabarcodingdata.
• Evalueert analysemethoden en vergelijkt sequencing-technologieën.
• Ontwikkelt reproduceerbare workflows in R, Bash en Python onder Linux/HPC.
• Schrijft en finaliseert manuscripts op basis van onderzoeksgegevens.
• Voert veldwerk in mycologie uit waar nodig.
• Deelt resultaten tijdens internationale projectbijeenkomsten.
• Begeleidt masterstudenten en werkt samen met partners.
• Ontwikkelt methoden voor biodiversiteitsmonitoring.
• Organiseert een Engelstalig webinar over het project.

Connaissances

Mycologie

Moleculaire ecologie

Bio-informatica

R

Python

Bash

HPC

Statistische analyse

Publiceren

Zelfstandig onderzoek

Formation

Master in Biologie

PhD in Mycologie/verwant

Outils

R

Python

Bash

Linux/HPC

UNITE-databases

EU-KARYOME

Long-read sequencing

Description du poste

Wetenschappelijk medewerker in onderzoeksproject FunDive

→ Solliciteren tot 30-10-2026 23:59 (Brussels time)
→ Faculteit Wetenschappen
→ Vakgroep:WE11 - Biologie
→ Tewerkstellingspercentage:100%
→ Aantal posities:1
→ Type tewerkstelling:Contract van bepaalde tijd
→ Duur van de opdracht:4 maanden
→ Geboden barema: WM1 tot WM4 (masterdiploma)
→ Diplomavoorwaarde:Master

De Universiteit Gent is een wereld op zich. Meer dan 15.000 personeelsleden zijn er dagelijks aan de slag in onderwijs en onderzoek, beheer en administratie, technische en sociale voorzieningen, enz. Voor hen is de Universiteit Gent een logische keuze: het is een van de grootste, meest boeiende en toekomstgerichte werkgevers van de regio. De Universiteit Gent telt 11 faculteiten en meer dan 80 vakgroepen, die in elk van de wetenschappelijke disciplines hoogstaande en door onderzoek ondersteunde opleidingen aanbieden.

Binnen het internationale onderzoeksproject FunDive zoeken we een wetenschappelijk medewerker met aantoonbare expertise in mycologie, moleculaire ecologie en bio-informatica en het vermogen om zelfstandig wetenschappelijk onderzoek uit te voeren. Tijdens deze aanstelling van vier maanden ligt de nadruk op het zelfstandig analyseren en interpreteren van complexe long-read metabarcodingdatasets, het afronden van wetenschappelijke manuscripten en het uitvoeren van gespecialiseerd mycologisch onderzoek.

Je takenpakket omvat:

• Je neemt verantwoordelijkheid voor de bio-informatische en statistische analyse van omvangrijke metabarcodingdatasets van fungi gemeenschappen, van kwaliteitscontrole van sequentiegegevens en taxonomische annotatie tot ecologische interpretatie, met bijzondere aandacht voor long-read sequencing.
• Je evalueert zelfstandig analysemethoden, identificeert en verhelpt methodologische problemen en vergelijkt kritisch verschillende sequencingtechnologieën en analysemethoden.
• Je ontwikkelt, onderhoudt en documenteert reproduceerbare analyseworkflows in R, Bash en Python binnen een Linux/HPC-omgeving.
• Je neemt een actieve rol op in de wetenschappelijke interpretatie, het schrijven en het finaliseren van manuscripten op basis van reeds beschikbare onderzoeksgegevens. Het project beoogt de indiening van twee manuscripten bij internationale peer-reviewed tijdschriften tijdens de aanstelling.
• Je voert, waar nodig binnen de onderzoeksplanning, gericht mycologisch veldwerk uit.
• Je neemt deel aan een internationale projectbijeenkomst en presenteert relevante onderzoeksresultaten.
• Je ondersteunt de wetenschappelijke en praktische begeleiding van masterstudenten.
• Je werkt samen met nationale en internationale projectpartners en draagt bij aan de ontwikkeling van methoden voor de monitoring van biodiversiteit.
• Je verzorgt de organisatie van een Engelstalig webinar over het project.

Gezien de beperkte looptijd van de aanstelling verwachten we dat je vanaf de start verantwoordelijkheid kan opnemen voor complexe onderzoeksactiviteiten, zelfstandig analyses kan plannen en uitvoeren en met beperkte begeleiding wetenschappelijk onderbouwde resultaten kan opleveren.

• Je beschikt over een masterdiploma in de biologie of een inhoudelijk gelijkwaardige wetenschappelijke richting, bij voorkeur met een specialisatie in (moleculaire) mycologie.
• Je hebt aantoonbare, ruime onderzoekservaring in de mycologie, met bijzondere aandacht voor de taxonomie, ecologie en biodiversiteit van macrofungi. Die expertise kan blijken uit onderzoeksprojecten, publicaties of andere relevante wetenschappelijke realisaties.
• Je hebt diepgaande kennis van moleculaire biodiversiteitsanalyses en DNA-metabarcoding, waaronder de verwerking en interpretatie van long-read sequentiegegevens. Je bent vertrouwd met de methodologische verschillen tussen long-read en short-read sequencingtechnologieën, zoals Oxford Nanopore, PacBio, Illumina en AVITI.
• Je hebt ervaring met taxonomie en taxonomische annotatie van metabarcodinggegevens, bijvoorbeeld met referentiedatabanken zoals UNITE of EUKARYOME, en met referentiegebaseerde identificatie of clustering.
• Je hebt praktische ervaring met bio-informatica en statistische analyses in R en met de verwerking van moleculaire gegevens in een HPC-omgeving.
• Je hebt aantoonbare ervaring met multivariate statistiek en de analyse van ecologische gemeenschapsgegevens.
• Je hebt ervaring met het schrijven en indienen van wetenschappelijke manuscripten of publicaties binnen de mycologie, moleculaire ecologie of een verwante discipline. Ervaring als eerste auteur is een troef.
• Je hebt aantoonbaar ervaring met het zelfstandig plannen, uitvoeren en afronden van wetenschappelijk onderzoek, waaronder het selecteren van geschikte analysemethoden, het oplossen van problemen bij de verwerking van complexe datasets, het kritisch interpreteren van resultaten en het voorbereiden van wetenschappelijke manuscripten.
• Je kan zelfstandig onderzoeksprioriteiten bepalen, werken naar duidelijk omschreven onderzoeksdoelstellingen en effectief samenwerken met andere onderzoekers, waarbij je verantwoordelijkheid opneemt voor je eigen onderzoeksactiviteiten.
• Je beschikt over praktische ervaring met mycologisch onderzoek en veldwerk, de identificatie van macrofungi en het verzamelen van biologisch materiaal voor moleculaire analyses.
• Je kan onderzoeksresultaten helder schriftelijk en mondeling communiceren in het wetenschappelijk Engels en studenten begeleiden in de taal die voor de concrete begeleidingstaak nodig is (Nederlands of Engels). Je werkt constructief samen met studenten en internationale onderzoekspartners.

Volgende vaardigheden vormen een bijkomende troef:

• Een afgerond of lopend doctoraat in de mycologie, moleculaire ecologie of een verwante discipline.
• Ervaring met Python, Git en containertechnologie, zoals Apptainer.
• Ervaring met moleculaire laboratoriumtechnieken, waaronder DNA-extractie, (ICON-)PCR en ampliconsequencing.
• Ervaring met de vergelijking en integratie van moleculaire en klassieke inventarisatiemethoden voor fungi.
• Ervaring met internationale onderzoeksprojecten.
• Wij bieden je een contract van bepaalde tijd voor een periode van 4 maand.
• De indiensttreding kan ten vroegste vanaf 1/12/2026.
• Verder kan elk UGent-personeelslid rekenen op een aantal voordelen, zoals een breed opleidings- en vormingsaanbod, 36 dagen vakantieverlof (op jaarbasis voor een voltijdse betrekking), een fietsvergoeding, ecocheques enz. Een volledig overzicht van onze personeelsvoordelen .

De UGent voert een gelijkekansen- en diversiteitsbeleid en moedigt dan ook iedereen aan om te solliciteren.

Voor meer informatie in verband met deze vacature kunt u contact opnemen met Prof. Annemieke Verbeken ( [e-mail] ). Let op: stuur je sollicitatie niet via e-mail door, maar solliciteer online.