Postdoktor i AI-modellering av cellulär dynamik, Alpha Cell Program

Karlstad University; Solna kommun; On-site; SEK 400,000 - 550,000; Full time

Job summary

Karolinska Institutet söker en postdoktor i AI-modellering av cellulär dynamik för Alpha Cell-programmet. Du kommer att utveckla nästa generations AI-modeller, med fokus på skalbara neurala nätverksarkitekturer. Tjänsten erbjuder stor metodologisk självständighet och möjligheten att arbeta med komplexa system.

Kandidater ska ha en doktorsexamen och goda kunskaper i programmering, gärna Python, samt förmåga att samarbeta inom en tvärvetenskaplig miljö. Ambitiösa sökande med kvantitativ bakgrund uppmuntras att ansöka.

Qualifications

• Doktorsexamen ska vara avlagd senast vid tidpunkten för anställningsbeslutet.
• Meriterande att examen avlagts inom tre senaste åren.
• Tidigare biologisk erfarenhet är inte nödvändig.

Responsibilities

• Utveckla AI-modeller av cellulär dynamik.
• Arbeta med komplexa system och dynamiska modeller.
• Integrera bilddata med molekylära mätningar.

Skills

Programmeringskunskaper (t.ex. Python)

Självständig forskning

Samarbete i tvärvetenskaplig miljö

Skriftlig och muntlig engelska

Education

Doktorsexamen inom fysik, systembiologi, tillämpad matematik, maskininlärning

Job description

Postdoktor i AI-modellering av cellulär dynamik, Alpha Cell Program

Vill du bidra till att förbättra människors hälsa?

Beskrivning av forskargruppen

Alpha Cell är ett nytt strategiskt program inom SciLifeLab med målet att bygga den första beräkningsmodellen av en mänsklig cell på molekylär nivå. Programmet leds av Jan Ellenberg, direktör för SciLifeLab, och Mathias Uhlén, ledare av Human Protein Atlas, tillsammans med en samarbetsinriktad, multi‑institutionell konstellation av forskare och infrastruktureenheter inom SciLifeLab.

Tjänsten är förlagd till Avlant Nilsson's research group vid Karolinska Institutet och SciLifeLab. Vårt labb utvecklar djupinlärningsmodeller av molekylära nätverk i cancer för att främja precisionsmedicin. Genom att integrera high throughput data (t.ex. transkriptomik, proteomik, metabolomik) med kunskap om molekylära interaktioner konstruerar vi tolkningsbara modeller som beskriver systemnivåmekanismer i celler och som kan möjliggöra identifiering av läkemedelsmål, biomarkörer och resistensmekanismer.

Projektet genomförs i nära samarbete med Wei Ouyangs AICell Lab vid KTH och SciLifeLab samt Human Protein Atlas, och har tillgång till toppmodern beräkningsinfrastruktur, inklusive superdatorn Berzelius.

Tjänsten fokuserar på metodutveckling. Vi söker en postdoktor som ska utveckla nästa generations AI‑modeller av cellulär dynamik, med fokus på skalbara neurala nätverksarkitekturer som representerar den molekylära sammansättningen i en enskild cell i rum och tid. Dessa modeller kommer att beskriva högdimensionella system med många interagerande komponenter och kan använda multiskaliga och grov‑korniga representationer för att möjliggöra skalbarhet.

Arbetet kommer att bygga på koncept från dynamiska system, stokastiska processer och differentialekvationer (SDE:er), inklusive icke‑jämviktssystem, för att modellera cellernas beteende. Ett centralt mål är att integrera olika bilddata med tidsupplösta molekylära mätningar, samtidigt som fysiska och biologiska begränsningar inkorporeras direkt i modellarkitekturerna.

De utvecklade metoderna kommer att utgöra grunden för framtida storskaliga satsningar inom molekylär avbildning och modellering inom Alpha Cell. Tjänsten erbjuder stor metodologisk självständighet.

Vem är du?

För att anställas som postdoktor krävs avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en svensk doktorsexamen. Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Det är meriterande om du har avlagt din doktorsexamen inom de tre senaste åren, om det finns särskilda skäl kan din examen ha avlagts tidigare.

Kvalifikationer

• Doktorsexamen inom exempelvis fysik, systembiologi, tillämpad matematik, maskininlärning eller relaterade områden
• Goda programmeringskunskaper (t.ex. Python) och erfarenhet av moderna ML‑ramverk
• Förmåga att bedriva självständig forskning och samarbeta i en tvärvetenskaplig miljö
• Goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska.

Andra önskvärda kvalifikationer

• Erfarenhet av arbete med komplexa eller högdimensionella system
• Erfarenhet av fysikinformerad eller begränsningsbaserad maskininlärning (t.ex. neurala ODE:er, energibaserade modeller)
• Erfarenhet av dynamiska system, stokastiska processer eller SDE:er
• Bakgrund inom multiskalemodellering, grovkornig modellering eller icke‑jämviktssystem
• Erfarenhet av generativ modellering eller partiellt observerade system
• Kännedom om biologiska data (t.ex. avbildning, proteomik, encellsdata)

Tidigare biologisk erfarenhet är inte nödvändig. Vi uppmuntrar särskilt sökande med kvantitativ bakgrund.

Job Information

Job Title: Postdoktor i AI-modellering av cellulär dynamik, Alpha Cell Program

Employer: Karolinska Institutet

Location: Solna, Stockholms län

Job Type: Postdoc

Contract Length: Tidsbegränsad anställning

Employment Level: Heltid 100%

Recruitment ID: STÖD 2-2048/2026

Contact: Avlant Nilsson, [e-mail]

Union representatives:
Björn Andersson, SACO – [e-mail]
Elizabeth Valenzuela, SEKO – [e-mail]
Bodil Moberg, OFR – [e-mail]

Published: 2026‑06‑01

Application Deadline: 2026‑08‑03