Postdoc in FAIR interoperabiliteit van biomedische data

Amsterdam UMC; Amsterdam; Hybrid; EUR 42,000 - 65,000; Full time

Benefits offered by this job

100% OV-vergoeding

Fietsregeling

BeFrank pensioen

Job summary

Amsterdam UMC Research BV zoekt een postdoc gespecialiseerd in FAIR interoperabiliteit van biomedische data. Je ontwikkelt en implementeert benaderingen voor schema-analyse, schema-harmonisatie en metadata-integratie over meerdere biomedische databases.

Je werkt in een dynamische, interdisciplinaire omgeving en draagt bij aan interoperabele workflows via BioDataFuse, bio.tools en Galaxy, met focus op ELIXIR en nationale infrastructuren.

Qualifications

• PhD in bio-informatica, computationele biologie of gerelateerde discipline.
• Ervaring met integratie van biomedische data en metadatastandaarden.
• Kennis van FAIR-dataprincipes en open science.
• Sterke organisatorische, communicatieve en interpersoonlijke vaardigheden.
• Uitstekende schriftelijke en mondelinge communicatieve vaardigheden in het Engels.
• Vermogen om zelfstandig te werken en binnen interdisciplinaire en multi-institutionele samenwerkingen.
• Nauwkeurigheid en toewijding aan hoogwaardig werk.

Responsibilities

• Identificeren en analyseren van schema’s van biomedische databases, met name binnen Zeldzame Ziekten en Proteomics.
• Koppelen van databaseschema’s aan standaarden en ontologieën zoals Bioschemas, EDAM en OBO Foundry-bronnen.
• Genereren van gestructureerde schemabeschrijvingen en verrijkte FAIR-metadata.
• Integreren van schema-informatie in BioDataFuse, bio.tools en Galaxy voor herbruikbare workflows.
• Zorgen dat projectresultaten voldoen aan FAIR en open-science-principes; documentatie en disseminatie.
• Samenwerking met projectpartners en community stakeholders (ELIXIR, nationale infrastructuren).
• Bijdragen aan publicaties en presentaties op nationale en internationale evenementen.

Skills

PhD in bio-informatica

Interdisciplinair samenwerken

Engels (uitstekende spreken/schrijven)

Education

PhD in bio-informatica of gerelateerde discipline

Kennis van FAIR-dataprincipes

Tools

Bioschemas

EDAM

ShEx

bio.tools

Galaxy

Job description

Wat ga je doen?

Als postdoc op het gebied van FAIR interoperabiliteit van biomedische data speel je een centrale rol in het ontwikkelen en implementeren van benaderingen voor schema-analyse, schemaharmonisatie en metadata-integratie over verschillende biomedische databases heen. Je werkt in een dynamische en collaboratieve omgeving op het snijvlak van bio-informatica, FAIR data stewardship, semantische data-integratie en ontwikkeling van onderzoeksinfrastructuur.

Je belangrijkste verantwoordelijkheden omvatten:

• Je helpt bij het identificeren en analyseren van de schema’s van biomedische databases, met name binnen de domeinen Zeldzame Ziekten en Proteomics, waarbij je hun structuur, metadata en toegangsmethoden onderzoekt ter ondersteuning van interoperabiliteit en hergebruik;


• Je draagt bij aan het koppelen van databaseschema’s aan gevestigde standaarden en ontologieën, waaronder Bioschemas, EDAM, OBO Foundry-bronnen en gerelateerde semantische technologieën;


• Je helpt bij het genereren van gestructureerde schemabeschrijvingen en verrijkte FAIR-metadata om de vindbaarheid, toegankelijkheid en bruikbaarheid van biomedische databases te verbeteren;


• Je draagt bij aan de integratie van schema-informatie in platforms zoals BioDataFuse, bio.tools en Galaxy, waarmee beter herbruikbare en interoperabele workflows voor data-analyse mogelijk worden gemaakt;


• Je helpt ervoor te zorgen dat projectresultaten voldoen aan FAIR- en open-science-principes en draagt bij aan documentatie, verspreiding en adoptie binnen de bredere onderzoeksgemeenschap;


• Je werkt nauw samen met projectpartners, databasebeheerders en gebruikersgemeenschappen, waaronder stakeholders binnen ELIXIR en nationale infrastructuurinitiatieven, om projectresultaten af te stemmen op de behoeften van de community;


• Je draagt bij aan wetenschappelijke publicaties en presentaties op nationale en internationale evenementen om de resultaten en impact van het project te verspreiden.

Wat neem je mee?

Vereiste kwalificaties voor deze rol zijn:

• een PhD in bio-informatica, computationele biologie, data science, biomedische informatica of een verwante discipline;


• ervaring met integratie van biomedische data, datamodellering of metadatastandaarden;


• kennis van FAIR-dataprincipes en open-sciencepraktijken;


• sterke organisatorische, communicatieve en interpersoonlijke vaardigheden;


• uitstekende schriftelijke en mondelinge communicatieve vaardigheden in het Engels;


• vermogen om zelfstandig te werken én binnen interdisciplinaire en multi-institutionele samenwerkingen;


• grote nauwkeurigheid en toewijding aan het leveren van werk van hoge kwaliteit.

Gewenste ervaring met:

• semantic web-technologieën, ontologieën, RDF of schematalen zoals ShEx;


• metadatastandaarden zoals Bioschemas, EDAM of gerelateerde life-science-standaarden;


• biomedische databases, knowledge graphs of schema-gedreven data-integratie;


• platforms zoals bio.tools, Galaxy, WorkflowHub of vergelijkbare communitybronnen.

Wat bieden we jou?

• Je treedt in dienst bij Amsterdam UMC Research BV.


• Een contract voor de duur van 12 maanden, met de intentie te verlengen tot een totaal van twee jaar.


• Inschaling in salarisschaal 10: € 3.724 tot € 5.867 bruto bij een fulltime dienstverband (afhankelijk van ervaring). Daarnaast ontvang je 8,3% eindejaarsuitkering. Bereken hier jouw netto salaris.


• Vakantie-uren: 194,4 uur per jaar bij een fulltime dienstverband en de mogelijkheid om uren bij te sparen.


• 100% OV-vergoeding. Kom je lopend, fietsend of met de auto? Dan ontvang je een vergoeding van €0,21 per km (voor de auto geldt een maximum van 40 km enkele reis).


• Kom je op de fiets? Maak gebruik van onze goede fietsregeling.


• Pensioenopbouw bij BeFrank, een modern, begrijpelijk en eerlijk geprijsd pensioen.

Bekijk deze video met meer informatie over de indiensttreding bij Amsterdam UMC Research BV.