Bioinformaticus Neoantigeen Kankervaccins – PhD-kans

deRotterdamseZorg; Rotterdam; Hybrid; EUR 35,000 - 47,000; Full time

Benefits offered by this job

12 maanden tijdelijk contract

Bruto maandsalaris 3.126–4.182 EUR (36

CAO-salarisverhoging 3,5% mei 2027

13e maand en reiskostenvergoeding

Pensioen ABP 70% van premie

Fietsenservice

Job summary

DeRotterdamseZorg zoekt een bio-informaticus om samen met de STIRR-/Longgeneeskunde-teams gepersonaliseerde neoantigeenpeptiden gebaseerde kankervaccins voor alvleesklierkanker te ontwikkelen en te valideren.

U zult bezig zijn met het opzetten van pipelines, analyse van WES/RNA-seq-data en het ontwikkelen van ML-algoritmen, met mogelijkheden voor promotie afhankelijk van prestaties en financiering.

Qualifications

• Ervaring met analyse van high-throughput sequencing-data (WES/RNA-seq).
• Kennis van mutatiedata en genexpressiedata.
• Vaardigheid in Bash en ten minste één van R of Python.
• Ervaring met bio-informaticatools, workflows en Linux.
• Bij voorkeur kennis van HPC, Git, immunologie en kanker genomica, en ML.

Responsibilities

• Ontwikkelen en onderhouden van een bio-informatica-pijplijn voor neoantigenen.
• Analyseren van WES- en RNA-seq-gegevens for tumorspecifieke mutaties.
• Implementeren en optimaliseren van ML-algoritmen voor neoantigeen-voorspelling.
• Integreren van openbare en eigen datasets om pijplijn nauwkeurigheid te verbeteren.
• Samenwerken met laboratoriumonderzoekers voor validatie van voorspelde neoantigenen.
• Onderhouden en documenteren van computationele workflows en reproducibiliteit.
• Bijdragen aan publicaties en subsidieaanvragen.

Skills

HTS data analyse

Bash

Python

R

Linux

Git

HPC

Immunologie & kanker genomica

Machine learning

Education

Masterdiploma in bio-informatica / life sciences

Tools

Bash

Python

R

Linux

Git

High-performance computing

Job description

DeRotterdamseZorg zoekt een bio-informaticus om samen met de STIRR-/Longgeneeskunde-teams gepersonaliseerde neoantigeenpeptiden gebaseerde kankervaccins voor alvleesklierkanker te ontwikkelen en te valideren.

U zult bezig zijn met het opzetten van pipelines, analyse van WES/RNA-seq-data en het ontwikkelen van ML-algoritmen, met mogelijkheden voor promotie afhankelijk van prestaties en financiering.