Bioinformaticus neoantigeen-gebaseerde kankervaccins

deRotterdamseZorg; Rotterdam; Hybrid; EUR 35,000 - 47,000; Full time

Benefits offered by this job

12 maanden tijdelijk contract

Bruto maandsalaris 3.126–4.182 EUR (36

CAO-salarisverhoging 3,5% mei 2027

13e maand en reiskostenvergoeding

Pensioen ABP 70% van premie

Fietsenservice

Job summary

DeRotterdamseZorg zoekt een bio-informaticus om samen met de STIRR-/Longgeneeskunde-teams gepersonaliseerde neoantigeenpeptiden gebaseerde kankervaccins voor alvleesklierkanker te ontwikkelen en te valideren.

U zult bezig zijn met het opzetten van pipelines, analyse van WES/RNA-seq-data en het ontwikkelen van ML-algoritmen, met mogelijkheden voor promotie afhankelijk van prestaties en financiering.

Qualifications

• Ervaring met analyse van high-throughput sequencing-data (WES/RNA-seq).
• Kennis van mutatiedata en genexpressiedata.
• Vaardigheid in Bash en ten minste één van R of Python.
• Ervaring met bio-informaticatools, workflows en Linux.
• Bij voorkeur kennis van HPC, Git, immunologie en kanker genomica, en ML.

Responsibilities

• Ontwikkelen en onderhouden van een bio-informatica-pijplijn voor neoantigenen.
• Analyseren van WES- en RNA-seq-gegevens for tumorspecifieke mutaties.
• Implementeren en optimaliseren van ML-algoritmen voor neoantigeen-voorspelling.
• Integreren van openbare en eigen datasets om pijplijn nauwkeurigheid te verbeteren.
• Samenwerken met laboratoriumonderzoekers voor validatie van voorspelde neoantigenen.
• Onderhouden en documenteren van computationele workflows en reproducibiliteit.
• Bijdragen aan publicaties en subsidieaanvragen.

Skills

HTS data analyse

Bash

Python

R

Linux

Git

HPC

Immunologie & kanker genomica

Machine learning

Education

Masterdiploma in bio-informatica / life sciences

Tools

Bash

Python

R

Linux

Git

High-performance computing

Job description

Binnen de afdeling Longgeneeskunde zijn wij op zoek naar een enthousiaste en gedreven bio-informaticus die ons team komt versterken bij de ontwikkeling van gepersonaliseerde neoantigeen peptide gebaseerde kankervaccins voor de behandeling van patiënten met alvleesklierkanker.

Je belangrijkste werkzaamheden bestaan uit:

• Het ontwikkelen en onderhouden van een bio-informaticapijplijn voor de identificatie van neoantigenen.
• Het analyseren van next-generation sequencing-data (WES en RNA-seq) om tumorspecifieke mutaties te identificeren.
• Het implementeren en optimaliseren van machinelearningalgoritmen voor de voorspelling van neoantigenen.
• Het integreren van openbare en eigen datasets om de nauwkeurigheid van de pijplijn te verbeteren.
• Het samenwerken met onderzoekers die laboratoriumexperimenten uitvoeren om voorspelde neoantigenen te valideren.
• Het onderhouden en documenteren van computationele workflows om de reproduceerbaarheid van analyses te waarborgen.
• Het bijdragen aan wetenschappelijke publicaties en subsidieaanvragen.

Voor kandidaten die geïnteresseerd zijn in het behalen van een PhD, biedt deze functie mogelijk de gelegenheid om door te groeien naar een promotietraject. Dit is afhankelijk van je ambities en prestaties, de voortgang van het project en de beschikbaarheid van financiering.

Werkomgeving

De onderzoeksgroep Neoantigen Peptide maakt deel uit van de onderzoeksgroep Solid Tumor Immunology Research Rotterdam (STIRR), die is ondergebracht bij de afdeling Longgeneeskunde. STIRR verricht fundamenteel, translationeel en klinisch onderzoek naar de voorwaarden voor een effectieve antitumorimmuniteit en de mechanismen die ten grondslag liggen aan resistentie tegen immuuntherapieën. Het onderzoek richt zich op verschillende vormen van kanker, waaronder longkanker, mesothelioom, alvleesklierkanker en melanoom.

De onderzoeksgroep Neoantigen Peptide ontwikkelt innovatieve, op neoantigeenpeptiden gebaseerde kankervaccins voor de behandeling van alvleesklanker. Dit is een zeer agressieve vorm van kanker met een overlevingskans na vijf jaar van minder dan 10%. Daarom is er dringend behoefte aan nieuwe behandelmethoden.

Je komt terecht in een multidisciplinair team (15 FTE) en werkt nauw samen met andere bio-informatici, onderzoekers, apothekers, artsen en laboratoriumtechnici.

Profiel

Je beschikt over:

• Een masterdiploma in bio-informatica, life sciences, engineering, informatica, informatiesystemen of een vergelijkbare opleiding.
• Aantoonbare ervaring met de analyse van high-throughput sequencing-data, waaronder dataverwerking, kwaliteitscontrole en interpretatie.
• Kennis van mutatiedata en genexpressiedata.
• Vaardigheid in het gebruik van bio-informaticatools, het ontwikkelen van workflows en het werken met Linux-systemen.
• Goede programmeervaardigheden in Bash en in ten minste één van de programmeertalen R of Python.

Daarbij heb je bij voorkeur:

• Ervaring met high-performance computing (HPC)-infrastructuur.
• Ervaring met Git voor versiebeheer.
• Kennis van immunologie en kanker genomica.
• Bekendheid met machinelearningtechnieken.

Wat bieden wij

• Een tijdelijk dienstverband van 12 maanden, met de intentie om dit te verlengen.
• Een bruto maandsalaris van minimaal € 3.126,- en maximaal € 4.182,- (schaal 7) bij een volledige werkweek van 36 uur.
• Een cao-salarisverhoging van 3,5% per mei 2027.
• Een 13e maand die we in november uitkeren en een reiskostenvergoeding.
• Een pensioenverzekering bij het ABP. Wij betalen 70% van je pensioenpremie waardoor je netto salaris hoger uitvalt dan je misschien denkt.
• Sportfaciliteiten in het Erasmus MC. En heb je een lekke band? Onze fietsenmaker repareert deze graag.

Wil je meer weten over deze functie? Neem dan contact op met Willem de Koning via e-mail, telefonisch of via WhatsApp op 06 158 581 03.