Stagiaire en génétique animale et analyse de données omics

INRAE; Castanet-Tolosan; On-site; EUR 11,000 - 16,000; Full time

Benefits offered by this job

Publication possible

Possibilité de thèse

Job summary

INRAE, à Castanet-Tolosan, recrute un stagiaire en génétique animale et analyse de données omics au sein du laboratoire GenPhySE. Vous contribuerez à étudier les liens entre métabolites ruminaux et efficacité alimentaire chez l’ovin allaitant, sous deux régimes alimentaires, en utilisant des données omiques et des méthodes statistiques.

Vous serez étudiant en Master 2 ou école d’ingénieur, avec une formation en génétique animale, production animale, statistiques ou analyse de données.

Qualifications

• Maîtriser R pour le traitement et l’analyse de données.
• Réaliser des analyses statistiques.
• Comprendre et interpréter des données de génétique quantitative.
• Manipuler et exploiter des bases de données scientifiques de grande taille.

Responsibilities

• Exploration des données: analyses descriptives, utilisation de données de consommation et de poids sur 12 semaines sous deux régimes.
• Analyse génétique et statistique: estimer l’héritabilité des métabolites et rechercher des régions du génome associées.
• Participation potentielle à une campagne d’échantillonnage et visites de sites expérimentaux.

Education

Master 2 ou diplôme d'ingénieur, Bac+5

Tools

R

Job description

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Nous recherchons un stagiaire en génétique animale et analyse de données omics pour contribuer à l’étude de données issues d’ovins allaitants afin de mieux comprendre les facteurs génétiques associés à leur efficience alimentaire.

Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE dans l’équipe de génétique quantitative MAGE, spécialisée dans l’étude de la variabilité génétique des caractères d’intérêt en élevage.

Le stage vise à déterminer si les caractéristiques du métabolome ruminal peuvent contribuer à prédire l’efficience alimentaire et si elles sont elles-mêmes influencées par la génétique des animaux. Vous contribuerez ainsi à mieux comprendre les liens entre génétique, fonctionnement du rumen et efficience alimentaire, avec des perspectives pour la sélection des ovins.

Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :

Exploration des données

• Réaliser les analyses statistiques descriptives avec R.
• Exploiter les données individuelles de consommation et de poids recueillies pendant 12 semaines avec deux régimes alimentaires.
• Explorer les données de métabolome ruminal (et éventuellement de microbiote ruminal).
• Interpréter les résultats dans un dispositif contrasté d’efficience alimentaire.

Analyse génétique et statistique

• Estimer l’héritabilité des métabolites ruminaux mesurés par résonance magnétique nucléaire.
• Analyser les corrélations génétiques entre les métabolites et les caractères d’efficience alimentaire.
• Comparer les résultats selon deux régimes alimentaires : concentré et fourrage.
• Rechercher des régions du génome associées aux métabolites héritables et à l’efficacité alimentaire.

Selon l’avancée du stage, vous pourrez participer à une campagne d’échantillonnage et visiter les sites expérimentaux.

Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Vous êtes étudiant-e en Master 2 ou en école d’ingénieur, avec une formation en génétique animale, production animale, statistiques ou analyse de données.

Une première expérience ou un goût pour l’analyse de données scientifiques et/ou la génétique quantitative est souhaitée.

Savoir-faire

• Maîtriser R pour le traitement et l’analyse de données.
• Réaliser des analyses statistiques.
• Comprendre et interpréter des données de génétique quantitative.
• Manipuler et exploiter des bases de données scientifiques de grande taille.

Savoir-être

• Rigueur dans l’analyse des données.
• Goût pour la génétique et les biostatistiques.
• Capacité à travailler en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

• Sujet innovant à l’interface de la génétique, des omics et de la nutrition animale
• Données riches et valorisables scientifiquement (publication possible)
• Poursuite en thèse envisageable

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr