Stage de Master 2 - métagénomique et phylogénomique - carottes de glace

SFBI; Grenoble; On-site; EUR 6,700 - 8,900; Full time

Job summary

SFBI propose un stage Master 2 en bioinformatique à Grenoble pour étudier une série temporelle de carottes de glace, avec analyses métagénomiques et phylogénomiques sur 6 mois, prise de poste le 1er janvier 2027, gratification selon la convention.

Le candidat travaillera en Python sous Linux sur des données réelles, participera à l’identification et validation taxonomique, et documentera les résultats des analyses.

Qualifications

• Étudiant en Master 2 en bioinformatique recherché.
• Maîtrise de Python et travail sous Linux.
• Capacité à utiliser la ligne de commande et à lire l’anglais technique.

Responsibilities

• Réaliser des analyses métagénomiques et phylogénomique sur des échantillons de glace.
• Identifier et caractériser les taxons microbiens d’intérêt dans le temps.
• Valider les assignations taxonomiques avec des génomes de référence.
• Assembler et comparer des génomes et MAGs.
• Travailler dans un environnement Linux et documenter les résultats.

Skills

Python

Linux

CLI (ligne de commande)

Anglais (écrit et parlé)

Education

Master 2 en bioinformatique

Job description

Stage de Master 2 - métagénomique et phylogénomique - carottes de glace

Stage·Stage M2·6 moisBac+5 / MasterIGE·Grenoble (France)gratification de stage

Date de prise de poste : 1 janvier 2027

métagénomique génomique comparative phylogénomique carottes de glace

Etude métagénomique et phylogénomique d’une série temporelle issue de carotte de glace

Contexte scientifique

Les micro-organismes peuvent être transportés dans l’atmosphère, puis déposés et préservés dans des environnements extrêmes tels que les glaciers. Les carottes de glace constituent ainsi de véritables archives environnementales, permettant d’accéder à des informations biologiques associées à différentes périodes du passé. L'ADN préservé permet de détecter la présence de ces micro-organismes, d’étudier leur diversité et potentiellement de retracer leur évolution au cours du temps.

Ce stage s’inscrit dans un projet visant à exploiter une série temporelle d’échantillons de glace provenant des Alpes françaises. L’objectif sera notamment de suivre un ou plusieurs taxons microbiens d’intérêt à travers le temps, en combinant des approches de métagénomique, de génomique comparative et de phylogénomique.

Objectifs du stage

L’objectif sera d’évaluer dans quelle mesure les données métagénomiques permettent de détecter, identifier et caractériser de manière fiable un taxon microbien d’intérêt dans des échantillons de glace correspondant à différentes périodes.

Le travail s’articulera autour de plusieurs objectifs:

• identifier le ou les organismes cibles à partir de données métagénomiques
• évaluer la présence, la distribution et l’abondance relative de ces organismes au cours du temps
• valider les assignations taxonomiques avec des génomes de référence
• caractériser la diversité génétique du ou des organismes cibles
• comparer les génomes reconstruits à différents temps et explorer leur histoire évolutive à l’aide d’approche phylogénomiques
• Prétraitement des données de métagénomiques (contrôle qualité, filtrage des séquences de mauvaises qualités)
• Détection de l’organisme ou des organismes cibles: classification taxonomique des reads, recherche de marqueurs etc.
• Validation des identifications: comparaison avec des génomes de référence, estimation de la confiance de l’assignation taxonomique.
• Assemblage des séquences voire production de MAGs
• Analyse comparative: comparaison des séquences entre les différents périodes
• Phylogénomique: constructions et analyses de phylogénies

Profil recheché

Ce stage s’adresse à un étudiant de Master 2 en bioinformatique avec une bonne maîtrise de Python. Il devra avoir un intérêt pour la génomique, la métagénomique et la phylogénomique. Il devra aussi être capable de travailler sous un environnement Linux et d’utiliser des outils en ligne de commande. Le stagiaire devra être confortable avec l’Anglais écrit et parlé.

Environnement de travail:
Le stage durera 6 mois et pourra commencer début janvier (dates libres). Il se déroulera à l'Institut des Geosciences de l'Environnement sur le campus de l'Université Grenoble Alpes à Saint-Martin-d'Hères