STAGE - Biologiste Computationnel (H/F)

SERVIER; Gif-sur-Yvette; On-site; EUR 10,000 - 13,000; Full time

Benefits offered by this job

Télétravail partiel

Horaires flexibles

Salle de sport gratuite

Navettes Servier

Avantages Groupe

Well Platinum (bien-être des employés)

Job summary

Servier Paris-Saclay R&D Institute, Gif-sur-Yvette (91), propose un stage de Biologiste Computationnel dans l’équipe In Silico Target Insight, dédié à l’analyse d’un atlas single-cell des tumeurs cérébrales agressives et à la découverte de biomarqueurs et cibles thérapeutiques potentielles.

Vous contribuerez à la construction d’un pipeline robuste couvrant QC, normalisation, clustering et annotation cellulaire, et à l’évaluation de voies et réseaux de signalisation; vous communiquerez vos

Qualifications

• Formation: Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieurs avec spécialisation bioinformatique/biostatistique/biologie computationnelle.
• Maîtrise des outils d’analyse single-cell sur Python (scanpy, anndata, numpy) et R (Seurat, inferCNA, scDblFinder).
• Utilisation d’outils de reproductibilité (Nextflow, pip/uv/pixi). Environnement (bash, HPC, Git).

Responsibilities

• Mettre en œuvre et optimiser un pipeline d’analyse single-cell (QC, normalisation, clustering, réduction de dimension et annotation cellulaire).
• Évaluer la pertinence de cibles thérapeutiques et de voies de signalisation dans des sous-populations cellulaires.
• Inférer des réseaux de signalisation et co-activation pour caractériser les profils cellulaires.
• Présenter les résultats de manière pédagogique lors de réunions techniques avec les bio-informaticiens et biologistes.

Skills

Single-cell analysis

Python (scanpy)

R (Seurat)

Bioinformatics

Communication orale

Education

Master 2 en bioinformatique/biostatistique/biologie computationnelle

Dernière année d’école d’ingénieurs

Tools

Nextflow

Shell (bash)

Git

HPC

Job description

Caractérisation de l'hétérogénéité et de la plasticité du Glioblastome par analyse de données Single-cell

Votre mission :

Le glioblastome (GBM) IDH-wildtype est la tumeur cérébrale primaire la plus fréquente et la plus agressive chez l'adulte. Sa résistance aux traitements standards est portée par une forte hétérogénéité tumorale, la plasticité des cellules et un microenvironnement immunosuppresseur. L'enjeu de ce stage est de s'appuyer sur l'analyse de données single-cell pour découvrir, évaluer et caractériser des biomarqueurs ainsi que des cibles thérapeutiques potentielles permettant ainsi d'évaluer de nouveaux leviers thérapeutiques.

En tant que stagiaire Biologiste Computationnel, dans l’équipe In Silico Target Insight, vous participerez activement à l'exploitation d'un atlas single-cell dédié à la caractérisation des tumeurs cérébrales agressives, dans un contexte d’innovation thérapeutique et de médecine de précision. Vos principales responsabilités incluront :

• Analyse de données single-cell : Mettre en œuvre et optimiser un pipeline d'analyse robuste, couvrant l'ensemble des étapes clés (contrôle qualité/QC, normalisation, clustering, réduction de dimension et annotation cellulaire).
• Évaluation de cibles et de voies biologiques : Identifier et évaluer la pertinence de cibles thérapeutiques et de voies de signalisation au sein de sous-populations cellulaires spécifiques.
• Inférence de réseaux de signalisation : Développer des approches pour inférer et identifier l'activation de voies de signalisation (incluant les phénomènes de co-activation) afin de caractériser précisément les profils cellulaires.
• Communication scientifique : Synthétiser vos travaux et présenter vos résultats de manière pédagogique lors de réunions techniques avec vos pairs bio-informaticiens et les équipes de biologistes.

Description du profil

Votre profil :Nous recherchons un(e) étudiant(e) passionné(e) par les technologies single-cell et la biologie computationnelle, avec une forte envie d’apprendre et de s’investir dans un environnement dynamique.

Compétences requises : Formation : Étudiant(e) en Master 2 ou dernière année d’école d’ingénieur, avec une spécialisation en bioinformatique, biostatistiques ou biologie computationnelle.

Hardskills : Maitrise des outils standards d’analyse single cell sur Python (scanpy, anndata, numpy) et R (Seurat, inferCNA, scDblFinder). Utilisation d’outils de reproductibilité (Nextflow, pip / uv / pixi. Environnement (bash, HPC, Git). Softskills : Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire et goût pour l’interaction entre l’informatique et la biologie. Rigueur scientifique, esprit d’analyse et aisance à l’oral pour la présentation de résultats.

Nous proposons :

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• La convivialité avec des événements et une ambiance de travail dynamique (ex : NewGen Welcome Session, séminaires, ateliers de développement personnel, ...).

Avantages :

• Télétravail jusqu’à 8 jours par mois en fonction de l’activité
• Horaires flexibles
• Accès gratuit à la Salle de sport dans nos locaux (coaching individuel, machines et cours collectifs)
• Accès gratuit aux sept lignes de navette Servier
• Avantages Groupe (intéressement et participation)
• Certification Well Platinum (bien-être des employés et respect de l’environnement)

Site : Servier Paris-Saclay R&D Institute, Gif-sur-Yvette (91)

Durée : 6 mois

Date de début : Q1 2027

Type de contrat : Stage

Accessibilité : Site accessible aux personnes en situation de handicap