Postdoc - Analyse d'image en neurobiologie du développement (H/F)

Cnrs Inc; Palaiseau; On-site; EUR 35,000 - 52,000; Full time

Benefits offered by this job

Pratique et indemnisation du TT

Mobilité durable 300€

44 jours RTT

Job summary

CNRS à Palaiseau recherche un chercheur post-doctorant en analyse de grandes images biologiques pour développer et optimiser des stratégies d’analyse automatisée d’images 3D multicanaux de cerveaux de souris.

Le candidat travaillera à partir d’un pipeline existant, avec pour objectif d’extraire plus d’informations et de traiter des données volumineuses, en collaboration avec les équipes du LOB et de l’IA. L’offre est senior et s’inscrit dans un cadre CNRS sur 17 mois.

Qualifications

• Thèse en vision par ordinateur, analyse d'images biomédicales ou biologie computationnelle.
• Compétences avancées en Python, IA et analyse d'image.
• Intérêt ou connaissances en microscopie et neuroscience.
• Capacité à travailler au sein d'une équipe interdisciplinaire.

Responsibilities

• Développer et optimiser des stratégies d’analyse automatisée d’images 3D multicanaux de cerveaux de souris.
• Travailler sur un pipeline existant pour extraire plus d'informations à partir de données volumineuses.
• Collaborer avec les équipes LOB et IA pour améliorer les résultats.

Skills

Vision par ordinateur

Imagerie biomédicale

Python

IA/Statistiques

Analyse d'image

Microscopie

Neuroscience

Travail d'équipe

Education

Doctorat en vision par ordinateur

Job description

Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.

L'offre en un coup d'oeil

L'unité

Laboratoire d'optique et biosciences

Type de Contrat

Chercheur en contrat CDD

Durée du contrat

17 mois

Rémuneration

de 3131.32 à 4703.50€ brut mensuel selon expérience

Description du Poste

Les Missions

Le groupe « Microscopies avancées et physiologie des tissus » du Laboratoire d'Optique et de Biosciences (LOB), École Polytechnique, Palaiseau, France, cherche un(e) chercheur(se) post-doctorant(e) en analyse de grandes images biologiques. Il/elle aura pour mission de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies d’analyse automatisée d’images 3D multicanaux/multicolores de cerveaux de souris de tailles supérieure au téraoctet. À partir d'un premier pipeline déjà opérationnel, il s'agira d'extraire plus d'informations, plus rapidement et à partir de données plus diverses, dans le but de répondre à des questions sur le développement du tissu cérébral.

L'Activité

Le ou la candidat(e) travaillera à partir des données expérimentales obtenues depuis deux ans au LOB, en lien étroit avec les problématiques biologiques qui ont motivé la production de ces données. Deux sujets complémentaires sont initialement envisagés : (i) l'apprentissage auto-supervisé polyvalent pour la détection, la segmentation, le traçage et la classification conjoints des cellules dans des images de grand volume, et (ii) le recalage multi-échelles entre images enregistrées avec différentes modalités de contraste. Des solutions partielles ont été implémentées ou décrites dans la littérature, en particulier via des méthodes d’apprentissage statistique, qui devront être testées et adaptées aux données multicolores.

Votre Profil

Compétences

Une thèse en vision par ordinateur, analyse d'images biomédicales ou biologie computationnelle avec une forte composante imagerie est demandée. Des compétences avancées en programmation en Python, apprentissage statistique/IA et analyse d'image sont requises. Un intérêt marqué et/ou des connaissances en microscopie et neuroscience seraient un atout. La capacité à travailler au sein d’une équipe interdisciplinaire est nécessaire.

Votre Environnement de Travail

Dans le cadre d’une collaboration de longue date entre le groupe de microscopies avancées du LOB à l'École Polytechnique et le groupe de neurogenèse et développement de circuits de l'Institut de la Vision, nous avons développé une technologie d'imagerie permettant de cartographier avec une résolution subcellulaire 3D un cerveau de souris entier marqué par une approche Brainbow multicolore renseignant sur les lignages cellulaires. Nous générons actuellement des jeux de données multicanaux comportant des centaines de milliards de voxels, et des efforts considérables sont actuellement en cours pour traiter, analyser et comprendre ces données, en particulier en collaboration avec le département d’informatique et IA de l’Université du Pays Basque.

Rémunération

de 3131.32 à 4703.50€ brut mensuel selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

Référence de l’offre

Section(s) CN / Domaine de recherche

Section(s) CN / Domaine de recherche Modélisation mathématique, informatique et physique pour les sciences du vivant

Expérience souhaitée

Expérience souhaitée 1 à 4 années

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.