Ingénieur - Etude des changements de forme durant le développement : Application à l'embryogénè[...]

INRIA; Valbonne; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un institut de recherche en informatique recherche un candidat possédant un doctorat en informatique, mathématiques, physique ou biologie du développement. Le poste exige des compétences en traitement d'image, analyse de données, apprentissage automatique, ainsi que la maîtrise de C/C++ et Python. Les candidats devront développer des outils numériques pour analyser la distribution de molécules fluorescentes. Le salaire brut commence à 2692 € par mois, avec des avantages tels que télétravail et congés supplémentaires.

Prestations

Restauration subventionnée

Transports publics remboursés partiellement

Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT

Possibilité de télétravail

Équipements professionnels à disposition

Prestations sociales, culturelles et sportives

Accès à la formation professionnelle

Sécurité sociale

Qualifications

• Doctorat requis dans un domaine pertinent.
• Compétences en traitement d'image et en analyse de données.
• Expérience en imagerie biologique ou médicale appréciée.

Responsabilités

• Développer des outils numériques utiles et réutilisables.
• Analyser les caractéristiques géométriques de la distribution cellulaire.
• Identifier les voies de signalisation activées entre les populations cellulaires.

Connaissances

Traitement d'image

Analyse de données

Apprentissage automatique

Programmation en C/C++

Programmation en Python

Microscopie à feuille de lumière

Formation

Doctorat en informatique, mathématiques, physique ou biologie du développement

Description du poste

Contexte et atouts du poste

Budding tubulogenesis is a biological process through which a tube forms from an epithelial sheet of cells. It represents the most common and versatile way to shape a tube [1]. This process involves coordinated changes of cell shapes, movements, protein expressions and other cellular dynamics.

The formation of the larval gut in sea urchin embryo serves as an excellent model to study this process. To understand morphogenesis at the cellular level, it is essential to image, segment (i.e., individually identify), and track cells throughout the event at the whole‑embryo scale [3]. Our collaborators of the Rauzi team in Nice has successfully achieved this for multiple embryos of the species Paracentrotus lividus.

The aim of the proposed project is to bring this study one step further by linking cell populations and their molecular characteristics. This will be accomplished by correlating cell morphometrics with the cellular and sub‑cellular localization of signaling factors (e.g. Frizzled 5 / 8, JnkP, … [2]) or cell structural proteins (e.g. actin, myosin, microtubules, …). The selected candidate will therefore need to develop user‑friendly, reusable numerical tools, preferably compatible with existing tools [3], in order to :

• Analyze the geometrical characteristics of the sub‑cellular distribution of fluorescent molecules within each segmented cell.
• Identify what are the signaling pathways activated across the various cell populations.

[1] Romero A, Walker BL, Krneta‑Stankic V, Gerner‑Mauro K, Youmans L, Miller RK. The dynamics of tubulogenesis in development and disease. Development. 2025 Feb 1;152: DEV202820.

[2] Croce J, Duloquin L, Lhomond G, McClay DR, Gache C. Frizzled 5 / 8 is required in secondary mesenchyme cells to initiate archenteron invagination during sea urchin development. Development. 2006 Feb;133: 547‑57.

[3] Guignard, L., Fiuza, U.-M., Leggio, B., Laussu, J., Faure, E., Michelin, G., Biasuz, K., Hufnagel, L., Malandain, G., Godin, C., and Lemaire, P. Contact‑area dependent cell communications and the morphological invariance of ascidian embryogenesis. Science, accepted for publication.

Mission confiée

The aim of the proposed project is to bring this study one step further by linking cell populations and their molecular characteristics. This will be accomplished by correlating cell morphometrics with the cellular and sub‑cellular localization of signaling factors (e.g. Frizzled 5 / 8, JnkP, … [2]) or cell structural proteins (e.g. actin, myosin, microtubules, …). The selected candidate will therefore need to develop user‑friendly, reusable numerical tools, preferably compatible with existing tools [3], in order to :

• Analyze the geometrical characteristics of the sub‑cellular distribution of fluorescent molecules within each segmented cell.
• Identify what are the signaling pathways activated across the various cell populations.

Compétences

The ideal candidate must have a PhD degree in computer science, mathematics, physics or developmental biology. S / he should have skills in several of the following areas: Image Processing and Analysis, Data Sciences, and Machine Learning. S / he should be proficient in programming in C / C++ and Python languages. Previous experience in biological or medical imaging will be considered as an asset. Mastering light‑sheet microscopy is required.

Avantages

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Congés : 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
• Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
• Accès à la formation professionnelle
• Sécurité sociale

Rémunération

A partir de 2692 € brut mensuel (selon diplôme et expérience)