Ingénieur en base de données

SFBI; Montpellier; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un laboratoire de recherche à Montpellier cherche un·e ingénieur·e informatique pour rejoindre le projet CROPTRAITS. Vous travaillerez sur la finalisation d'une base de données dédiée à l'agroécologie, intégrant des jeux de données variés. Le poste, en CDD de 12 mois, exige un Bac+5 en informatique et des compétences solides en développement. Intégrez une équipe pluridisciplinaire et contribuez à un projet innovant pour la recherche.

Qualifications

• Diplôme Bac+5 requis dans des domaines pertinents.
• Maîtrise des bases de données et des langages de programmation.
• Autonomie et compétences en organisation.

Responsabilités

• Finaliser et alimenter la base de données CROPTRAITS.
• Développer des outils de diffusion et de contribution.
• Assurer la durabilité et l'évolutivité de CROPTRAITS.

Connaissances

SGBD (PostgreSQL)

Programmation (Python, R, React, Bash, FastAPI)

Versionning (GitLab)

Conteneurisation (Docker)

Connaissances F.A.I.R

Métadonnées et ontologies

Formation

Bac+5 en informatique, bio-informatique, data science

Description du poste

bzde de données, écologie, développement, CROPTRAITS F.A.I.R.

Un/une ingénieur informatique - Base de Données et Système d’information (12 mois) – Projet CROPTRAITS – CEFE, Montpellier

Contexte

Nous recherchons un·e ingénieur·e informatique motivé·e pour rejoindre le projet CROPTRAITS, dont l’ambition est de développer le premier système d’information mondial, centralisé et interopérable, dédié aux traits fonctionnels des plantes cultivées. Cette ressource scientifique inédite rassemblera, harmonisera et diffusera des données provenant de publications, de bases existantes et de nouvelles collectes. Elle constituera un outil majeur pour la recherche en agroécologie, biodiversité, adaptation et conservation. Une première version de la base de données CROPTRAITS, incluant un modèle relationnel complet sous PostgreSQL, a déjà été conçue et codée.

Le projet est porté par Lucie Mahaut, chercheure au Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE – Montpellier), l’un des plus grands laboratoires de recherche en écologie en France. Vous serez intégré·e à l’équipe ECOPAR (Écologie Comparative), qui développe une approche interdisciplinaire pour comprendre la diversité fonctionnelle des plantes et la résilience des agroécosystèmes. L’équipe possède une expertise reconnue dans la construction, la gestion et l’ouverture de bases de données mondiales sur la biodiversité. Vous travaillerez en étroite collaboration avec un stagiaire de M2 recruté sur le même projet, en charge du développement d’un pipeline de text‑mining dédié à l’extraction automatisée des données de traits fonctionnels à partir du web scientifique. Enfin, vous serez pleinement intégré·e au Pôle Numérique du CEFE, une équipe spécialisée dans le développement logiciels, la gestion de données et l’administration. Le Pôle Numérique vous accompagnera pour garantir la mise en place des bonnes pratiques d’ingénierie logicielle, la sécurisation et l’optimisation de la gestion des données, ainsi que la diffusion ouverte et pérenne des ressources produites. Cet environnement stimulant vous permettra de contribuer au développement d’une infrastructure scientifique mondiale, destinée à devenir un outil clé pour comprendre et valoriser la diversité cultivée dans un contexte de transition agroécologique.

Missions principales

1. Finalisation et alimentation de CROPTRAITS
   • Vérifier et optimiser la structure de la base relationnelle existante (PostgreSQL).
   • Intégrer de nouveaux jeux de données de traits issus de publications et de bases complémentaires.
   • Concevoir, développer et maintenir des fonctionnalités front‑end et back‑end performantes et sécurisées.
   • Développer et maintenir des API (FastAPI).
2. Développement d’outils de diffusion et de contribution
   • Finaliser le développement de l’interface web de consultation et de téléchargement des données.
   • Mettre en place un outil de data mapping pour faciliter la standardisation de nouvelles données (formats hétérogènes → standard CROPTRAITS).
   • Mettre en place l’interopérabilité avec d’autres bases.
3. Durabilité et évolutivité de CROPTRAITS
   • Proposer et mettre en œuvre de bonnes pratiques de maintenance, sauvegardes et sécurité des données.
   • Rédiger la documentation technique et assurer la reproductibilité.
   • Former les chercheurs du consortium aux outils et procédures.

Profil recherché

Bac+5 en informatique, bio‑informatique, data science ou équivalent.

Compétences techniques

• Maîtrise de SGBD (PostgreSQL)
• Maîtrise en programmation et déploiement (Python, R, React, Bash, FastAPI)
• Versionning : GitLab
• Conteneurisation : Docker
• Des connaissances sur les principes F.A.I.R seraient un plus
• Des connaissances sur les métadonnées, les standards utilisés (EML, Darwin Core, Dublin Core…), les thésaurus et ontologies seraient un plus

Compétences transversales

• Rigueur, autonomie, sens de l’organisation
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire
• Connaissance des bonnes pratiques en développement (versionning, documentation, norme de programmation, tests, notion de sécurité)

Conditions de recrutement

• Contrat à durée déterminée (CDD) de 12 mois, potentiellement prolongeable 6 mois.
• Prise de poste souhaitée : 15/04/2026.
• Lieu : UMR CEFE-CNRS Montpellier.
• Rémunération selon expérience et grille (CNRS) en vigueur.

Candidature

Pour candidater, merci d’envoyer CV et lettre de motivation à Christelle Dantec ([e-mail]) et Lucie Mahaut ([e-mail]). Date limite de candidature : 15/02/2026.