Ingénieur-e de recherche, biologiste en analyse de données H/F

CNRS; Orléans; Sur place; EUR 40 000 - 50 000; Plein temps

Résumé du poste

Une institution de recherche scientifique recrute un(e) Ingénieur-e de recherche, biologiste en analyse de données à Orléans. Dans ce rôle, vous serez responsable de concevoir et mettre en œuvre des outils bioinformatiques pour l'analyse de données multi-omiques. Le profil recherché inclut une expertise en bio-informatique et en biologie moléculaire, ainsi que des compétences en communication. Les candidats doivent posséder un doctorat pertinent et une bonne maîtrise des techniques et systèmes informatiques.

Prestations

Possibilité de participer à des congrès internationaux

Environnement de travail collaboratif

Qualifications

• Compétence avancée en bio-informatique et statistiques avancées.
• Connaissances approfondies en biologie moléculaire et cellulaire.
• Capacité à travailler dans des équipes pluridisciplinaires.

Responsabilités

• Concevoir et mettre en œuvre des outils bioinformatiques pour l'analyse de données multi-omiques.
• Gérer les moyens humains et financiers des projets de recherche.
• Assurer la formation des chercheurs et étudiants sur les outils bioinformatiques.

Connaissances

Bio-informatique

Statistiques avancées

Biologie moléculaire

Langages de programmation (Python, R, Java)

Systèmes Linux/Unix

Cytométrie

Gestion de données massives

Communication en anglais

Formation

Doctorat en biologie ou bio-informatique

Outils

Logiciels d'analyse de cytométrie

Outils de bioinformatique

Description du poste

Ingénieur-e de recherche, biologiste en analyse de données H/F

Date Limite Candidature : jeudi 15 janvier 2026 17:00:00 heure de Paris

Informations générales

Réservé uniquement aux agents CNRS (fonctionnaires et CDI)

Intitulé de l'offre : Ingénieur-e de recherche, biologiste en analyse de données H/F

Référence : UMR7355-MOBINT-K53004

Lieu de travail : ORLEANS

Institut : INSB - Institut des sciences biologiques

Date de publication : mercredi 3 décembre 2025

Session : Campagne Hiver 2026

Groupe de Fonction : IRG3

BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement

Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en analyse de donnees

Missions

Concevoir, développer et mettre en œuvre des approches méthodologiques et des outils bioinformatiques pour l'analyse de données multi-omiques à haut débit, dans le cadre de projets de recherche portant sur les mécanismes impliqués dans les pathologies affectant l'immunité et/ou le système nerveux.

Activités

• Définir et choisir l'ensemble des approches bio-informatiques nécessaires à l'analyse des métadonnées issues des expériences du laboratoire ;
• Élaborer un plan d'étude et de recueil de données optimal en réponse aux problématiques posées ;
• Concevoir, tester et valider de nouveaux algorithmes et modèles mathématiques adaptés aux problématiques de recherche ;
• Gérer les moyens humains, techniques et financiers alloués aux dispositifs de collecte et de traitement de données ;
• Assurer la conservation et faciliter la diffusion des données et métadonnées de l'unité par leur archivage pérenne dans des bases de données publiques ;
• Rassembler, structurer, stocker et établir des liens entre les différentes sources de données ;
• Analyser les données omiques dérivant des travaux de recherche de l'unité, notamment RNA-seq, ChIP-seq, metagenomics, single-cell, protéomiques, metabolomiques et le traitement d'images ;
• Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques au travers de rapports, de dépôts de brevets, de publications scientifiques et de présentations orales ;
• Organiser et maintenir une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité afin d'être à jour sur les avancées et innovations ;
• Assurer la formation et l'accompagnement des chercheurs, ingénieurs et étudiants à l'utilisation des outils bioinformatiques.

Activités associées

• Participation aux réunions d'équipe et séminaires ;
• Présentation des résultats en conférence ;
• Rédaction d'articles scientifiques ;
• Contribution à l'encadrement des doctorants et stagiaires.

Compétences

Savoirs

• Compétence avancée en bio-informatique ;
• Connaissance en statistiques avancées et biostatistique (ANOVA, PCA, clustering, modèles linéaires) ;
• Connaissances approfondies en biologie moléculaire et cellulaire, génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique ;
• Connaissance des technologies de séquençage haut débit (NGS) : Illumina, PacBio, Oxford Nanopore ;
• Connaissance des bases de données biologiques : NCBI, Ensembl, UniProt, GEO, PDB, etc ;
• Connaissance des formats de données biologiques : FASTA, FASTQ, GFF, SAM/BAM, VCF ;
• Connaissance avancée en langages de programmation : Python, R, Java, etc ;
• Connaissances approfondies des systèmes Linux/Unix et des environnements de calcul haute performance ;
• Connaissances approfondies des concepts d'analyse statistique appliqués aux données biologiques ;
• Maîtrise des techniques de cytométrie en flux multi-paramètres, de microcopie et d'imagerie ;
• Connaissance des bonnes pratiques de science ouverte et la reproductibilité (FAIR data) ;

Savoir-faire

• Développer de nouveaux modèles d'analyse multi-omiques ;
• Maîtrise des logiciels d'analyses de cytométrie en Flux et d'images ;
• Gestion de données massives et complexes ;
• Assurer le suivi, la traçabilité et la reproductibilité des analyses ;
• Collaborer efficacement en équipes pluridisciplinaires ;
• Respecter et appliquer les règles d'hygiène et sécurité ;
• Communiquer efficacement en anglais.

Savoir-être

• Rigueur scientifique, sens du détail et organisation ;
• Esprit d'équipe et capacité à collaboration pluridisciplinaire ;
• Autonomie et organisation dans la gestion de projet ;
• Curiosité, goût pour l'innovation scientifique et technologique ;
• Capacité d'adaptation dans un domaine en évolution rapide ;
• Capacité à gérer les priorités ;
• Sens du partage des connaissances et d'accompagnement (collègues, étudiants).

Contexte de travail

Laboratoire d'Immuno-NEuro Modulation (INEM), est une Unité Mixte de Recherche UMR7355, situé sur le campus CNRS d'Orléans. L'unité compte deux équipes (20 chercheurs et enseignants-chercheurs, 10 IT, 10 doctorants et stagiaires) et dispose d'infrastructures de pointe en culture cellulaire (L1 et L2), de cytométrie en flux, histologie (automate de traitement des tissus, microtomes, cryostats), analyse de la fonction pulmonaire (Pléthysmographes invasif et non invasif), et expérimentation animale (animaleries A1 et A2 sur site).

L'évolution importante des activités expérimentales de l'unité nécessite l'utilisation de techniques informatiques spécifiques, qu'il s'agisse de la génération de données multi-omiques, de l'acquisition d'images 2D ou 3D, ou encore de leur traitement et de leur analyse.

Cette évolution entraîne une augmentation significative du volume de données et requiert des compétences dédiées.

Nous envisageons ainsi de mettre en place, au sein du laboratoire, une plateforme technique dédiée à l'analyse des données de séquençage, aux études d'expression génique, à la métabolomique ainsi qu'à d'autres approches bioinformatiques.

Placé sous la responsabilité de la directrice d'unité, la personne recrutée interagira avec les deux équipes.

Possibilité de participer à des congrès internationaux au moins 1 fois par an.

Contraintes et risques : Les risques sont ceux typiques d'un laboratoire expérimental de biologie confiné de niveau 2.

Contact : Dieudonnée TOGBE, DU INEM-UMR7355, [e-mail]