Ingénieur(e) d'études - Inflammation pulmonaire

Institut Imagine; Paris; On-site; EUR 38,000 - 52,000; Full time

Job summary

Institut Imagine recherche un ingénieur d’étude pour développer et utiliser des modèles cellulaires pulmonaires afin d’étudier la réponse inflammatoire dans le SAVI et le syndrome COPA, en particulier sur des cellules endothéliales et épithéliales dérivées d’iPSC humaines.

Le poste implique culture, différenciation, caractérisation, stimulation et analyses moléculaires (RNA, protéines) avec optimisation de protocoles; travail en équipe, respect des règles d’éthique et de sécurité au laboratoire.

Qualifications

• Master 2 ou diplôme d'ingénieur en biologie cellulaire ou domaine apparenté.
• Expérience en culture cellulaire et différenciation d'iPSC est fortement appréciée.
• Connaissances en CRISPR-Cas9 sur cellules iPS humaines souhaitables.

Responsibilities

• Culture et entretien de cellules primaires, lignées et iPSC humaines; gestion des banques cellulaires.
• Différenciation des iPSC en cellules pulmonaires endothéliales et épithéliales en 2D (organ-on-a-chip).
• Caractérisation et contrôle qualité des cellules différenciées.
• Stimulation et traitement cellulaires, y compris essais de composés thérapeutiques.
• Analyse de la réponse inflammatoire (ARN, RT-qPCR, RNAseq; protéines par western blot/ELISA; immunofluorescence).
• Mise au point et optimisation des protocoles.

Skills

iPSC culture

Endothelial & epithelial diff.

RNA extraction & RT-qPCR

Western blot & ELISA

CRISPR-Cas9 editing

Immunofluorescence & confocal

Lab safety & ethics

Education

Master 2 en biologie cellulaire ou ingénierie biotechnologique

Tools

ImageJ/Fiji

GraphPad Prism

Microsoft Office

Job description

Marie-Louise Frémond, chercheuse dans le laboratoire du Pr Yanick Crow à l'Institut Imagine (Paris) recrute un(e) ingénieur(e) d’étude pour le projet SABLE. Ce projet étudie l'inflammation pulmonaire dans le SAVI et le syndrome COPA à l'aide de modèles cellulaires, notamment des cellules endothéliales et épithéliales pulmonaires dérivées de cellules iPS humaines.

https://www.institutimagine.org/fr/yanick-crow-180

Créé à l’initiative des chercheurs et médecins de l’Hôpital Necker, l’Institut des maladies génétiques Imagine (Institut Hospitalo-Universitaire (IHU), INSERM U1163) développe des programmes scientifiques fondés sur une continuité entre recherche fondamentale, recherche clinique et soins innovants sur les maladies génétiques et les prédispositions génétiques aux maladies fréquentes, de l’enfance à l’âge adulte. Imagine est un institut internationalement reconnu qui assure une recherche de haute qualité en termes de formation pluridisciplinaire et de taux de publication.

Contexte scientifique:

Le laboratoire de neurogénétique et neuroinflammation dirigé par Yanick Crow identifie et étudie les bases moléculaires et cellulaires des interféronopathies de type I, des maladies génétiques caractérisées par une production chronique d’interférons de type I.

L’étude de ces maladies a montré que deux d’entre-elles, le SAVI (STING-associated vasculopathy with onset in infancy) et le syndrome COPA présentent une inflammation pulmonaire sévère responsable de fibrose et d’une mortalité élevée. De façon intéressante, le rôle de l'interféron de type I comme médiateur de l'inflammation pulmonaire a été récemment mis en évidence. Dans un travail supervisé par Marie-Louise Frémond, nous avons montré que la protéine COPA, qui est mutée dans le syndrome COPA, a un rôle dans le trafic de la protéine STING au sein du système Golgi – réticulum endoplasmique (Lepelley et al. J Exp Med 2020, PMID: 32725128). Ce lien mécanistique explique le chevauchement clinique et histologique observé entre le SAVI et le syndrome COPA (Frémond & Crow. J Clin Immunol 2021, PMID: 33532887). Cependant, les mécanismes de la fibrose induite par l’inflammation pulmonaire restent inconnus.

Au sein de l’équipe, Marie-Louise Frémond (PU-PH, HDR, Université Paris Cité) s’intéresse aux mécanismes de l’inflammation pulmonaire observée dans les interféronopathies de type I.

Missions:

L'ingénieur(e) d'étude participera au développement et à l'utilisation de modèles cellulaires pulmonaires pour étudier la réponse inflammatoire dans le SAVI et le syndrome COPA. Il/elle travaillera en particulier sur des modèles 2D dérivés d'iPSC humaines (déjà générées), différenciées en cellules endothéliales et épithéliales.

Activités principales:

• Culture et entretien de cellules primaires, de lignées cellulaires et d'iPSC humaines / Constitution et gestion des banques cellulaires;
• Différenciation des iPSC en cellules pulmonaires, notamment endothéliales et épithéliales, en modèles 2D (organ-on-a-chip, co-cultures);
• Caractérisation des cellules différenciées et contrôle qualité des différenciations;
• Stimulations et traitements cellulaires, y compris l'évaluation de molécules thérapeutiques;
• Analyse de la réponse inflammatoire : expression de gènes (extraction d'ARN, RT-qPCR, préparation d'échantillons pour RNAseq bulk), expression protéique (western blot, ELISA, cytométrie en flux) et immunofluorescence et microscopie confocale;
• Mise au point et optimisation de protocoles.

Activités associées:

• Analyse, mise en forme et présentation des résultats en réunion d'équipe;
• Rédaction et mise à jour des protocoles;
• Participation aux tâches communes du laboratoire (par exemple: commandes, gestion des stocks, entretien des équipements);
• Respect des règles d'éthique, d'hygiène et de sécurité de l'Institut Imagine.

Marie-Louise Frémond, a researcher in Pr Yanick Crow's laboratory at the Institut Imagine (Paris), is recruiting a research engineer for the SABLE project. The project studies lung inflammation in SAVI and COPA syndrome using cellular models, in particular endothelial and epithelial lung cells derived from human iPSCs.

The Institut Imagine (IHU, ‘Institut Hospitalo-Universitaire’, INSERM U1163) is a recent research structure located within Necker Children’s Hospital (Paris). Its research labs are focused on understanding the molecular mechanisms of genetic diseases that affect the adaptive and innate immune systems, the nervous system, stem cell differentiation, kidney physiology, metabolism, etc. The Institut Imagine offers a unique environment in which clinical and basic science synergize to produce astonishing contributions in areas as diverse as immunology, molecular genetics, cell biology, and clinical and translational research. Imagine is internationally recognized ensuring high-quality, well-published, multi-disciplinary research.

Scientific context:

The laboratory of Neurogenetics and Neuroinflammation led by Yanick Crow identifies and study the molecular and cellular basis of type I interferonopathies, genetic diseases characterised by chronic upregulation of type I interferon signalling.

https://www.institutimagine.org/en/yanick-crow-180

The study of these diseases has shown that two of them, SAVI (STING-associated vasculopathy with onset in infancy) and COPA syndrome, present severe pulmonary inflammation responsible for fibrosis and high mortality. Interestingly, attention has been recently drawn to the potential of type I interferon to mediate lung inflammation. In a study supervised by Marie-Louise Frémond, we showed that the COPA protein, which is mutated in COPA syndrome, has a role in STING protein trafficking within the Golgi - endoplasmic reticulum system (Lepelley et al. J Exp Med 2020, PMID: 32725128). This mechanistic link explains the clinical and histological overlap observed between SAVI and COPA syndrome (Frémond & Crow. J Clin Immunol 2021, PMID: 33532887). However, the mechanisms of the pulmonary inflammation-induced fibrosis remain unknown.

In the laboratory, Marie-Louise Frémond (Full Professor, Université Paris Cité) focuses on the mechanisms of pulmonary inflammation observed in type I interferonopathies.

Mission:

The research engineer will help develop and use lung cellular models to study the inflammatory response in SAVI and COPA syndrome. He/she will work in particular on 2D models derived from human iPSCs (already generated), differentiated into endothelial and epithelial cells.

Main activities:

• Culture and maintenance of primary cells, cell lines and human iPSCs / Cell bank management;
• Differentiation of iPSCs into lung cells, in particular endothelial and epithelial cells, in 2D models (organ-on-a-chip models, co-cultures);
• Characterisation and quality control of differentiated cells;
• Cell stimulation and treatment assays, including testing of therapeutic compounds;
• Analysis of the inflammatory response: gene expression (RNA extraction, RT-qPCR, sample preparation for bulk and RNAseq), protein expression (western blot, ELISA, flow cytometry) and immunofluorescence and confocal microscopy.
• Optimisation and development of protocols.

Associated activities:

• Analysing, formatting and presenting results at team meetings;
• Writing and updating protocols;
• Support for common laboratory tasks (e.g. ordering, stock management, equipment maintenance);
• Compliance with the ethical, health and safety rules of the Institut Imagine.

Connaissances et savoir-faire : Maîtrise de la culture cellulaire en conditions stériles ; Expérience en culture, charactérisation et différenciation d'iPSC humaines, fortement appréciée ; Une expérience en différenciation de cellules endothéliales, épithéliales pulmonaires serait un atout ; Une expérience dans l'édition génomique par CRISPR-Cas9 sur des cellules iPS humaines (nucléofection, isolement de clones, criblage et validation) serait un atout ; Techniques de base de biologie moléculaire et de biochimie (extraction ADN/ARN/protéines, PCR, RT-qPCR, séquençage, western blot) ; Notions en immunofluorescence, microscopie confocale, cytométrie en flux et ELISA ; Outils informatiques (Office, ImageJ/Fiji, GraphPad Prism) ; Anglais scientifique écrit et oral ; Connaissance des règles d'hygiène et de sécurité en laboratoire. Aptitudes : Rigueur, organisation et fiabilité ; Autonomie et capacité à prendre des initiatives ; Esprit d'équipe et capacité à travailler avec chercheurs, cliniciens et collaborateurs ; Dynamisme, persévérance et esprit critique ; Qualités de communication écrite et orale. Diplôme et expérience : Master 2 (ou diplôme d'ingénieur) en biologie cellulaire, biologie moléculaire, biotechnologie ou domaine apparenté ; Une première expérience professionnelle (ou des stages significatifs) en culture cellulaire, idéalement sur des iPSC humaines, est souhaitée. Spécificité du poste : Manipulation de matériel biologique d'origine humaine (cellules de patients, biopsies). Salaire et contrat : Contrat à Durée Déterminée (CDD) de 12 mois, avec possibilité de prolongation supplémentaire ; Le poste est à pourvoir à partir de novembre 2026 ; Salaire selon expérience. Modalité de candidature : La candidature doit inclure une lettre de motivation concise, une description des recherches antérieures et actuelles, un CV, et les noms et coordonnées de deux références. Skills: Sterile cell culture skills; Experience in human iPSC culture (characterization and differentiation), highly appreciated; Experience in CRISPR-Cas9 genome editing in human iPSCs (nucleofection, clone isolation, screening and validation), would be an advantage; Experience in endothelial, lung epithelial differentiation would be an advantage; Basic molecular biology and biochemistry (DNA/RNA/protein extraction, PCR, RT-qPCR, sequencing, western blot); Knowledge of immunofluorescence, confocal microscopy, flow cytometry and ELISA; Computer skills (Office, ImageJ/Fiji, GraphPad Prism); Fluency in scientific English; Knowledge of laboratory health and safety regulations. Personal qualities: Thoroughness, organisation and reliability; Ability to work independently and take initiative; Team spirit and ability to work with researchers, clinicians and collaborators; Dynamism, perseverance and critical thinking; Good written and verbal communication skills. Diploma and experience: Master's degree (or engineering degree) in cell biology, molecular biology, biotechnology or a related field; Previous professional experience (or substantial internships) in cell culture, ideally with human iPSCs. Contract: The position is offered for one year with the possibility for extension; The position is available from November 2026; Salary depending on experience. Application: Please send a concise cover letter with a summary of previous and current research activity, detailed curriculum vitae, and the contact information (to be contacted only with the expression permission of the candidate) for two references.