Ingénieur d'étude en charge d'identification moléculaire (H/F)

SORBONNE UNIVERSITE; Roscoff; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Un établissement d'enseignement supérieur à Roscoff cherche un Ingénieur d'étude en charge d'identification moléculaire pour un contrat CDD de 24 mois. Le rôle implique l'organisation de la collecte en mer d'échantillons, l'analyse par métabarcoding et la rédaction de rapports. Les candidats doivent avoir un Bac+3 ou Bac+4. Salaire à partir de 2336 euros brut mensuel.

Qualifications

• Débutant accepté.
• Intérêt pour la taxonomie benthique.
• Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité.

Responsabilités

• Organiser et participer à la collecte en mer des échantillons.
• Concevoir des techniques de biologie moléculaire.
• Rédiger des rapports d'expérience et études.

Connaissances

Concevoir et gérer un projet

ADN environnemental

Langue anglaise : B1 à B2

Techniques d'échantillonnage communautés benthique

Dynamique de la biodiversité

Formation

Bac+3 ou Bac+4 ou équivalents

Description du poste

Ingénieur d'étude en charge d'identification moléculaire (H/F)

Ingénieur d'étude en charge d'identification moléculaire (H/F) 29 - Roscoff

Offre n° 200TTSL
Ingénieur d'étude en charge d'identification moléculaire (H/F)

Au sein de l'équipe de recherche EDYMAR « Ecogéochimie et dynamique des écosystèmes marins » de la Station biologique de Roscoff (SBR) rattaché à la faculté des sciences et ingénierie de Sorbonne Université:Localisation : Station Biologique de Roscoff, Place Georges Teissier, 29680 RoscoffFonctions : Ingénieur-e d'étude en charge d'identification moléculaire de communautés benthique : de la collecte à l'assignation taxinomiqueEmploi-type : Ingénieur-e en études d'environnements géo-naturels et anthropisés - A2D47Catégorie : ACorps : IGEBAP : ACDD de 24 moisA pourvoir à compter du 01/04/2026Candidature à transmettre le 31/12/25 au plus tardMission :Contexte : Ce poste s'inscrit dans le projet STABILO.La mission principale de l'agent-e est de développer, d'adapter et de mettre en œuvre un ensemble de méthode et technique d'inventaire et de suivi par métabarcoding. Sous la responsabilité des chercheurs impliqués (JC Leclerc, E Thiébaut, C Daguin-Thiébaut, T Comtet, DISEEM), il/elle aura plus particulièrement à charge le second objectif du projet (Intercalibrer et tester la pertinence méthodologique d'une approche de métabarcoding ADN vis-à-vis d'une approche basée sur la morphologie pour caractériser la diversité d'une communauté), et contribuera ainsi indirectement aux trois autres. Ce travail s'intègre également dans le projet de thèse de V Ferrari, avec qui l'agent interagira régulièrement.Activités principales :L'ingénieur.e participera à l'organisation du suivi des communautés et de l'échantillonnage sur le terrain (15%) :- Organiser et participer à la collecte en mer (plongée) des échantillons benthiques (macroalgues, macrofaune) en partenariat avec les agents/collaborateurs en charge des suivis- Préparer le matériel spécifique pour la collecte des échantillons en vue d'analyse de métabarcoding- Organiser et adapter les techniques de traitement des échantillons au retour au laboratoire (pré-tri et adaptation de la méthode de fixation, cf. identification morphologique ou métabarcoding)Il/elle sera responsable de l'acquisition des données de métabarcoding (75 %) :- Concevoir, mettre en œuvre et adapter des techniques de biologie moléculaire pour analyser des échantillons benthiques par métabarcoding- Réaliser des extractions d'ADN et d'amplification de marqueurs pour le métabarcoding des communautés benthiques. Organiser la production des données de métabarcoding (séquençage). Réaliser les analyses bioinformatiques des données de métabarcoding, en mettant en place des pipelines informatiques intégrant le nettoyage et l'assignation des séquences à des bases de données de référence.- Gérer des bases de données de référence, en contribuant à leur enrichissement par de nouvelles séquences le cas échéant- Mettre en place une démarche qualité de l'ensemble du processus de l'échantillonnage à l'analyse des données, dans le respect des principes F.A.I.R.- Assurer une veille scientifique et technologique dans le domaine d'activités- Assurer l'application des principes et des règles d'hygiène et de sécuritéIl/elle contribuera à la valorisation scientifique du projet :- Rédiger des rapports d'expérience, d'études ou des notes techniques (cf. contribution aux rapports intermédiaires et finaux de projets + publications). Participation à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentations orales et de publications- Transmission des connaissances et compétences- Contribuer à entretenir les bonnes relations établies pour le projet avec les acteurs de terrain (professionnels, institutionnels et scientifiques)Exposition aux risques professionnels : Exposition occasionnelle à du formaldéhyde, du tétraborate de sodiumConditions particulières d'exercice : Horaires décalés et travail nocturne possibles, déplacements occasionnels sur plusieurs jours

Type de contrat CDD - 24 Mois
Contrat travail Durée du travail 37H4/semaineTravail en journée
Salaire

• A partir de 2336 euros brut mensuel

Profil souhaité

Expérience

• Débutant accepté
• Bac+3, Bac+4 ou équivalents

Compétences

• Concevoir et gérer un projet
• Elaborer des propositions techniques
• Procéder à des tests, expérimentations
• ADN environnemental
• Cadre légal et déontologique
• Dynamique de la biodiversité
• Intérêt pour la taxonomie benthique
• Langue anglaise : B1 à B2
• Milieux marins côtiers
• Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
• Techniques d’échantillonnage communautés benthique
• Utiliser les techniques d'échantillonnage
• Échantillonnage : législation

Savoir-être professionnels

• Organiser son travail selon les priorités et les objectifs
• Avoir le sens du service
• Avoir l'esprit d'équipe

Informations complémentaires

• Qualification : Employé qualifié
• Secteur d'activité : Enseignement supérieur

Employeur

0 salarié (n'ayant pas d'effectif au 31/12 mais ayant employé des salariés au cours de l'année de référence)

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