Bio Informaticien H/F

Gustave Roussy; Villejuif; Sur place; EUR 55 000 - 78 000; Plein temps

Avantages offerts par ce poste

Formation dynamique

Accès au CSE

Bien-être au travail

Pass Navigo 75%

Mobilité durable

Self et cafétéria d’entreprise

Résumé du poste

Gustave Roussy recrute un Bio Informaticien(ne) en CDI de chantier de 2 ans, basé à Villejuif.

Vous travaillerez sur l’analyse de données snRNA-seq et multi-omics, et collaborerez avec l’équipe pour optimiser les pipelines et les analyses bioinformatiques dans un cadre oncologique Le candidat idéal possède un Master ou Doctorat en bioinformatique, maîtrise Unix/Python/R et HPC, et une expérience avérée en analyses de grands jeux de données et pipelines Nextflow/Snakemake, avec une forte

Qualifications

• Master ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe, avec plusieurs années d’expérience.
• Maîtrise d’Unix et de Python/R, et expérience avec des environnements HPC.
• Expérience dans l’analyse de grands jeux de données génomiques, notamment cellule unique.
• Connaissance de pipelines bioinformatiques (Nextflow ou Snakemake) souhaitable.
• Bonnes capacités d’organisation, autonomie et rigueur scientifique, et anglais indispensable.

Responsabilités

• Analyser des jeux de données snRNA-seq et multiome issus de modèles murins et de cohortes de patients.
• Intégrer et analyser des données multi-omics existantes et futures (bulk et cellule unique).
• Analyser RNA-seq bulk, ATAC-seq et long reads et conseiller l’équipe sur les meilleures pratiques.

Connaissances

Unix

Python

R

HPC

Nextflow

Snakemake

Anglais

Formation

Master en bioinformatique / biologie computationnelle

Outils

Nextflow

Snakemake

Description du poste

Intitulé du poste

Durée indéterminée

Description de la mission

L'espoir de guérir le cancer a un nom, Gustave Roussy. Premier centre européen de lutte contre le cancer et de renommée internationale, Gustave Roussy recrute un Bio Informaticien H/F en CDI de chantier de 2 ans. Le Laboratoire de génétique et de biologie des cancers de la thyroïde, dirigé par Iñigo Landa, PhD, au sein de l’INSERM UMR981 et de l’IHU-PRISM, explore les aspects fondamentaux et translationnels des cancers de la thyroïde, avec un accent particulier sur les formes avancées de la maladie. Le laboratoire utilise diverses techniques s’appuyant sur des échantillons humains, des systèmes cellulaires et des modèles animaux. Notre objectif est de produire des connaissances scientifiques de haute qualité tout en favorisant un bon équilibre entre vie professionnelle et vie personnelle. Le poste proposé est initialement financé pour une durée de deux ans. Le ou la candidat(e) retenu(e) devra travailler sur des projets collaboratifs entre Iñigo Landa et Julien Hadoux du Comité des Tumeurs Endocrines.

Le/la candidat(e) sera amené(e) à travailler en tant que Bio Informaticien(ne) sur les tâches suivantes :

• Analyser des données de séquençage nucléaire unicellulaire (snRNA‑seq) et de multiome déjà générées à partir de modèles murins génétiquement modifiés de cancers de la thyroïde;
• Contribuer à l’intégration et à l’analyse de données issues de profils multi-omiques existants et futurs (bulk et cellule unique) provenant de cohortes de patients atteints de cancer thyroïdien anaplasique;
• Analyser des données de RNA‑seq en vrac (bulk RNA‑seq), d’ATAC‑seq et de séquençage à longues lectures obtenues à partir d’échantillons de patients et d’organoïdes dérivés de patients. Participer activement aux réunions de l’équipe, échanger avec les membres du laboratoire expérimental afin d’identifier leurs besoins, et les conseiller sur les meilleures pratiques en matière d’analyse bioinformatique et statistique des données.

Les projets actuels du laboratoire visent à comprendre comment les altérations génétiques et épigénétiques favorisent la progression des cancers de la thyroïde, ainsi qu’à décrypter leur microenvironnement tumoral immunitaire.

Profil recherché

• Master en bioinformatique / biologie computationnelle ou dans un domaine connexe avec plusieurs années d’expérience, ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe.
• Maîtrise d’Unix et de Python/R.
• Maîtrise des environnements de calcul haute performance (HPC).
• Expérience préalable dans l’analyse de grands jeux de données génomiques, idéalement issus d’approches en cellule unique.
• Une expérience dans l’exécution de pipelines bioinformatiques avec Nextflow ou Snakemake est souhaitable.
• Excellentes capacités d’organisation, autonomie et rigueur scientifique.
• Volonté de s’intégrer dans un environnement de laboratoire expérimental (« wet lab ») et de contribuer à plusieurs projets.
• Nous sommes une équipe internationale et les activités de recherche se déroulent en anglais. Une bonne maîtrise de l’anglais est donc indispensable.

Aptitudes complémentaires

• Intérêt pour un environnement de recherche collaboratif et multidisciplinaire.
• Initiative et créativité pour résoudre des problématiques techniques.
• Excellentes compétences en communication écrite et orale, capacité à documenter les méthodes et résultats de façon claire, pour des publications

Ce CDI de chantier de 2 ans renouvelable sous réserve de la poursuite du financement, est basé à Villejuif, Grand Paris, sur le campus de Gustave Roussy.

• Politique de formation dynamique
• Accès au CSE (Chèques vacances, voyages, événements culturels, chèque cadeaux…)
• Dispositifs de bien-être au travail (Bulle détente, ostéopathie, Shiatsu…)
• Prise en charge du Pass Navigo à 75%, forfait mobilité durable (vélo ou trottinette)
• Self et cafétéria d’entreprise

Accessibilité:

• Lignes 14 et 15 – Station: Villejuif – Gustave Roussy
• Parking sur place

Lieu

Villejuif

Niveau d'études min. requis

4- Master ou MBA

Entité de rattachement

Classé premier centre français, premier européen et sixième au niveau mondial, Gustave Roussy constitue un pôle d'expertise globale entièrement dédié aux patients vivant avec un cancer.
Le Institut est un pilier fondateur du biocluster en oncologie Paris‑Saclay Cancer Cluster.
Source d'innovations thérapeutiques et d'avancées diagnostiques, l'Institut accueille chaque année plus de 50 000 patients dont 3 500 enfants et adolescents et développe une approche intégrée entre recherche, soins et enseignement.
Expert des cancers rares et des tumeurs complexes, Gustave Roussy traite tous les cancers, à tous les âges de la vie. Il propose à ses patients une prise en charge personnalisée qui allie innovation et humanité, où sont pris en compte le soin mais aussi la qualité de vie physique, psychologique et sociale.
Avec 4 000 salariés répartis sur deux sites, Villejuif et Chevilly‑Larue, Gustave Roussy réunit les expertises indispensables à une recherche de haut niveau en cancérologie. Plus de 40% des patients traités sont inclus dans des études cliniques.