Chargé-e de recherche à l'Institut de pathologie

CHUV (Centre hospitalier universitaire vaudois); Vaud; On-site; CHF 88,000 - 110,000; Full time

Benefits offered by this job

13ème salaire

25 jours de vacances

Logements meublés

Plan mobilité

Formations et développement profession

Job summary

L’Institut de pathologie du CHUV recherche un-e chargé-e de recherche biomédicale (post-doctorant-e) à 80–100% dans le cadre du projet TANDEM, contrat à durée déterminée d’une année, renouvelable, à partir du 1er décembre 2026.

Vous piloterez le projet avec les co-investigateurs, développerez des SOP d’imagerie et analyserez des données multi-omiques et protéomiques, en collaboration avec les équipes cliniques et data science, en vue de contribuer à des publications et à la valorisation des

Qualifications

• Titulaire d’un doctorat en sciences biomédicales ou en sciences des données.
• Expérience en biologie spatiale, pathologie ou analyse de données biologiques complexes.
• Maîtrise des analyses histologiques et des techniques d’immunofluorescence multiplex.
• Solides compétences statistiques et maîtrise de R et/ou Python.
• Gestion de projet et bonnes capacités de collaboration et communication scientifique.

Responsibilities

• Pilotage scientifique et suivi du projet TANDEM avec les co-investigateurs.
• Développement et validation des SOP d’imagerie multiplex et de profilage spatial.
• Traitement d’images et analyse quantitative des données de protéomique spatiale.
• Développement d’un pipeline de pathologie computationnelle associant imagerie et data science.
• Entraînement et évaluation de modèles d’IA générative sur des images H&E.
• Analyses reproductibles de données multi-omiques et identification de biomarqueurs.
• Documentation, qualité et reproductibilité des analyses en collaboration avec les équipes cliniques.
• Valorisation des résultats via rapports, présentations et publications.

Skills

Biologie spatiale

Immunohistochimie

Immunofluorescence multiplex

Statistiques appliquées

R/Python

Gestion de projet

Collaboration scientifique

Education

Doctorat (PhD) en sciences biomédicales ou sciences des données

Tools

Logiciels d’analyse bioinformatique

Imagerie et analyse d’images

Job description

L’Institut de pathologie du CHUV recherche un-e chargé-e de recherche biomédicale (post-doctorant-e) à un taux d’activité de 80% à 100% dans le cadre du projet TANDEM. Le poste est proposé en contrat à durée déterminée d’une année, renouvelable, dès le 1er décembre 2026.

Contexte

Le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) est l'un des cinq hôpitaux universitaires suisses. Grâce à sa collaboration avec la Faculté de biologie et de médecine de l'Université de Lausanne et l'EPFL, le CHUV joue un rôle de premier plan dans les domaines des soins médicaux, de la recherche médicale et de la formation.

L’Institut de pathologie regroupe des laboratoires de diagnostic et de recherche. Le groupe de la Prof. Laurence de Leval, spécialisé dans les lymphomes, mène avec le Biomedical Data Science Center (Prof. Raphael Gottardo) un projet TANDEM financé par la Fondation ISREC : « Digital Pathology Meets Spatial Proteomics: Transforming Precision Diagnosis of T-cell Lymphoma ».

Ce projet vise à améliorer le diagnostic des lymphomes T périphériques en combinant protéomique et transcriptomique spatiales, séquençage unicellulaire, pathologie numérique et intelligence artificielle. Il s’appuie notamment sur l’immunofluorescence cyclique (COMET™, Lunaphore), l’imagerie H&E et la technologie Visium HD, en collaboration avec des équipes du CHUV, de l’UNIL et du LYSA (France).

Mission

• Vous assurez le pilotage scientifique et le suivi du projet TANDEM en collaboration avec les deux co-investigateurs principaux
• Vous développez et validez les procédures opératoires standardisées (SOP) d’imagerie multiplex et de profilage spatial, et coordonnez la production de données de qualité
• Vous réalisez le traitement d’images et l’analyse quantitative des données de protéomique spatiale
• Vous contribuez au développement d’un pipeline de pathologie computationnelle associant imagerie H&E, données protéomiques spatiales et apprentissage automatique
• Vous participez à l’entraînement et à l’évaluation de modèles d’IA générative pour prédire des marquages multiplex à partir d’images H&E
• Vous développez des analyses reproductibles de données multi-omiques et contribuez à l’identification de biomarqueurs et de mécanismes biologiques
• Vous garantissez la documentation, la qualité et la reproductibilité des analyses et collaborez avec les équipes cliniques, scientifiques et de data science
• Vous participez à la valorisation des résultats par des rapports, présentations et publications scientifiques.

Profil

• Vous êtes titulaire d’un doctorat (PhD) en sciences biomédicales ou en sciences des données
• Vous disposez d’une expérience en biologie spatiale, pathologie ou analyse de données biologiques complexes, idéalement multi-omiques ou unicellulaires
• Vous maîtrisez les analyses histologiques, l’immunohistochimie et l’immunofluorescence multiplex et possédez une expérience en gestion de projet interdisciplinaire
• Vous possédez de solides compétences en statistiques appliquées aux sciences du vivant (modèles linéaires, modèles généralisés, analyses multivariées et d’associations)
• Vous maîtrisez R et/ou Python pour l’analyse de données et le développement d’outils bioinformatiques
• Vous manifestez un intérêt marqué pour la recherche fondamentale, translationnelle et clinique ainsi que pour les approches innovantes fondées sur les données
• Vous faites preuve d’autonomie, d’initiative, de créativité et de rigueur et disposez d’excellentes capacités de collaboration, d’organisation et de communication scientifique

Selon votre profil, la classe salariale sera comprise entre les niveaux 10 et 11 et le cahier des charges pourra être adapté.

Nous offrons

Devenir une collaboratrice ou un collaborateur du Centre hospitalier universitaire vaudois, c'est l'assurance de bénéficier:

• De prestations sociales de premier ordre, d'un congé paternité de 20 jours et d'un congé maternité de 4 mois (avec possibilité d’un mois supplémentaire de congé d’allaitement)
• D'une progression salariale régulière et adaptée aux responsabilités
• D’un 13ème salaire et de 25 jours de vacances par année
• D'un droit à trois jours de formation minimum par année, avec l’accès à une offre variée au sein du Centre des Formations du CHUV et des centres de formation partenaires de l'Etat de Vaud
• D'un accès facilité à l'un des 500 logements meublés proposés dans les quartiers environnants pour les personnes qui s'installent en Suisse depuis l'étranger
• D’avantages sociaux, culturels et économiques offerts aux membres de l’association H-Oxygène
• D’avantages proposés dans le cadre du plan de mobilité (rabais sur les abonnements des transports publics, promotion des véhicules «Mobility» et rabais sur l’achat de vélos électriques)
• De restaurants d'entreprise de qualité hôtelière, dans chacun des bâtiments hospitaliers avec des tarifs préférentiels.

Le CHUV applique les exigences de qualité les plus élevées dans le cadre de ses processus de recrutement. En outre, soucieux de promouvoir la diversité de nos collaboratrices et collaborateurs, nous sommes attentifs aux différents parcours de vie et mettons tout en œuvre pour garantir l’égalité de traitement et éviter toute discrimination. Nous nous réjouissons de recevoir votre candidature.

Nous remercions par avance les agences de placement de prendre bonne note que les candidatures insérées par leurs soins directement sur notre plateforme de recrutement ne sont pas acceptées et ne peuvent donner lieu à une facturation. Merci de votre compréhension.