CRCHUM - Genomics Post-Doctoral Researcher for Industry Partnership / Chercheur post-doctoral e[...]

Juniper Genomics; Montreal; Hybrid; CAD 60,000 - 100,000; Full time

Job summary

Une start-up innovante recherche un bioinformaticien créatif pour rejoindre une équipe dynamique, alliant recherche universitaire et industrielle. Ce poste offre l'opportunité de travailler sur des projets de pointe en génomique, visant à améliorer les résultats de la FIV. Vous serez impliqué dans la mise en place de pipelines de traitement de données, l'analyse de données à haut débit et la collaboration avec des experts en biologie et en bioinformatique. Si vous êtes passionné par la science et souhaitez avoir un impact significatif dans le domaine de la fertilité, cette opportunité est faite pour vous.

Qualifications

• Expérience en bioinformatique et analyse de données NGS.
• Compétences en programmation avec Python/R et Linux/Shell.

Responsibilities

• Mettre en place et maintenir une tour Nextflow pour exécuter les travaux.
• Établir le traitement et l'analyse des données moléculaires unicellulaires.

Skills

Bioinformatique

Analyse de données NGS

Programmation Python/R

Linux/Shell scripting

Analyse de données biologiques

Compétences organisationnelles

Anglais écrit et parlé

Education

Doctorat en bioinformatique

Master avec expérience équivalente

Tools

Nextflow

AWS

bcftools

GATK

Job description

CRCHUM - Genomics Post-Doctoral Researcher for Industry Partnership / Chercheur post-doctoral en génomique pour un partenariat industriel

CRCHUM - Genomics Post-Doctoral Researcher for Industry Partnership / Chercheur post-doctoral en génomique pour un partenariat industriel

Chercheur post-doctoral en génomique pour un partenariat industriel

Titre: Nous sommes à la recherche d'un bioinformaticien créatif qui souhaite acquérir de l'expérience dans un environnement à la fois universitaire et industriel. Vous avez la capacité de travailler en équipe et de façon autonome, et avez une grande expérience des données NGS et transcriptomiques. En tant que membre de l'équipe du projet GAPP, vous travaillerez directement avec la Dre Petropoulos et avec Juniper Genomics dans le cadre de notre mission visant à améliorer les résultats de la FIV. Ce rôle peut être exercé en personne, de manière hybride, ou entièrement à distance, mais doit être basé au Canada.

Contexte: Le laboratoire Petropoulos fait partie d’un centre universitaire de haut niveau, à la fine pointe de la compréhension de la multi-omique du développement humain précoce et de la fertilité. Les travaux de Dre Petropoulos au CRCHUM et au Karolinska font appel à des techniques de biologie moléculaire de technologie avancée, notamment le séquençage génomique d'une seule cellule, la FISH de l'ARN d'une seule molécule, l'imagerie, le phénotypage, les modèles in vitro et in vivo, et la bioinformatique. Juniper Genomics est une start-up financée par une entreprise en phase de démarrage qui utilise la génomique et la science moderne des données pour améliorer les taux de réussite de la FIV et l'accès à celle-ci, réduisant ainsi le fardeau des tentatives de conception. Nous sommes une équipe d'opérateurs et de conseillers experts en génomique, en médecine, en éthique et en affaires ; et nous nous engageons à une science rigoureuse associée à une éthique réfléchie, à la gentillesse, à l'honnêteté et au respect des décisions éclairées des familles.

Ce que vous ferez :

• Mettre en place et maintenir une tour Nextflow pour exécuter et suivre les travaux.
• Établir le traitement, le contrôle de la qualité, le stockage et l'analyse des données moléculaires unicellulaires à haut débit.
• Réaliser des expériences de flux de travail à cellule unique axées sur le transcriptome.
• Concevoir et exécuter des expériences de données synthétiques pour caractériser les performances du pipeline.
• Travailler en étroite collaboration avec les membres de l'équipe pour établir et intégrer les systèmes ELN/LIMS à travers le CRCHUM, Juniper et les fournisseurs de services externes.
• Doctorat en bioinformatique, biologie, génétique, biochimie, biologie moléculaire/cellulaire, sciences pharmaceutiques ou médicales, ou maîtrise avec expérience professionnelle équivalente.
• Expertise en matière de calcul à grande échelle, de traitement de données à haut débit, d'analyse de données biologiques (par exemple, ARN-seq, analyse CNV/SNV/SV et méthylation).
• Expérience de la programmation avec des langages de script tels que Python/R et Perl, des scripts Linux/Shell, des outils bioinformatiques standard (par exemple bcftools, suite GATK) ainsi que de la conception et de la mise en œuvre de bases de données relationnelles.
• Une expérience d'AWS est un plus
• La priorité sera donnée à ceux qui ont de bonnes connaissances en biologie et qui ont déjà participé à des activités/projets/publications de recherche.
• Compétences organisationnelles impeccables, dynamisme et indépendance.
• Excellent anglais parlé et écrit.

Comment postuler : Veuillez envoyer votre CV, vos relevés de notes et un courriel de présentation à [e-mail] avant le 15 mai. Le poste est à combler immédiatement. Les candidats retenus seront contactés directement pour un entretien.

Scientifique en recherche appliquée - Applied Research Scientist

Research Scientist / Chercheur(euse) scientifique

Chercheur.se en apprentissage automatique / ML Research Scientist

CRCHUM - Genomics Post-Doctoral Wet-lab Researcher for Industry / Chercheur post-doctoral en génomique en laboratoire pour un partenariat industriel Partnership

Battery Research Scientist - Chercheur(euse) scientifique batteries

Scientifique en apprentissage automatique sénior.e / Senior Machine Learning Scientist, Amazon Games AI Research