Assistant(e) de recherche 2

McGill University; Montreal; On-site; CAD 30,000 - 60,000; Full time

Job summary

Une institution universitaire de renom à Montréal recherche un(e) assistant(e) de recherche pour soutenir des projets dans le domaine de la neuroinflammation. Le/la candidat(e) idéal(e) aura une maîtrise ou un doctorat en bio-informatique et de solides compétences en programmation. Le poste implique l'analyse de données, le développement de pipelines et la collaboration avec une équipe interdisciplinaire. Le salaire est de 31,44 $ de l'heure avec une charge de 40 heures par semaine.

Benefits

Possibilité de co-rédiger des publications

Modalités de travail flexibles

Qualifications

• Maîtrise ou doctorat en bio-informatique, biologie computationnelle, informatique ou domaine connexe.
• Excellentes compétences en programmation dans R et/ou Python.
• Expérience pratique des outils d'analyse sc/snRNA-seq.

Responsibilities

• Effectuer le contrôle de qualité et l'analyse des données RNA-seq.
• Développer et maintenir des pipelines reproductibles.
• Collaborer avec les membres du laboratoire pour interpréter les résultats.

Skills

Compétences en R

Compétences en Python

Compétences en analyse de données

Compétences organisationnelles

Communication efficace

Education

Maîtrise ou doctorat en bio-informatique

Tools

Seurat

Scanpy

Git/GitHub

Job description

time left to apply Date de fin: 7 août 2025 (Il reste 6jours pour postuler)

Si vous êtes un employé actif de McGill (c.-à-d. actuellement dans un contrat ou un poste actif à l'Université McGill), ne postulez pas via ce site de carrière. Connectez-vous à votre compte McGill Workday et postulez à cette affichage en utilisant le rapport Find Jobs (tapez Find Jobs dans la barre de recherche).

Les laboratoires Zandee et Thebault recherchent un(e) assistant(e) de recherche compétent(e) et motivé(e) pour soutenir l'analyse des données et le développement de pipelines pour des recherches de pointe dans les domaines de la neuroinflammation, de la sclérose en plaques et de la neurodégénérescence. L'assistant(e) de recherche travaillera en étroite collaboration avec Dr. Stephanie Zande, Dr. Simon Thebault, les membres du laboratoire, ainsi qu'avec des collaborateurs externes, afin de traiter, d'analyser et d'interpréter des ensembles de données transcriptomiques, unicellulaires et omiques spatiales à grande échelle. Le/la titulaire du poste contribuera également aux efforts d'intégration de données multimodales combinant l'imagerie, la génomique et l'apprentissage automatique.

Responsabilités principales

• Traitement et analyse des données
  • Effectuer le contrôle de qualité, l'alignement et la quantification des ensembles de données RNA-seq en vrac et à noyau unique.
  • Réaliser des analyses d'expression différentielle, de regroupement, d'inférence de trajectoire, d'annotation des types cellulaires et d'enrichissement des voies métaboliques.
  • Pré-traiter et gérer les métadonnées afin de garantir la reproductibilité et l'intégrité des ensembles de données.
  • Effectuer des analyses protéomiques à l'aide d'ensembles de données OLINK, y compris l'intégration de données avec des données unicellulaires collectées sur les mêmes échantillons.
  • Aider à l'intégration des données transcriptomiques et protéomiques avec l'imagerie et les résultats cliniques.
• Développement et maintenance de pipelines
  • Développer et maintenir des pipelines reproductibles et évolutifs (par exemple, à l'aide de Snakemake, Nextflow ou de scénariospersonnalisés).
  • Automatiser les flux de traitement de données courants en bash, R ou Python.
  • Assurer le contrôle des versions à l'aide de GitHub et contribuer à la documentation interne.
• Collaboration et communication
  • Travailler en étroite collaboration avec les membres du laboratoire afin de fournir un soutien analytique et d'interpréter les résultats.
  • Produire des graphiques et des résumés pour les présentations, les publications et les demandes de subvention.
  • Collaborer avec les équipes de laboratoire computationnel et humide de plusieurs institutions.
• Gestion des données et d'infrastructure
  • Organisez et sauvegardez les données de séquençage et les résultats d'analyse à l'aide de systèmes approuvés par le laboratoire.
  • Veillez au respect des protocoles de sécurité et de conformité des données.

Qualifications recherchées

• Maîtrise ou doctorat en bio-informatique, biologie computationnelle, informatique ou dans un domaine connexe.
• Excellentes compétences en programmation dans R et/ou Python ; expérience en script shell.
• Expérience pratique des outils d'analyse sc/snRNA-seq (par exemple, Seurat, Scanpy, Cell Ranger).
• Familiarité avec les environnements informatiques de haute performance et des systèmes de gestion des tâches.
• Connaissance de Git/GitHub, du contrôle de version et des pratiques de recherche reproductibles.
• Excellentes compétences organisationnelles et communicationnelles ; capacité à travailler de manière autonome et en équipe.
• Un intérêt pour les neurosciences, l'immunologie ou l'intégration de données multi-omiques est un plus.

Environnement de travail et opportunités

• Le poste est inscrit dans le cadre d'une équipe de recherche interdisciplinaire dont les projets portent sur la neuroinflammation, l'apprentissage automatique et la biologie unicellulaire.
• Possibilité de co-rédiger des publications à fort impact et de participer à la rédaction de demandes de subventions et à des collaborations.
• Des modalités de travail flexibles (par exemple, hybrides ou à distance) peuvent être discutées en fonction des besoins du projet.

Avant de postuler, veuillez noter que pour travailler à l'Université McGill, vous devez être autorisé à travailler au Canada et être disposé à travailler dans la province de Québec sur le campus où le poste est basé/localisé.

L'Université McGill est une université de langue anglaise où la plupart des activités d'enseignement et de recherche se déroulent en anglais, ce qui nécessite une communication en anglais, tant à l'oral qu'à l'écrit. Le niveau d’anglais requis pour ce poste a été déterminé comme étant de niveau 3 sur une échelle de 0-4.

Salaire horaire :

$31.44

Heures par semaine :

40 (Temps plein)

Lieu :

Neuro. Montréal

Veuillez référer au guide Comment postuler à un emploi (pour les candidats externes) pour obtenir des instructions sur la façon de postuler.

Si vous êtes un employé actif de McGill (c.-à-d. actuellement dans un contrat ou un poste actif à l'Université McGill), ne postulez pas via ce site de carrière. Connectez-vous à votre compte McGill Workday et postulez à cette affichage en utilisant le rapport Find Jobs (tapez Find Jobs dans la barre de recherche).

Les laboratoires Zandee et Thebault recherchent un(e) assistant(e) de recherche compétent(e) et motivé(e) pour soutenir l'analyse des données et le développement de pipelines pour des recherches de pointe dans les domaines de la neuroinflammation, de la sclérose en plaques et de la neurodégénérescence. L'assistant(e) de recherche travaillera en étroite collaboration avec Dr. Stephanie Zande, Dr. Simon Thebault, les membres du laboratoire, ainsi qu'avec des collaborateurs externes, afin de traiter, d'analyser et d'interpréter des ensembles de données transcriptomiques, unicellulaires et omiques spatiales à grande échelle. Le/la titulaire du poste contribuera également aux efforts d'intégration de données multimodales combinant l'imagerie, la génomique et l'apprentissage automatique.

Responsabilités principales

• Traitement et analyse des données
  • Effectuer le contrôle de qualité, l'alignement et la quantification des ensembles de données RNA-seq en vrac et à noyau unique.
  • Réaliser des analyses d'expression différentielle, de regroupement, d'inférence de trajectoire, d'annotation des types cellulaires et d'enrichissement des voies métaboliques.
  • Pré-traiter et gérer les métadonnées afin de garantir la reproductibilité et l'intégrité des ensembles de données.
  • Effectuer des analyses protéomiques à l'aide d'ensembles de données OLINK, y compris l'intégration de données avec des données unicellulaires collectées sur les mêmes échantillons.
  • Aider à l'intégration des données transcriptomiques et protéomiques avec l'imagerie et les résultats cliniques.

• Développement et maintenance de pipelines
  • Développer et maintenir des pipelines reproductibles et évolutifs (par exemple, à l'aide de Snakemake, Nextflow ou de scénariospersonnalisés).
  • Automatiser les flux de traitement de données courants en bash, R ou Python.
  • Assurer le contrôle des versions à l'aide de GitHub et contribuer à la documentation interne.

• Collaboration et communication
  • Travailler en étroite collaboration avec les membres du laboratoire afin de fournir un soutien analytique et d'interpréter les résultats.
  • Produire des graphiques et des résumés pour les présentations, les publications et les demandes de subvention.
  • Collaborer avec les équipes de laboratoire computationnel et humide de plusieurs institutions.

• Gestion des données et d'infrastructure
  • Organisez et sauvegardez les données de séquençage et les résultats d'analyse à l'aide de systèmes approuvés par le laboratoire.
  • Veillez au respect des protocoles de sécurité et de conformité des données.

Qualifications recherchées

• Maîtrise ou doctorat en bio-informatique, biologie computationnelle, informatique ou dans un domaine connexe.
• Excellentes compétences en programmation dans R et/ou Python ; expérience en script shell.
• Expérience pratique des outils d'analyse sc/snRNA-seq (par exemple, Seurat, Scanpy, Cell Ranger).
• Familiarité avec les environnements informatiques de haute performance et des systèmes de gestion des tâches.
• Connaissance de Git/GitHub, du contrôle de version et des pratiques de recherche reproductibles.
• Excellentes compétences organisationnelles et communicationnelles ; capacité à travailler de manière autonome et en équipe.
• Un intérêt pour les neurosciences, l'immunologie ou l'intégration de données multi-omiques est un plus.

Environnement de travail et opportunités

• Le poste est inscrit dans le cadre d'une équipe de recherche interdisciplinaire dont les projets portent sur la neuroinflammation, l'apprentissage automatique et la biologie unicellulaire.
• Possibilité de co-rédiger des publications à fort impact et de participer à la rédaction de demandes de subventions et à des collaborations.
• Des modalités de travail flexibles (par exemple, hybrides ou à distance) peuvent être discutées en fonction des besoins du projet.

Ce poste est couvert par la convention collective AMURE : http://www.aerum-amure.ca/wp-content/uploads/2023/07/AMURE-2023-2027.pdf

Avant de postuler, veuillez noter que pour travailler à l'Université McGill, vous devez être autorisé à travailler au Canada et être disposé à travailler dans la province de Québec sur le campus où le poste est basé/localisé.

L'Université McGill est une université de langue anglaise où la plupart des activités d'enseignement et de recherche se déroulent en anglais, ce qui nécessite une communication en anglais, tant à l'oral qu'à l'écrit. Le niveau d’anglais requis pour ce poste a été déterminé comme étant de niveau 3 sur une échelle de 0-4.

Salaire horaire :

$31.44

Heures par semaine :

40 (Temps plein)

Lieu :

Neuro. Montréal

Superviseur :

Professeur(e) adjointe(e) chercheur(e)

Date de début de l’emploi :

2025-09-01

Date de fin de l’emploi:

2026-08-30

Date limite pour postuler :

2025-08-06

Ce poste est couvert par la convention collective de l’Association des employés de recherche de l’Université McGill (AMURE).

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