Bioinformata Sênior

Cidacs; Salvador; Presencial; BRL 20.000 - 80.000; Tempo integral

Resumo da oferta

Um centro de integração de dados em saúde está recrutando um Bioinformata Sênior para atuar no projeto Genomas Brasil. Você será responsável por definir arquiteturas, implementar e validar pipelines em ambientes de alto desempenho, além de liderar a publicação de catálogos e ontologias. A vaga é presencial na Bahia e exige mestrado em Bioinformática com experiência em genômica e bioinformática. Buscamos profissionais apaixonados por desafios complexos e automação.

Serviços

Ambiente acolhedor e colaborativo

Profissionais altamente qualificados

Incentivo à inovação e formação contínua

Qualificações

• Mínimo de 5 anos em bioinformática com atuação comprovada em genômica.
• Experiência no desenho e implementação de pipelines reprodutíveis.
• Participação em projetos de genômica como bioinformata.

Responsabilidades

• Desenhar e implementar pipelines de bioinformática.
• Definir métricas de QC para sequências e metadados clínicos.
• Desenvolver rotinas automatizadas para auditoria e curadoria.
• Consolidar catálogos de variantes e metadados.
• Elaborar documentos técnicos e SOPs.
• Atuar com equipes de pesquisa e laboratórios.
• Participar de reuniões tecnológicas nacionais e internacionais.
• Manter documentação robusta dos processos e pipelines.

Conhecimentos

Nextflow

HPC

GATK

Linux

Shell Script

Git

Containers (Docker)

Formação académica

Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas

Ferramentas

BWA

Samtools

Bcftools

Picard

Descrição da oferta de emprego

Job description

Você é um(a) bioinformata com mais de 5 anos de experiência, alta autonomia, capacidade de liderar soluções complexas e maturidade técnica para tomar decisões informadas em ambientes computacionais de alto desempenho com responsabilidade? Consegue navegar entre desafios intrincados, propor caminhos e construir soluções robustas que serão utilizadas como referência em um projeto genômico de escala nacional? Esta posição pode ser para você.

O Centro de Integração de Dados e Conhecimentos para Saúde (Cidacs/Fiocruz Bahia) está recrutando um(a) Bioinformata Sênior para atuar no Piloto do Repositório Nacional de Dados Genômicos do Programa Genomas Brasil, projeto prioritário do Ministério da Saúde/DECIT. Você fará parte de uma equipe multidisciplinar responsável pela criação da base técnica, metodológica e arquitetural que dará origem ao repositório nacional que integrará dados genômicos, fenotípicos e clínicos de projetos financiados pelo DECIT.

Sua atuação será estratégica: você definirá arquiteturas, implementará e validará pipelines modernos em HPC, estabelecerá padrões de qualidade para sequências e metadados, e liderará a publicação de catálogos, ontologias e esquemas de versionamento e reprodutibilidade — seguindo padrões GA4GH e melhores práticas globais.

A vaga é exclusivamente PRESENCIAL, na sede do CIDACS localizada no Parque Tecnológico da Bahia – Edifício Tecnocentro, Rua Mundo 121, Trobogy.

Main responsibilities

• Desenho e implementação de pipelines de bioinformática: Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core).
• Definir painéis/métricas de QC: Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ/BAM/VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios.
• Automatização: Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade.
• Consolidar catálogos e metadados: Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH).
• Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs): Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos.
• Interface técnica: Atuar na articulação com equipes de centros de pesquisa, laboratórios de sequenciamento e projetos financiados pelo DECIT que geram dados genômicos.
• Reuniões e colaborações: Participar de reuniões técnicas nacionais e internacionais, produzindo apresentações, relatórios de progresso e materiais técnicos de comunicação.
• Documentação robusta: Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.

Requirements and skills

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QUALIFICAÇÕES E REQUISITOS OBRIGATÓRIOS:

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FORMAÇÃO:

• Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.

EXPERIÊNCIA:

• Mínimo de 5 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica.
• Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.).
• Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica.

HABILIDADE TÉCNICAS:

• Experiência prática com Nextflow e/ou WDL/Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC.
• Domínio de ferramentas essenciais: GATK, BWA, samtools/bcftools, Picard.
• Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos.
• Experiência com containers (Docker, Singularity/Apptainer).
• Vivência em QC e curadoria de dados genômicos.
• Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído).
• Sólida experiência em Linux e Shell Script.
• Experiência com Git, versionamento, CI/CD e boas práticas de engenharia de software.

HABILIDADE INTERPESSOAIS:

• Comunicação clara, inclusive para traduzir conceitos complexos a equipes multidisciplinares.
• Capacidade de liderança técnica e mentoria de bioinformatas mais jovens.
• Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.
• Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.

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DESEJÁVEIS, MAS NÃO OBRIGATÓRIOS:

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OUTRAS QUALIFICAÇÕES:

• Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).
• Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.
• Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.
• Inglês intermediário, especialmente para reuniões e apresentações.

DIFERENCIAIS:

• Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas.
• Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.
• Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala.
• Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico.
• Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica.

Additional information

SOBRE O PROJETO:

Nos próximos 24 meses, vamos transformar milhares de sequências genômicas dispersas em um repositório nacional vivo, seguro e interoperável — com pipelines Nextflow/WDL executando em HPC, controle de qualidade rigoroso e metadados harmonizados.

Estamos construindo o primeiro piloto do Repositório Nacional Genômico, integrando dados genômicos, fenotípicos e clínicos provenientes de projetos financiados pelo DECIT/MS, criando a base para pesquisas em saúde pública, vigilância genômica e medicina de precisão.

Buscamos pessoas inquietas, altamente técnicas e comprometidas com a ciência aberta e o uso ético de dados sensíveis que desejam contribuir para uma das iniciativas mais estratégicas do país em genômica humana.

SOBRE O CIDACS:

O CIDACS é um centro pioneiro na integração de dados, focado em entender, estudar e avaliar as condições de saúde da população brasileira por meio de Big Data. Nosso trabalho auxilia gestores públicos, pesquisadores e a comunidade, contribuindo para transformar vidas. Se você, assim como nós, é apaixonado por tecnologia e inovação, junte-se ao nosso time. Aqui, você encontrará um ambiente acolhedor, propício para desenvolvimento e inovação, repleto de profissionais de diversas formações acadêmicas unidos por um propósito.

Aqui você encontrará:

• Um ambiente acolhedor e colaborativo;
• Profissionais altamente qualificados e multidisciplinares;
• Infraestrutura de ponta (HPC, data lake seguro, TRE);
• Incentivo à inovação, formação contínua e autonomia científica.

Se você é apaixonado por bioinformática, automação e desafios complexos, venha fazer parte dessa missão.

Traga seu talento e comprometimento e venha fazer parte desse time!

Mais informações sobre o Cidacs, acesse: www.cidacs.bahia.fiocruz.br