Staff scientist inom virologi

Umeå Universitet; Umeå kommun; On-site; SEK 550,000 - 700,000; Full time

Job summary

Umeå universitet söker en staff scientist till Institutionen för klinisk mikrobiologi. Du kommer att bidra till utvecklingen av bildanalys- och maskininlärningsmetoder för tredimensionella avbildningar av virusinfektion i mushjärnor och att identifiera nervcellsbanor infekterade av viruset.

Du planerar självständigt, genomför projektet och samarbetar med forskare såväl internt som externt. Ansökan ska innehålla brev, CV och kopior; sista ansökningsdag är 26-10-16.

Qualifications

• Behörig att anställas som staff scientist är den som har avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i datavetenskap, matematik, eller motsvarande ämnen som anses relevanta för projektet.
• Den sökande har mycket goda kunskaper inom bildanalys/bildbehandling/datorseende.
• Du måste ha goda programmeringskunskaper, behärska engelska flytande i tal och skrift och ha hög motivation för forskningsarbete.

Responsibilities

• Registrera light sheet fluorescence mikroskopi-bilder, identifiera och ta bort artefakter i sådana bilder, samt identifiera och förutspå nervcellsbanor längs vilka viruset sprider sig.
• Självständigt planera, utveckla metoder, utföra analyser och sammanfatta resultat.
• Samarbeta med forskare inom universitetet och nationella/internationella miljöer.

Skills

Bildanalys

Datorseende

Programmering

Engelska flytande

Education

Doktorsexamen i datavetenskap/matematik

Job description

Umeå universitet är ett av Sveriges största lärosäten med över 41 500 studenter och cirka 4 600 anställda. Vid universitetet finns en mångfald av utbildningar av hög kvalitet och världsledande forskning inom flera vetenskapsområden, och här gjordes den banbrytande upptäckten av gensaxen CRISPR-Cas9 som tilldelats Nobelpriset i kemi. Vid Umeå universitet är allt nära. Våra sammanhållna campus gör det lätt att mötas, samarbeta och utbyta kunskap, något som gynnar en dynamisk och öppen kultur.

Den samhällsomvandling och de stora gröna investeringar vi ser i norra Sverige skapar enorma möjligheter och komplexa utmaningar. För Umeå universitet handlar det om att bedriva forskning om – och mitt i – ett samhälle i omvandling. Men också om att leverera utbildningar för regioner som behöver expandera fort och hållbart. Det är helt enkelt här framtiden skapas.

Medicinska fakulteten är en av de största fakulteterna vid Umeå universitet och attraherar många studenter med ett omfattande utbud av utbildningar inom områdena medicin, tandvård, hälsa och vård. Vi erbjuder en väl utvecklad forskningsinfrastruktur och en inspirerande, dynamisk miljö med ledande forskning. Vår nära samverkan med de fyra regionerna i Norra sjukvårdsregionen ser vi som en stor ömsesidig tillgång för att utveckla forskning och utbildning och att säkra tillgången på vår framtids vårdpersonal.

Beskrivning

Institutionen för klinisk mikrobiologi vid Umeå universitet bedriver framstående forskning och utbildning inom värd-mikrob-interaktioner, mikrobers sjukdomsframkallande mekanismer och immunsystemets respons. Forskningen omfattar både cellulära och molekylära aspekter av infektioner orsakade av bakterier, virus och svampar, samt hur immunsystemet reagerar och reglerar dessa processer. Vid institutionen finns omkring 30 aktiva forskargrupper med olika profiler. Tjänsten som staff scientist är placerad i forskargruppen Överby Wernstedt och forskningen handlar om att utveckla bildanalys- och maskininlärningsmetoder för analys av tredimensionella avbildningar av virusinfektion i mushjärna.

Projektet går ut på att utveckla kombinationer av bildanalys- och maskininlärningsmetoder för nya sätt att analysera light sheet fluorescence mikroskopi-data av infekterade mushjärnor. Målet är att utveckla nya analysverktyg för att kunna identifiera bl.a. vilka nervcellsbanor som är infekterade. Projektet är ett samarbete med docent Tommy Löfstedt vid institutionen för datavetenskap samt doktor Minh Hoang Vu vid HPC2N.

I projektet kommer du att bidra till att utveckla nya metoder för att registrera light sheet fluorescence mikroskopi-bilder, identifiera och ta bort artefakter i sådana bilder, samt identifiera och förutspå nervcellsbanor längs vilka viruset sprider sig.

Du kommer att självständigt planera, genomföra och att samarbeta med andra forskare på vår och andra institutioner.

Du kommer att kommunicera och presentera din forskning inom universitetet och på nationella/internationella konferenser samt skriva artiklar med hög vetenskaplig kvalitet.

Kvalifikationer

Behörig att anställas som staff scientist är den som har avlagt doktorsexamen, eller utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen, i datavetenskap, matematik, eller motsvarande ämnen som anses relevanta för projektet.

Detta behörighetskrav ska vara uppfyllt senast vid den tidpunkt då beslut om anställning fattas.

Ett krav är att den sökande har mycket goda kunskaper inom projektrelaterade områden:

• Bildanalys/bildbehandling/datorseende

Du som söker måste ha goda programmeringskunskaper, behärska engelska flytande i tal och skrift och ha en hög motivation för forskningsarbete.

Erfarenheter inom följande områden är meriterande:

• Stark bakgrund inom matematik (t.ex., optimering, probabilistiska metoder, högdimensionell statistik, inversproblem)
• Erfarenhet från internationella och interdisciplinära forskningsmiljöer
• Erfarenhet av storskaliga experiment och superdatormiljöer

Eftersom projektet innebär samarbeten måste du också kunna arbeta produktivt i grupp. Utmärkta kommunikationsfärdigheter krävs för att effektivt kunna samarbeta med kollegor, inklusive kollegor från kompletterande forskningsområden. Du som söker måste också ha förmåga att självständigt planera, utveckla metoder, utföra analyser och sammanfatta resultat. Det förväntas att en staff scientist självständigt ska kunna utföra avancerade analyser av stora mängder högdimensionella data.

Anställningen är tidsbegränsad tom 27-09-10. Tillträde enligt överenskommelse.

Ansökan ska innehålla:

Personligt brev som tydligt visar hur du uppfyller de önskade kvalifikationerna samt varför du söker den utlysta tjänsten, sammanfattat på en A4-sida (på engelska) CV inklusive publikationslista Styrkta kopior av doktorsexamen och andra relevanta examensbevis Kontaktuppgifter till minst två referenspersoner Dokumentation av övrig relevanta erfarenheter och kompetenser

Ansökan ska vara skriven på engelska eller svenska. Om bifogade dokument har annat originalspråk än dessa två ska en översättning inkluderas. Bifogade dokument ska vara i pdf-format.

Ansökan görs elektroniskt via Varbi, sista ansökningsdag är 26-10-16.

För ytterligare information, kontakta Anna Överby Wernstedt ([e-mail]).

Umeå universitet vill erbj ... lägger grunden för lärande, skaparkraft och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och erfarenheter att söka den aktuella anställningen.

Anställningsform Tidsbegränsad anställning

Löneform Månadslön

Ort Umeå

• Anna Överby Wernstedt, [e-mail]