Postdoktor i bioinformatik och cancergenetik

University of Gothenburg; Göteborgs kommun; On-site; SEK 520,000 - 720,000; Full time

Job summary

Göteborgs universitet söker en postdoktor inom bioinformatik och cancergenetik som vill utveckla och tillämpa metoder för analys av helgenomsekvensering och andra NGS-data från patienter.

Du kommer att tillämpa mutationscalling, detektion av mosaikmutationer och integrera genomiska data med kliniska variabler, samt bidra till publicering i internationella tidskrifter och presentera resultat vid konferenser.

Qualifications

• Goda programmeringskunskaper och erfarenhet av linux/unix krävs.
• Kunskaper i R eller Matlab är mycket önskvärda.
• Tidigare erfarenhet av analys av storskalig sekvenseringsdata rekommenderas, särskilt kunskaper inom mutationer.
• Erfarenhet från relevanta biologiska områden och publicerade referentgranskade artiklar är önskvärd.
• Utmärkta kommunikativa färdigheter krävs, inklusive flytande engelska i tal och skrift.

Responsibilities

• Tillämpa och utveckla bioinformatiska metoder för analys av helgenomsekvensering och andra NGS-baserade data från patienter.
• Mutationcalling och detektion av mosaikmutationer.
• Statistiska analyser och visualisering av somatiska mutationsmönster och andra genomiska förändringar.
• Integrera genomiska data med kliniska och fenotypiska variabler när så är relevant.
• Bidra till manuskriptförfattande och publicering i internationella tidskrifter, samt presentera forskningsresultat vid konferenser.

Skills

Linux

Programmering (R)

Programmering (Matlab)

Engelska flytande

Mutationanalys

Education

Doktorsexamen i biomedicin eller närrelaterat område

Job description

Ämne

Bioinformatik och cancergenetik

Ämnesbeskrivning

Somatisk mutationsackumulering och klonal evolution är centrala processer i cancerutveckling. Genom storskalig helgenomsekvensering och storskaliga metoder kan dessa processer kartläggas i detalj, vilket ger insikter i tumörinitiering, progression och behandlingsrespons.

Denna tjänst fokuserar på utveckling och tillämpning av bioinformatiska metoder för analys av genomiska cancerdata, inklusive stora publika internationella dataset och lokalt genererade patientnära sekvenseringsdata. Projektet omfattar studier av somatiska mutationsprocesser, klonal dynamik, tumörers utvecklingshistoria eller integrativa analyser av genomiska och kliniska data. Analyser av icke-cancerrelaterade sekvenseringsdata kan också komma i fråga.

Arbetet sker i en forskningsmiljö med stark kompetens inom cancergenomik, beräkningsbiologi och translationell forskning.

Arbeten publicerade av gruppen under senare tid inkluderar:

Ögren et al., Light-based footprinting of a eukaryotic genome. Science Advances 2026; Elliott et al., Mechanistic basis of atypical TERT promoter mutations. Nature Communications. 2024; Elliott et al. Base-resolution UV footprinting by sequencing reveals distinctive damage signatures for DNA-binding proteins. Nature Communications. 2023; Boström et al. Somatic mutation distribution across tumour cohorts provides a signal for positive selection in cancer. Nature Communications. 2022; Elias et al. Independent somatic evolution underlies clustered neuroendocrine tumors in the human small intestine. Nature Communications. 2021; Van den Eynden et al. Lack of detectable neoantigen depletion signals in the untreated cancer genome. Nature Genetics. 2019.

Arbetsuppgifter

Den postdoktorala forskaren kommer att tillämpa och utveckla bioinformatiska metoder för analys av helgenomsekvensering och andra NGS-baserade data från patienter, så som mutationscalling och detektion av mosaikmutationer. Arbetet kan också innefatta statistiska analyser och visualisering för att identifiera och tolka somatiska mutationsmönster och andra genomiska förändringar, samt integration av genomiska data med kliniska och fenotypiska variabler när så är relevant. Forskaren förväntas bidra till manuskriptförfattande och publicering i internationella vetenskapliga tidskrifter, och kan komma att presentera forskningsresultat vid nationella och internationella konferenser.

Behörighet

Behörighet för anställning som lärare regleras i Högskoleförordningen 4 Kap och Göteborgs universitets anställningsordning.

Behörig att anställas som postdoktor är den som har avlagt doktorsexamen, konstnärlig doktorsexamen eller som har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

I första hand bör den komma i fråga som har avlagt examen högst tre år före ansökningstidens utgång. Även den som avlagt examen tidigare bör komma i fråga i första hand, om det finns särskilda skäl. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Bedömningsgrund

Goda programmeringskunskaper och erfarenhet av linux/unix är ett krav. Kunskaper i R eller Matlab är också mycket önskvärt. Tidigare erfarenhet av analys av storskalig sekvenseringsdata rekommenderas, särskilt kunskaper inom mappning av somatiska mutationer. Erfarenhet från relevanta biologiska områden är önskvärt, och den sökande förväntas ha publicerat flera referentgranskade vetenskapliga artiklar. Utmärkta kommunikativa färdigheter krävs, inklusive flytande engelska i tal och skrift.

Bedömningsgrunder vid anställning som lärare finns angivna i 4 kap 3 – 4

• högskoleförordningen samt Göteborgs universitets egen anställningsordning.

Anställning

Anställningen är på heltid och tidsbegränsad, två år med möjlighet till ett års förlängning, med placering tills vidare på institutionen för biomedicin. Tillträde sker enligt överenskommelse.

Kontaktuppgifter för anställningen

Upplysningar om anställningen lämnas av: Erik Larsson Lekholm, Professor, phone: [phone], e-mail: [e-mail].

Fackliga organisationer

Fackliga företrädare vid Götebrgs universitet hittar du här: Fackliga företrädare | Göteborgs universitet

, Göteborgs universitet möter samhällets utmaningar med mångsidig kunskap. 58 000 studenter och 6800 medarbetare gör universitetet till en stor och inspirerande arbetsplats. Stark forskning och attraktiva utbildningar lockar forskare och studenter från hela världen. Med ny kunskap och nya perspektiv bidrar Göteborgs universitet till en bättre framtid., Universitetet arbetar aktivt för en arbetsmiljö med jämställda förhållanden och sätter värde på de kvalitéer mångfald tillför verksamheten. Universitetet tillämpar individuell lönesättning. Enligt Riksarkivets föreskrifter är universitetet skyldigt att förvara ansökningshandlingar i två år efter tillsättningsbeslutet. Om du som sökande till en anställning särskilt begär tillbaka dina handlingar återsänds de när de två åren har förflutit, i annat fall kommer de att gallras ut.