PhD position in Dermatology

Lund University; Lunds kommun; On-site; SEK 357,000 - 446,000; Full time

Job summary

Lunds universitet söker en doktorand inom forskarutbildningen Medicinsk vetenskap – Dermatologi vid IKVL. Projektet fokuserar på peptidomik av sårvätska och endogena peptider i ett translationalt sammanhang.

Du planerar och genomför experiment, utvecklar metoder för provberedning och proteomik, samt analyserar data med bioinformatiska metoder och mikrobiologiska tester. Hur forskning publiceras och kommuniceras i internationella sammanhang ingår i arbetet.

Qualifications

• Civilingenjörsexamen inom bioteknik, inriktning läkemedel eller molekylär bioteknik.
• Dokumenterad erfarenhet av basal biokemi inklusive SDS-PAGE och LC-MS/MS.
• Kännedom och erfarenhet av peptidbiologi och peptidomik samt analys av komplexa dataset.
• MS-dataanalys med Fragpipe och DIA-NN samt Python-kunskaper.
• Praktisk erfarenhet av antibakteriella analyser.
• Mycket goda kunskaper i svenska och engelska.
• God samarbetsförmåga och noggrannhet.

Responsibilities

• Doktoranden kommer att bedriva ett avgränsat forskarutbildningsprojekt med fokus på att identifiera och karakterisera bioaktiva endogena peptider vid infektion, inflammation och sårläkning.
• Planering och genomförande av experiment, utveckling och optimering av provberedning, peptidanrikning och fraktionering samt analys med LC-MS/MS baserad på DDA- och DIA-metodik.
• Bioinformatisk och statistisk analys av peptidomdata för att identifiera peptidmönster och kandidater med betydelse för infektion och sårläkning.
• Utvalda peptider ska karakteriseras i mikrobiologiska och cellbaserade analyser, både individuellt och i kombination.
• Dokumentation, kvalitetssäkring och sammanställning av resultaten samt presentation och publicering i vetenskapliga sammanhang.
• Deltagande i seminarier, samarbeten och övriga vetenskapliga aktiviteter samt genomförande av kurser.

Skills

Peptidbiologi

LC-MS/MS

Bioinformatik

Python

Antibakteriella analyser

Svenska och engelska

Samarbetsförmåga

Education

Civilingenjörsexamen inom bioteknik, inriktning läkemedel eller molekylär bioteknik

Tools

Fragpipe

DIA-NN

LC-MS/MS

Job description

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Lunds universitet välkomnar sökande med olika bakgrund och erfarenheter. Jämställdhet, lika villkor och mångfald är grundläggande principer för alla delar av vår verksamhet.

Beskrivning av arbetsplatsen

Doktorandprojektet kommer att utföras inom området peptidomik. Forskargruppen är verksam på Biomedicinska Centrum (BMC) vid avdelningen för dermatologi och venereologi vid IKVL, Lunds universitet och bedriver translationell forskning om hur medfödda försvarsmekanismer reglerar infektion, inflammation och vävnadsreparation. Ett särskilt fokus ligger på proteolytiskt frisatta, endogena peptider och deras betydelse vid sårläkning samt på utveckling av nya peptidbaserade behandlingskoncept. Forskargruppen leds av professor Artur Schmidtchen.

Gruppen består av cirka sju personer, inklusive seniora forskare, doktorander och forskningspersonal, med kompletterande kompetens inom klinisk och translationell dermatologi, mikrobiologi, immunologi, molekylärbiologi och biokemi. Arbetet bedrivs i nära samverkan med kliniska verksamheter samt med BioMS och experter inom proteomik, peptidomik och bioinformatik vid Lunds universitet.

Institutionen för kliniska vetenskaper Lund ledigkungör nu en forskarutbildningsplats och anställning som doktorand inom forskarutbildningsämnet Medicinsk vetenskap – Dermatologi i doktorandprojektet "Peptidomik av sårvätska vägleder upptäckten av endogena peptider". Verksamheten är placerad vid Medicinska fakulteten, Lunds universitet, och bedrivs i en internationell och tvärvetenskaplig miljö.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Vi har även ett flextidsavtal som skapar goda förutsättningar för balans mellan arbete och fritid. Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd vid Lunds universitet Jobba hos oss .

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Doktoranden kommer att bedriva ett avgränsat forskarutbildningsprojekt med fokus på att identifiera och karakterisera bioaktiva endogena peptider vid infektion, inflammation och sårläkning. Projektet är en central del av gruppens pågående forskning och genomförs i samarbete med BioMS och experter inom proteomik och peptidomik vid Lunds universitet. Arbetsuppgifterna omfattar planering och genomförande av experiment, utveckling och optimering av metoder för provberedning, peptidanrikning och fraktionering samt analys med LC-MS/MS baserad på DDA- och DIA-metodik.

I arbetet ingår även bioinformatisk och statistisk analys av peptidomdata för att identifiera peptidmönster, proteolytiska signaturer och kandidatpeptider med möjlig betydelse för infektion, inflammation och sårläkning. Utvalda peptider ska karakteriseras i mikrobiologiska och cellbaserade analyser, både individuellt och i kombination, med avseende på antimikrobiella och immunmodulerande effekter.

Doktoranden ansvarar för dokumentation, kvalitetssäkring och sammanställning av resultaten samt för att presentera och publicera forskningen i vetenskapliga sammanhang. I anställningen ingår även deltagande i forskargruppens seminarier, samarbeten och övriga vetenskapliga aktiviteter samt genomförande av kurser och andra moment inom forskarutbildningen.

Kvalifikationer

För anställningen krävs

• Civilingenjörsexamen inom bioteknik, med inriktning mot läkemedel eller molekylär bioteknik.
• Dokumenterad erfarenhet av basal biokemi, inklusive SDS-PAGE, LC-MS/MS masspektrometri (DDA och DIA), samt hantering av mänskliga prover.
• Kunskap och erfarenhet av peptidbiologi och peptidomik, inklusive analys av komplexa dataset med hjälp av specialiserade peptidomikverktyg.
• Erfarenhet av MS-dataanalys med verktyg som Fragpipe och DIA-NN, samt grundläggande programmeringskunskaper i Python.
• Praktisk erfarenhet av antibakteriella analyser baserade på dilutions- eller diffusionsmetoder.
• Mycket goda kunskaper i svenska och engelska, både i tal och skrift.
• God samarbetsförmåga samt hög grad av noggrannhet och ansvarstagande.

Meriterande är

• Tidigare erfarenhet av arbete med masspektometriska analyser.
• Erfarenhet av projektarbete i internationella eller multikulturella miljöer.
• Erfarenhet av metodutveckling och felsökning av experiment.
• Erfarenhet av kombinatoriska analyser av antimikrobiella peptider.

Grundläggande behörighet

Grundläggande behörighet för utbildning på forskarnivå krävs, vilket innebär: examen på avancerad nivå, eller fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på annat sätt förvärvade motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrunder

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå.

Villkor

Anställningen är en tidsbegränsad anställning som doktorand om heltid under fyra år (48 månader), i enlighet med HF 5 kap 7§. Tillträde planeras till 1 december 2026 eller enligt överenskommelse.

Institutionen för kliniska vetenskaper i Lund (IKVL) är en av sex institutioner vid medicinska fakulteten. Institutionen har ett brett samarbete, såväl inom fakulteten som inom andra enheter vid universitet. IKVL har även ett väl utvecklat samarbete med Skånes universitetssjukhus (SUS) och Region Skåne samt det omgivande samhället och näringslivet. Detta för att främja klinisk och experimentell translationell forskning, utveckling och utbildning.

Medicinska fakulteten är ett verksamhetsområde inom Lunds universitet, med ansvar för utbildning och forskning inom medicin, vård och hälsa. Utbildningen sker i nära samverkan med sjukvården och är väl förankrad i fakultetens starka forskningstradition. Fakultetens forskning spänner över ett brett fält inom experimentell grundforskning, patientnära klinisk forskning och hälsovetenskaplig forskning. Medicinska fakulteten, med drygt 1800 anställda och 3000 studenter i Lund, Malmö och Helsingborg, är en kunskapsintensiv mötesplats för studenter, lärare och forskare från hela världen.

Vi undanber oss alla kontakter från annonsförsäljare, rekryterings- och bemanningsföretag på grund av statliga upphandlingsregler.

Referensnummer

• Jessica Hörngren, HR Partner, 046-2228347, [e-mail]

Facklig företrädare

• OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-2229362
• SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, [e-mail]