Doctoral (PhD) student position in molecular characterisation of HPV-negative cervical cancer

Karolinska Institutet, doctoral positions; Huddinge kommun; On-site; SEK 312,000 - 402,000; Full time

Job summary

Karolinska Institutet söker en doktorand i molekylär forskning inom HPV-negativ livmoderhalscancer. Du arbetar i ERC-finansierade ESCAPE-HPV-programmet, kombinerar laborativt arbete med analys av genomiska, transkriptomiska och epigenetiska data samt kliniska registerdata.

Du förväntas identifiera cancerfall i hälsoregister, assistera i etikansökningar och samarbeta nationellt och internationellt. Med en blandning av laboratoriearbete och bioinformatik bidrar du till diagnostik och prevention,

Qualifications

• Relevant utbildning inom molekylärbiologi eller biomedicin.
• Grundläggande erfarenhet av bioinformatiska analyser.
• Engelska i skrift och tal på arbetsnivå.

Responsibilities

• Identifiera relevanta cancerfall i hälsoregister och kvalitetskontrollera data.
• Samarbeta kring etikansökningar och hantering av prover och data.
• Bearbeta prover, extrahera DNA/RNA och genomföra QC.
• Utföra molekylärbiologiska analyser och förbereda sequencing-bibliotek.
• Genomföra bioinformatiska analyser och utveckla skript i R/Python.

Skills

Bioinformatik

Laboratoriearbete

Engelska i arbete

Education

Doktorandbehörighet

Job description

Doktorandplats inom molekylär karakterisering av HPV-negativ livmoderhalscancer

Vill du bidra till en bättre hälsa för alla?

Att vara doktorand innebär att vara antagen till en utbildning på forskarnivå (forskarutbildning) där man följer en individuell studieplan. En doktorand ägnar sig åt ett forskningsprojekt under handledning, kompletterat med kurser och andra lärandeaktiviteter. För en doktorsexamen krävs motsvarande fyra års utbildning på forskarnivå på heltid.

Forskargruppen

Doktorandtjänsten är placerad i forskargruppen Arroyo Mühr, som är en del av Centrum för eliminering av livmoderhalscancer vid institutionen för klinisk vetenskap, intervention och teknik (CLINTEC), Karolinska Institutet. Gruppen leds av docent Sara Arroyo Mühr och kombinerar molekylärbiologi, bioinformatik och epidemiologi för att studera HPV och cancer. Vi arbetar med kliniska prover och data från hälsoregister för att förstå cancerutveckling och förbättra prevention och tidig upptäckt. Doktoranden kommer att arbeta i en tvärvetenskaplig miljö med nationella och internationella samarbeten.

Doktorandprojektet och doktorandens uppgifter

Doktorandprojektet ingår i det ERC-finansierade forskningsprogrammet ESCAPE-HPV och fokuserar på molekylär karakterisering av HPV-negativ livmoderhalscancer. Nästan all livmoderhalscancer orsakas av humant papillomvirus (HPV), vilket ligger till grund för prevention genom HPV-vaccination och HPV-baserad screening. Trots detta påvisas inte HPV i en mindre andel av tumörerna. Dessa cancerfall kan undgå dagens HPV-baserade preventionsstrategier, och det behövs därför ökad kunskap om hur de uppstår och hur de kan upptäckas och förebyggas.

Målet är att undersöka de biologiska mekanismerna bakom dessa tumörer och identifiera molekylära kännetecken som kan bidra till förbättrad diagnostik och prevention. Projektet kombinerar laboratoriearbete med analys av genomiska, transkriptomiska och epigenetiska data samt kliniska data och registerdata.

Arbetsuppgifterna omfattar:

• Identifiera relevanta cancerfall i hälsoregister samt sammanställa och kvalitetskontrollera kliniska data och registerdata.
• Medverka i utarbetandet av etikansökningar och dokumentation för användning av biologiska prover och tillhörande data.
• Samarbeta med nationella och internationella partners kring tillgång till, överföring och hantering av prover och data.
• Bearbeta biologiska prover, extrahera DNA och RNA samt utföra kvantifiering och kvalitetskontroll.
• Utföra molekylärbiologiska analyser, inklusive PCR, qPCR och HPV-genotypning, samt förbereda sekvenseringsbibliotek.
• Genomföra bioinformatiska analyser av sekvenseringsdata och andra molekylära data.
• Utveckla och tillämpa reproducerbara skript i R och/eller Python för databearbetning, kvalitetskontroll, statistisk analys och visualisering.
• Analysera och integrera molekylära resultat med kliniska data och registerdata.
• Dokumentera metoder och resultat, bidra till vetenskapliga publikationer och presentera arbetet vid seminarier och konferenser.

Både laboratoriearbete och datorbaserad analys är centrala delar av doktorandprojektet. Arbetet omfattar prover och data från Sverige och internationella samarbetspartners. Doktoranden får handledning och metodutbildning av forskargruppen och utvecklar successivt självständighet i att planera, genomföra och tolka forskningsarbetet.

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. På KI får du träffa forskare med olika forskningsinriktningar som jobbar tillsammans. Det är det gränsöverskridande samarbetet som bidrar till KI:s världsledande position inom forskning. Som doktorand erbjuds du ett individuellt forskningsprojekt, en välutbildad handledare, ett stort utbud av valbara kurser och möjligheten att arbeta i en framgångsrik forskargrupp. Karolinska Institutet har samarbeten med framstående universitet över hela världen, vilket ger möjlighet till internationella utbyten. Som anställd doktorand får du en avtalsenlig lön, du får träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar och du får ersättning för läkarvård.

Behörighetskrav för utbildning på forskarnivå

För att delta i urvalet till en doktorandplats måste du styrka både det grundläggande (A) och det särskilda (B) behörighetskravet innan ansökningsperioden stänger.

Det är ditt ansvar som sökande att styrka din behörighet genom att följa instruktionerna på webbsidanBehörighet till utbildning på forskarnivå.

A) Grundläggande behörighetskrav

Du uppfyller det grundläggande behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

• har fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller
• har på annat sätt förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.*

Du uppfyller det särskilda behörighetskravet för utbildning på forskarnivå om du:

- Intygar kunskaper i engelska (motsvarande Engelska B/Engelska 6 vid gymnasiet med godkänt betyg).

Kontroll av dokument Karolinska Institutet gör kontroll av dokumenten för att upptäcka förfalskningar. Karolinska Institutet förbehåller sig rätten att återkalla antagningsbeslut om förfalskningar eller eller oriktigheter påvisas. Inlämnande av falska handlingar är ett brott mot svensk lag och anses vara grund för rättsliga åtgärder.

Färdigheter och personliga egenskaper

Vi söker en engagerad och nyfiken person med ett starkt intresse för cancerforskning, som trivs med att kombinera laboratoriearbete och bioinformatik. Du har god samarbetsförmåga, kommunicerar tydligt och bidrar aktivt till gruppens arbete. Du tar initiativ, tänker kreativt och är öppen för att pröva nya angreppssätt för att lösa vetenskapliga och praktiska problem. Du kan prioritera mellan olika uppgifter och arbeta effektivt i en forskningsmiljö med högt tempo, samtidigt som du är noggrann och värnar om arbetets kvalitet. Du kan planera och organisera ditt arbete, ta ansvar för överenskomna uppgifter och driva dem framåt med successivt ökad självständighet. När problem uppstår undersöker du möjliga orsaker, föreslår lösningar och söker stöd vid behov.

• Relevant utbildningsbakgrund inom molekylärbiologi, biomedicin, bioteknik, bioinformatik eller närliggande område.
• Praktisk erfarenhet av molekylärbiologiskt laboratoriearbete, inklusive noggrann pipettering och hantering av DNA- och/eller RNA-prover.
• Grundläggande erfarenhet av sekvenseringsbaserade metoder och bioinformatisk analys av biologiska data.
• God förmåga att kommunicera muntligt och skriftligt på engelska.

Meriterande

• Erfarenhet av DNA-/RNA-extraktion, PCR, qPCR och kvalitetskontroll av nukleinsyror.
• Erfarenhet av beredning av sekvenseringsbibliotek eller arbete med NGS-plattformar.
• Erfarenhet av analys av genomiska, transkriptomiska eller epigenetiska data.
• Erfarenhet av programmering och dataanalys i R och/eller Python.
• Kunskaper inom cancerbiologi, virologi eller HPV-relaterad forskning.
• Erfarenhet av arbete med tumörprover, FFPE-material eller hälsoregister.
• Erfarenhet av vetenskaplig forskning och presentation av forskningsresultat.
• Medförfattarskap i vetenskapliga publikationer relevanta för projektets forskningsområde.
• Erfarenhet av att presentera forskningsresultat muntligt eller som poster vid vetenskapliga konferenser.

Doktorandplatsen innebär en anställning som doktorand under maximalt 4 år på heltid.

Du söker doktorandplatsen i rekryteringsverktyget Varbi. Använd knappen uppe till höger och följ anvisningarna. Vi ser gärna att din ansökan är skriven på engelska, men det går också bra att ansöka på svenska.

Din ansökan ska innehålla dessa dokument:

- Ett personligt brev och curriculum vitae

- Eventuella examensarbeten och publikationer

- Andra dokument som styrker de ovan efterfrågade färdigheter och egenskaper

- Dokument som styrker det grundläggande behörighetskravet (se A ovan)

- Dokument som styrker det särskilda behörighetskravet (se B ovan)

Urval bland behöriga sökande görs med hänsyn till deras förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildning. En samlad bedömning av de sökandes meriter och lämplighet kommer att göras.

Följande bedömningsgrunder tillämpas vid Karolinska Institutet:

- Dokumenterade ämneskunskaper av betydelse för forskningsområdet

- Analytisk skicklighet

- Övriga dokumenterade kunskaper/erfarenheter som kan ha betydelse för aktuell forskarutbildning

Alla sökanden kommer att få information när rekryteringen är slutförd.

KI tillämpar en lönestege vid lönesättning av doktorander.

Vill du göra skillnad - och bidra till en bättre hälsa för alla? Sök till Karolinska Institutet

Anställningens omfattning

Tillträde

Tillträde Tillträde enligt överenskommelse

Antal lediga befattningar

Sysselsättningsgrad

Referensnummer

Facklig företrädare