Bioinformatiker inom folkhälsa

Folkhalsomyndigheten; Solna kommun; Hybrid; SEK 650,000 - 900,000; Full time

Benefits offered by this job

Distansarbete upp till 40%

Kompetensutveckling

Job summary

Folkhälsomyndigheten söker en erfaren bioinformatiker som utvecklar, automatiserar och produktionssätter analysflöden inom mikrobiell genomik.

Du arbetar i ett tvärvetenskapligt team på Enheten för laboratorieutveckling med fokus på kvalitet, spårbarhet och driftsäkerhet i en ISO- och säkerhetskrav-yr miljö.

Qualifications

• Kandidatnivå utbildning inom bioinformatik/mikrobiologi/molekylär bioteknik eller motsvarande relevans.
• Minst 5 års sammanlagd arbetslivserfarenhet inom bioinformatik med hantering av stora datamängder.
• Erfarenhet av att utveckla bioinformatiska analyser eller analysflöden för biologiska data.
• Programmering i Python, professionell vana.
• Automatisera och produktionssätta bioinformatiska flöden i Linux-miljöer.
• Mycket god engelska i tal och skrift.

Responsibilities

• Utveckla, implementera och förvalta bioinformatiska analysflöden.
• Automatisera beräkningar, lagring, containerisering och driftsättning.
• Samarbeta tvärvetenskapligt med laboratoriepersonal, mikrobiologer och it-specialister.
• Designa och underhåll datahanterings- och visualiseringslösningar.
• Bidra till verksamhetens utveckling genom automation och digitalisering.

Skills

Bioinformatik erfarenhet

Stora datamängder

Python

Linux automatisering

Engelska kommunikation

Education

Kandidatnivå i bioinformatik

Mikrobiologi

Molekylär bioteknik

Tools

Nextflow

Docker

Apptainer

Kubernetes

Kafka

SQL

Parquet

Job description

Folkhälsomyndigheten är en nationell kunskapsmyndighet som arbetar för bättre folkhälsa. Det gör myndigheten genom att utveckla och stödja samhällets arbete med att främja hälsa, förebygga ohälsa och skydda mot hälsohot. Vår vision är en folkhälsa som stärker samhällets utveckling.

Vi söker en erfaren bioinformatiker som ska utveckla, automatisera och produktionssätta bioinformatiska analysflöden. Du blir en del av bioinformatikteamet på Enheten för laboratorieutveckling och arbetar tvärvetenskapligt med utbrottsutredningar, mikrobiologisk övervakning och diagnostik.

Vad ska du jobba med?

En central del av rollen är att utveckla, implementera och förvalta den kod som krävs för att köra bioinformatiska analyser. Arbetet omfattar bland annat automatiserad beräkning och lagring, containerisering av applikationer samt utveckling och underhåll av system för analys av sekvensdata. Du automatiserar och kvalitetssäkrar lösningarna med fokus på driftsäkerhet, reproducerbarhet, skalbarhet och effektivitet.

Du utreder behov och utformar, utvecklar och implementerar bioinformatiska analyser av data från bakterier, virus och parasiter. Analyserna används bland annat vid utredningar av misstänkta eller bekräftade utbrott samt inom mikrobiologisk övervakning och diagnostik. Du arbetar också med att strukturera, bearbeta och visualisera data och bidrar till utvecklingen av datadrivna arbetssätt inom myndigheten.

Vidare samarbetar du nära med laboratoriepersonal, mikrobiologer, it-specialister, systemutvecklare och andra bioinformatiker. Tillsammans arbetar ni med utvecklingsprojekt, forskning och den dagliga verksamheten, där du bidrar med både bioinformatisk och teknisk kompetens.

Vi arbetar agilt i tvärvetenskapliga team och bedriver verksamheten enligt ISO 15189 och ISO 27000-serien, med höga krav på kvalitet, informationssäkerhet och robusta arbetssätt. Hos oss får du möjlighet att kombinera bioinformatik och programmering med ett viktigt samhällsuppdrag, i en miljö som präglas av hög vetenskaplig och teknisk nivå.

Utöver detta ingår även andra sedvanliga arbetsuppgifter för utredare på myndigheten.

Vem söker vi?

Krav För Anställningen

• Akademisk examen på minst kandidatnivå inom bioinformatik, mikrobiologi, molekylär bioteknik eller annat för tjänsten relevant område som myndigheten bedömer som relevant.
• Minst fem års samlad arbetslivserfarenhet inom bioinformatik, där hantering och analys av stora datamängder har varit en väsentlig del.
• Yrkesmässig erfarenhet av att utveckla bioinformatiska analyser eller analysflöden för biologiska data.
• Yrkesmässig erfarenhet av programmering i Python.
• Yrkesmässig erfarenhet av att automatisera och produktionssätta bioinformatiska analysflöden i Linuxbaserade miljöer.
• Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, både i tal och skrift.

Mycket Stor Vikt Läggs Vid

Utöver det ser vi dessa kompetenser, förmågor och erfarenheter som viktiga för att du ska trivas hos oss:

• Personliga egenskaper som god samarbetsförmåga, ansvarstagande, strukturerat arbetssätt och initiativförmåga. Du har ett helhetsperspektiv och ett gott bemötande.
• Gedigen erfarenhet av bioinformatisk analys av sekvenseringsdata (NGS), exempelvis inom mikrobiell genomik eller patogengenomik.
• Omfattande erfarenhet av att utveckla, validera och förvalta bioinformatiska analysflöden i produktion, med Nextflow eller motsvarande ramverk.
• Skicklighet i Python och modern mjukvaruutveckling, inklusive automatiserad testning och versionshantering.
• Förmåga att bedöma datakvalitet och om analysresultaten är biologiskt rimliga.
• Pedagogisk förmåga att förklara det egna expertområdet för både tekniska och icke-tekniska målgrupper.

Stor Vikt Läggs Vid

• Erfarenhet av att automatisera test och leverans av analysflöden med CI/CD (helst GitLab CI) samt av containerisering med Docker eller Apptainer.
• Erfarenhet av att utveckla och förvalta händelsestyrda mikrotjänstsystem, exempelvis med Kafka, SQL-databaser och API:er, som stödjer provhantering, dataflöden och körning av analysflöden med spårbarhet från prov till analysresultat.
• Erfarenhet av HPC-miljöer och jobbschemaläggare, exempelvis Slurm, samt av storskaliga beräkningsflöden.
• Erfarenhet av att tillämpa informationssäkerhet vid hantering av känsliga data och vid utveckling av programvara.
• Erfarenhet av att använda AI-baserade verktyg, inklusive stora språkmodeller, vid utveckling av programvara eller analysflöden, samt förmåga att bedöma verktygens resultat och risker.

Vikt Läggs Vid

• Erfarenhet av att arbeta i kvalitetssäkrad eller reglerad verksamhet, exempelvis enligt ISO 15189, inklusive validering av analysmetoder.
• Erfarenhet av nf-core-standarder och nf-test.
• Erfarenhet av att strukturera, lagra och leverera data med exempelvis Parquet, SQL- eller NoSQL-databaser samt S3-kompatibel objektlagring.
• Erfarenhet av att driftsätta containerbaserade tjänster, exempelvis med Kubernetes, samt av infrastruktur som kod.

Vad gör enheten?

Enheten för laboratorieutveckling ansvarar för metodutveckling, kvalitetssäkring och expertstöd inom sekvenseringsbaserad mikrobiologisk analys. Verksamheten omfattar drift, utveckling och förvaltning av laboratoriemetodik, analysinstrument, sekvenseringsplattformar samt bioinformatiska analysflöden och tillhörande it-system.

Enheten utför analyser av smittämnens arvsmassa som stöd för mikrobiologisk diagnostik, smittövervakning och utredningar. Arbetet innefattar även datahantering, bioinformatisk analys och visualisering.

Enheten är en service- och stödfunktion för hela avdelningen och bidrar till verksamhetens utveckling genom automatisering, digitalisering och kunskapsbaserad metodutveckling. I uppdraget ingår även beredskapsstöd, utbildning, omvärldsbevakning, forskningssamverkan, metodstöd till kliniska mikrobiologiska laboratorier samt deltagande i nationella och internationella samarbeten och projekt.

Hur är det att jobba på Folkhälsomyndigheten?

Vi erbjuder utvecklande arbetsuppgifter där du kan påverka och göra skillnad. Oavsett vad du jobbar med är du med och bidrar till samhällsnytta. Det gör du tillsammans med engagerade och kompetenta kollegor i stimulerande samarbeten. Folkhälsomyndigheten är en arbetsplats som strävar efter att ge lika möjligheter till alla och att vara fri från diskriminering. Myndigheten har sin verksamhet i Solna och Östersund.

Medarbetarskap och kultur på Folkhälsomyndigheten

Om anställningen

Du kommer att anställas som utredare med placering på vårt kontor i Solna. Anställningen är en tillsvidareanställning på heltid som inleds med sex månaders provanställning. Tillträde sker 2027-01-01 eller senare enligt överenskommelse.

Som anställd vid Folkhälsomyndigheten kan du komma att bli krigsplacerad. Vissa tjänster är placerade i säkerhetsklass där svenskt medborgarskap kan vara ett krav. Säkerhetsprövning kommer då genomföras i enlighet med Säkerhetsskyddslagen (2018:585).

På myndigheten kan det finnas möjlighet att teckna överenskommelse om distansarbete upp till 40 procent av din arbetstid.

Är du intresserad?

Vill du veta mer om anställningen är du välkommen att kontakta enhetschef Maria Lind Karlberg, telefon [phone].

Fackliga företrädare är för SACO Susanne Fridh, telefon [phone], och för OFR/S Mathilde Rehnlund, telefon [phone].

Läs mer om hur det är att jobba hos oss