Bioinformatiker

Karolinska Institutet; Solna kommun; Hybrid; SEK 520,000 - 760,000; Full time

Job summary

Karolinska Institutet söker en bioinformatiker som kan leda beräkningsbaserad analys av RNA-sekvenseringsdata inom Spalding-laboratoriet.

Du kommer att samarbeta nära experimentella forskare för att koppla molekylära mönster till biologiska mekanismer och bidra till reproducerbarhet och öppen vetenskap i forskning om fettvävnad och metabola sjukdomar.

Qualifications

• Doktorsexamen i bioinformatik eller motsvarande vetenskaplig kompetens.
• Expertis inom analys av encells-RNA-transkriptomikdata är ett krav.
• Erfarenhet av andra omikdataset (proteomik, lipidomik, metabolomik) meriterande.

Responsibilities

• Utveckla och underhålla robusta och reproducerbara arbetsflöden för bulk-, encells- och små-RNA-sekvenseringsdata.
• Utforska komplexa dataset för att identifiera transkriptionsprogram, cellulära tillstånd och mekanismer av betydelse för adipocytbiologi, senescens, inflammation och metabol dysfunktion.
• Samarbeta nära med experimentella forskare för att säkerställa att analysmetoderna är väl anpassade till försöksdesignen och den biologiska kontexten.
• Bidra intellektuellt till projektstrategi, datatolkning och formulering av nya forskningsfrågor.
• Skriva och bidra till vetenskapliga manuskript, översiktsartiklar, figurer och forskningsansökningar.

Skills

RNA-seq-analys

Beräkningsbiologi

Engelska kommunikation

Education

Doktorsexamen i bioinformatik eller motsvarande

Tools

Snakemake

Git

Nextflow

R

Python

Job description

Vill du bidra till medicinsk forskning av toppkvalitet?

Institutionen för cell- och molekylärbiologi (CMB) är belägen i den nya Biomedicum-byggnaden vid Karolinska Institutet. Biomedicum är en toppmodern forskningsmiljö med fokus på avancerad experimentell forskning inom olika områden av cell- och molekylärbiologi. Spalding-laboratoriet arbetar med grundläggande frågeställningar inom human fettvävsbiologi och använder innovativa tekniker såsom encellssekvensering, radiokoldatering, konfokalmikroskopi och flödescytometri. Laboratoriets fokus på grundforskning, i kombination med starka kliniska samarbeten och omfattande erfarenhet av arbete med humana prover, ger den framgångsrika kandidaten möjlighet att bli en del av ett translationellt forskningsteam som arbetar med att möta verkliga hälsoutmaningar, särskilt inom fetma och relaterade samsjukligheter.

Beskrivning av ämnesområdet

Fetma är en stor global hälsoutmaning och en viktig riskfaktor för metabola sjukdomar, kardiovaskulär dysfunktion och cancer. En central obesvarad fråga är hur humana adipocyter, både i friska och dysfunktionella tillstånd, bidrar till metabol försämring och ombyggnad av fettvävnaden. De senaste framstegen inom transkriptomik möjliggör nu mer djupgående studier av adipocyttillstånd, senescens, inflammation och metabol dysfunktion.

Tjänsten befinner sig i gränslandet mellan beräkningsbiologi, molekylärbiologi och forskning om human fettvävnad och stödjer projekt som syftar till att förstå hur adipocyter bidrar till sjukdomsutveckling och hur komplexa dataset kan identifiera nya terapeutiska möjligheter.

Som bioinformatiker i Spalding-laboratoriet kommer du att ha en ledande roll i den beräkningsbaserade analysen, tolkningen och integreringen av högdimensionella RNA-baserade dataset som genereras inom gruppen. Du kommer att arbeta nära experimentella forskare för att utforma analyser som kopplar molekylära mönster till biologiska mekanismer, med starkt fokus på reproducerbarhet, transparens och biologisk förståelse.

Dina arbetsuppgifter omfattar:

• Utveckla och underhålla robusta och reproducerbara arbetsflöden för bulk-, encells- och små-RNA-sekvenseringsdata.
• Utforska komplexa dataset för att identifiera transkriptionsprogram, cellulära tillstånd och mekanismer av betydelse för adipocytbiologi, senescens, inflammation och metabol dysfunktion.
• Samarbeta nära med experimentella forskare för att säkerställa att analysmetoderna är väl anpassade till försöksdesignen och den biologiska kontexten.
• Bidra intellektuellt till projektstrategi, datatolkning och formulering av nya forskningsfrågor.
• Skriva och bidra till vetenskapliga manuskript, översiktsartiklar, figurer och forskningsansökningar.
• Ge råd, utbilda och handleda studenter och postdoktorer i beräkningsbaserade metoder.
• Stödja implementeringen av bästa praxis för versionshantering, hantering av arbetsflöden och reproducerbarhet.

Kvalifikationer

För att vara behörig för anställning som bioinformatiker ska den sökande ha doktorsexamen (eller motsvarande vetenskaplig kompetens) och dokumenterad skicklighet inom beräkningsbiologi.

Expertis inom analys av encells-RNA-transkriptomikdata är ett krav, och erfarenhet av andra omikdataset (proteomik, lipidomik, metabolomik) är meriterande.Mycket god förmåga att kommunicera på engelska, i tal och skrift, samt förmåga att samarbeta effektivt med laboratorieforskare är ett krav.

• Dokumenterad erfarenhet av analys av storskaliga biologiska dataset (t.ex. scRNA-seq, whole-cell RNA-seq, miRNA-seq och små-RNA-sekvensering).
• Stark statistisk och beräkningsmässig analytisk förmåga, inklusive erfarenhet av att hantera biologiska data som är icke-standardiserade eller innehåller mycket brus.
• Dokumenterad förmåga att bygga reproducerbara pipelines och strukturera komplexa beräkningsprojekt.

Meriterande:

• Goda kunskaper i R och/eller Python.
• Erfarenhet av verktyg för hantering av arbetsflöden (Snakemake, Nextflow) och versionshantering (Git).
• Erfarenhet av transkriptomik inom metabolism, fetma eller närliggande områden.
• Erfarenhet av att integrera multiomikdata eller samarbeta med experimentella biologer (inklusive erfarenhet av arbete med metabolomik-, proteomik- och lipidomikdata).

En kreativ, internationell och inspirerande miljö fylld av kompetens och nyfikenhet. Karolinska Institutet är ett av världens ledande medicinska universitet. Vår vision är att driva utvecklingen av kunskap om livet och verka för en bättre hälsa för alla. Här bedriver vi framgångsrik medicinsk forskning och har det största utbudet av medicinska utbildningar i Sverige. Som universitet är Karolinska Institutet en statlig myndighet. Det gör att du får goda förmåner genom vårt kollektivavtal.Medarbetare på KI erbjuds också möjlighet till ett flexibelt arbetssätt. Det innebär att om den verksamhet du jobbar i tillåter, så kan du arbeta en del av din arbetstid på distans. Du får även träna fritt i våra moderna friskvårdsanläggningar där utbildad personal finns på plats.

Ansökan

KI tillämpar individuell och differentierad lönesättning enligt våra kollektivavtal RALS och RALS-T.

Vid tillsvidareanställning tillämpar Karolinska Institutet 6 månaders provanställning.