Bioinformatician with focus on research support within image analysis

Uppsala Universitet; Uppsala kommun; On-site; SEK 550,000 - 750,000; Full time

Job summary

Uppsala universitet söker en bioinformatiker med inriktning mot forskarstöd inom bildanalys. Anställningen är tillsvidare med sex månaders provanställning och placering i Uppsala.

Du kommer att utveckla och anpassa verktyg för kvantitativ bildanalys av mikroskopidata och leda storskaliga analyser med DL och GPU‑kluster, samt organisera workshops och forskarstöd för svenska forskare.

Qualifications

• Doktorsexamen inom digital bildanalys eller närliggande område.
• Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder.
• Erfarenhet av att tillämpa, förbättra och träna djupinlärningsmetoder (DL) samt användning av GPU-HPC-kluster.

Responsibilities

• Utveckla och anpassa bildanalysverktyg för kvantitativ analys av mikroskopidata.
• Storstorleksanalys baserad på maskininlärning och djupinlärning/AI.
• Anordna användarmöten samt kurser/workshops inom digital bildbehandling och bildanalys.

Skills

Programming experience

DL methods

GPU-HPC

Tool development

English

Education

Doktorsexamen inom bildanalys

Tools

Bildanalysverktyg

Job description

Bioinformatiker med inriktning mot forskarstöd inom bildanalys

Uppsala universitet, Institutionen för informationsteknologi

Institutionen för informationsteknologi har en ledande ställning inom både forskning och utbildning på alla nivåer. Vi är i dagsläget Uppsala universitets tredje största institution, har cirka 350 anställda, varav 120 lärare och 120 doktorander. Omkring 5 000 studenter läser en eller flera kurser vid institutionen varje år. Du hittar mer information om oss på Institutionen för informationsteknologis webbplats.

Inom BIIF erbjuder vi forskarstöd och kurser inom digital bildbehandling och bildanalys för tillämpningar inom life science.

BIIF är en del av NBIS – 120 experter som erbjuder avancerat bioinformatikstöd, infrastruktur och utbildning till den svenska life science-forskningen – samt en del av Science for Life Laboratory ( SciLifeLab ) – ett nationellt centrum för molekylär biovetenskaplig forskning med fokus på hälso- och miljöforskning. Vår arbetsmiljö är avdelningen Vi3 vid Institutionen för informationsteknologi, som samlar en unik kombination av kompetens inom datoriserad bildbehandling, människa-datorinteraktion och datavetenskaplig utbildning.

Arbetsuppgifter

Vi söker en bioinformatiker med ett starkt intresse för att utveckla, implementera och anpassa bildanalysverktyg för kvantitativ analys av mikroskopidata. Stort fokus ligger på storskalig analys baserad på maskininlärning, djupinlärning/AI, samt hantering och analys av stora 3D-mikroskopidata. Du kommer att arbeta med kortare och längre projekt samt erbjuda forskarstöd till forskare i Sverige. Anställningen innefattar även arbetsuppgifter i form av att anordna användarmöten samt kurser/workshops inom digital bildbehandling och bildanalys med tillämpningar inom life science.

Kvalifikationskrav

Du ska ha doktorsexamen inom digital bildanalys/bildbehandling eller motsvarande, alternativt inom bioinformatik/biomedicin/biologi eller motsvarande. Dokumenterad erfarenhet av programmering och utveckling av digitala bildanalysmetoder inom området bioimage analysis är ett krav. Detta innefattar hantering och analys av stora 3D-mikroskopidata, erfarenhet av att tillämpa, förbättra och träna om djupinlärningsmetoder (DL) samt användning av GPU-HPC-kluster. Erfarenhet av att bygga verktyg och leverera dem till forskare är ett krav. Mycket god kommunikationsförmåga i engelska, både i tal och skrift, är ett krav.

Önskvärt/meriterande

Erfarenhet av att erbjuda stöd inom bildanalys till andra forskare är meriterande. Erfarenhet av att hålla workshops samt handledning av masterstudenter är också meriterande.

Om anställningen

Anställningen är en tillsvidareanställning med sex månaders provanställning. Omfattning 100 %. Tillträde 1 januari 2027 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala.

För ytterligare information om anställningen, vänligen kontakta:

Anna Klemm, [e-mail] eller Carolina Wählby, [e-mail].

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 500 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Fackliga företrädare:

Saco-S - [e-mail], Seko - [e-mail], ST (OFR/S) - [e-mail]