El Servei d'Anatomia Patològica té la funció de diagnosticar les mostres de teixits i citologies realitzades a la Fundació Salut Empordà i als centres associats. L'equip està format per tècnics superiors d'Anatomia Patològica, citotècnics i metges especialistes en Anatomia Patològica. Els metges patòlegs tenen un coneixement extens en pràctica de la majoria d'òrgans, estan formats en Anatomia Patològica general i tenen especialització en àrees específiques, permetent diagnòstics en pràcticament totes les especialitats. El servei disposa d'un ampli catàleg de tincions histoquímiques i immunohistoquímiques.
Els membres del servei participen en comissions i comitès assistencials, i col·laboren en la formació pràctica de tècnics superiors d'Anatomia Patològica.