Ingénieur de recherche biologiste en analyse de données- AFZOONS_(H/F)

Université de Perpignan, UPVD, France; Perpignan; Sur place; EUR 40 000 - 60 000; Plein temps

Résumé du poste

Une université de recherche recherche un post-doctorant en biologie pour analyser des échantillons de schistosomiases zoonotiques. Le candidat doit posséder un doctorat en biologie évolutive et avoir une expertise en bio-informatique. Les responsabilités incluent l'analyse de données génomiques et des missions potentielles en Afrique. Ce poste offre une rémunération compétitive et un environnement de travail dynamique.

Prestations

57 jours de congés annuels

Intégration dans une équipe pluridisciplinaire

Qualifications

• Docteur en biologie requis.
• Expérience en bio-informatique appliquée à la génomique.
• Connaissances en génétique et/ou génomique des populations.

Responsabilités

• Préparation des échantillons pour le séquençage.
• Analyser des données génomiques issues du séquençage.
• Contribuer à l'analyse de données de transcriptomique.

Connaissances

Bio-informatique

Analyse de données

Communication scientifique

Formation

Doctorat en biologie évolutive

Outils

Cluster de calcul

Environnement Galaxy

Description du poste

À propos de nous

L’UPVD est une université pluridisciplinaire favorisant l’égalité des chances, avec un fort ancrage territorial en Occitanie Pyrénées-Méditerranée : 4 sites à Perpignan et 4 autres dans les Pyrénées-Orientales (Canet, Tautavel et Font-Romeu, Port-Vendres), 3 sites dans l’Aude (2 à Narbonne et 1 à Carcassonne) et deux sites délocalisés à Paris et au Maroc. Comptant environ 9500 étudiants dont 350 doctorants, l’UPVD emploie près de 450 personnels enseignants-chercheurs et enseignants, 400 personnels administratifs et techniques et plus de 600 vacataires. L’université compte 5 facultés et 3 instituts. Forte de ses 17 laboratoires dont beaucoup sont liés à des instituts nationaux (ex. CNRS), de ses deux fédérations de recherche, de ses écoles doctorales, l’UPVD est en pointe sur les enjeux sociétaux actuels, notamment la transition écologique, la biodiversité et l’adaptation des plantes aux changements climatiques. Ses axes de recherche concernent plus généralement le monde du vivant, les sciences et techniques, les lettres et sciences humaines mais également le droit, les sciences économiques et le management. L’UPVD compte également une Fondation Universitaire.

Mission

Schistosomiases zoonotiques en Afrique: changement de paradigme – AfZoonS

La schistosomiase (ou bilharziose) est une maladie parasitaire due à des vers plats du genre Schistosoma. Elle touche plus de 200 millions de personnes dans le monde et constitue un problème de santé publique majeur, avec des conséquences sanitaires, sociales et économiques importantes. Transmise par contact avec de l’eau douce infestée de larves libérées par des mollusques (hôtes intermédiaires), elle affecte principalement les populations rurales des zones tropicales et subtropicales. L’infection chronique entraîne des atteintes urinaires (sang dans les urines, fibrose vésicale) ou intestinales/hépatiques (diarrhées, hémorragies, fibrose hépatique, hypertension portale) selon les espèces de parasites. La lutte contre la schistosomiase repose principalement sur l’utilisation d’une seule molécule anti-helminthique : le praziquantel. Cette stratégie est mise en œuvre par des campagnes de traitement de masse ciblant les écoliers. Un écueil majeur est qu’elle ignore les réservoirs qu’ils soient humains (les adultes ou les enfants non scolarisés) ou animaux.

Depuis l’émergence de cette maladie en Corse du Sud et l’identification d’un pathogène hybride entre un parasite de l’Homme et un parasite de l’animal (bétail et rongeur) les craintes de transmission zoonotiques sont légitimement apparues. Ces parasites hybrides ont été détectés chez l’Homme dans tous les pays africains où ils ont été recherchés (Sénégal, Mali, Côte d’Ivoire, Bénin, Cameroun…). Chez l’animal, ils ont été identifiés chez les rongeurs (Sénégal et au Bénin) et chez les bovins (Malawi, Bénin). Le projet ANR AfzoonS (AFrican ZOONotic Schistosomiasis: a paradigm shift) vise à étudier cette transmission potentiellement zoonotique dans le village de Kessounou, au sud du Bénin, où des parasites hybrides ont été retrouvés simultanément chez l’Homme, les bovins et les rongeurs. Des parasites issus de chaque hôte seront soumis à une analyse de génomique des populations par séquençage RADseq (Restriction site Associated DNA sequencing). L’objectif sera d’analyser la dynamique et les flux de genes entre parasites échantillonnés dans les différents compartiments : homme, rongeurs et bovins. In fine, ces données de polymorphisme issues des parasites échantillonnés chez l’homme seront mises en relation avec la sévérité de la maladie.

Le(la) post-doctorant(e) / ingénieur(e) de recherche recruté(e) aura pour objectif de réaliser la préparation des échantillons pour le séquençage (extraction d’ADN et construction des banques RAD) ainsi que l’analyse des données génomiques issues du séquençage haut débit (assemblage des données et alignement sur génome de référence ; appel de variants (SNP, Indels) ; calcul d’indicateurs du polymorphisme génétique ; délimitation des groupes génétiques, etc).

La personne recrutée pourra également travailler sur d’autres données de génomique des populations déjà disponibles au laboratoire.

La personne sera également amenée à contribuer à l’analyse de données de transcriptomique de parasites obtenues à partir d’infections expérimentales. Des missions de terrain, en Afrique, pourront être réalisées.

LIEN : https://anr.fr/Projet-ANR-24-CE35-6032

Activités

• Mener des analyses de génomique des populations, depuis la préparation des banques jusqu’aux analyses populationnelles
• Développer et/ou utiliser des pipelines bio-informatiques pour l’analyse de grands jeux de données de RADseq et de transcriptomique
• Mettre en œuvre des analyses statistiques et populationnelles
• Rédiger des publications scientifiques et contribuer à la valorisation des résultats (communications orales, congrès internationaux, collaborations).
• Encadrer ponctuellement des étudiants de Master et participer aux activités collectives de l’équipe.

Environnement et Contexte de travail

• Encadrement : L’encadrement sera assuré par Jérôme Boissier (Pr UPVD) et Eve Toulza (MCF UPVD)
• Contraintes : Missions de terrain en Afrique

Profil

Date de clôture des candidatures : 30 novembre 2025

Prise de poste : 5 janvier 2026

Docteur en biologie

Contrat de travail à durée déterminée, selon le profil du candidat retenu :

• Ingénieur de recherche biologiste en analyse de données (A1A41), ou
• contrat post-doctoral

Connaissances

• Doctorat en biologie évolutive, génomique des populations, bio-informatique, ou disciplines connexes.
• Bonnes connaissances en génétique et/ou génomique des populations.

Savoir-faire

• Solide expérience en bio-informatique appliquée à la génomique (utilisation d’un cluster de calcul et/ou environnement Galaxy, analyse de séquences, pipelines de traitement de données, statistiques associées).
• Une expérience sur des jeux de données RAD serait un fort atout
• Une expérience de l’analyse de données fonctionnelles (transcriptomique, génomique) serait un plus.

Savoir Être

• Capacité à travailler en autonomie, tout en intégrant une équipe pluridisciplinaire.
• Excellentes compétences en communication scientifique écrite et orale (anglais indispensable).

Temps de travail

Le protocole sur le temps de travail en vigueur à l’UPVD prévoit un temps de travail effectif de 37h30 hebdomadaires et 57 jours de congés annuels.

Rémunération

La nature du contrat de travail conclu sera conditionnée par des caractéristiques spécifiques au candidat retenu :

1/ si le candidat remplit les critères requis, un contrat post doctoral sera signé.

rémunération brute fixée par décret 2 385€

2/ Sinon, Il S'agit D'un Contrat De Travail, De Type Contrat De Projet Rémunéré En Fonction De La Grille De Rémunération Des IGR 1er Échelon, INM 465 Exclusivement

1ère année, rémunération brute 2 310 €

2ème année , rémunération brute 2 487 €

Conditions de diplôme

Niveau 8

Référence de l'offre : xveg3ddhcq