Senior Bioinformatics Software Engineer

F. Hoffmann-La Roche Gruppe; Mississauga; On-site; CAD 80,000 - 110,000; Full time

Job summary

Une entreprise pharmaceutique internationale recherche un bioinformaticien pour concevoir et optimiser des pipelines de données de séquençage. Le candidat idéal a un master en informatique et 5 ans d'expérience en orchestration de workflows, ainsi qu'une connaissance des technologies Docker et des environnements HPC. Ce poste est basé à Mississauga, Canada et n'inclut pas de bénéfices de relocalisation.

Qualifications

• 5+ années d'expérience dans des environnements cliniques, académiques ou industriels.
• Connaissance experte des outils d'orchestration de workflows modernes.
• Expérience en développement de logiciels, respect des meilleures pratiques.

Responsibilities

• Concevoir et automatiser des pipelines pour des données de séquençage.
• Maintenir des architectures de flux de données adaptées.
• Collaborer avec des équipes interdisciplinaires pour soutenir la découverte scientifique.

Skills

Orchestration de workflows modernes

Compétences en Python

Technologies de containerisation (Docker)

Optimisation des pipelines de données

Expérience avec les systèmes HPC

Education

Master en Informatique, Bioinformatique ou Data Engineering

Tools

Apache Airflow

Nextflow

HPC Job Schedulers (LSF, SLURM, SGE)

Job description

Chez Roche, vous pouvez être vous-même et être apprécié pour les qualités uniques que vous apportez. Notre culture encourage l'expression personnelle, le dialogue ouvert et les connexions authentiques, où vous êtes valorisé, accepté et respecté pour ce que vous êtes, vous permettant de prospérer tant personnellement que professionnellement. Voici comment nous visons à prévenir, arrêter et guérir les maladies et à garantir à chacun l'accès aux soins de santé aujourd'hui et pour les générations à venir. Rejoignez Roche, où chaque voix compte.

La position

A healthier future. It’s what drives us to innovate. To continuously advance science and ensure everyone has access to the healthcare they need today and for generations to come. Creating a world where we all have more time with the people we love. That’s what makes us Roche

We are seeking a talented and highly motivated Bioinformatics Software Engineer with extensive experience in building, optimizing, and maintaining large-scale sequencing data pipelines. You will join a dynamic team supporting scientists and clinicians with robust, scalable, and reproducible workflows for DNA and RNA sequencing data analysis, leveraging best-in-class workflow management, containerization, and HPC/cloud computing technologies.

The Opportunity:

• You will design, implement, and productionize a suite of automated pipelines for high-throughput sequencing data, enabling the rapid and reliable delivery of insight from raw data to actionable biological results.
• You will evaluate, refine, and maintain dataflow architectures and ensure their seamless operation across a variety of computational environments.
• You are an expert in modern workflow orchestration (such as Apache Airflow and Nextflow), containerization (Docker), and the optimized use of HPCs and cloud resources.
• You will collaborate with interdisciplinary teams of software engineers, bioinformaticians, and data scientists to deliver robust pipelines and tools that empower scientific discovery and support critical business objectives.

Who you are

• Master’s degree in Computer Science, Bioinformatics, Data Engineering, or related fields with 5+ years of relevant experience in clinical, academic, or industry settings.
• Expert knowledge and experience with modern workflow orchestration tools (e.g., Apache Airflow, Nextflow) for deploying and maintaining pipelines in HPC and cloud environments.
• Proficient in Docker or similar containerization technologies for creating reproducible and portable workflows.
• Strong experience with HPC job schedulers (LSF, SLURM, SGE) and optimizing data pipelines for scalability, resource utilization, and throughput.
• Skilled in Python for tool development and C/C++ for performance-critical components; familiarity with genomic data pipelines and file formats (e.g., FASTQ, BAM, VCF) is a plus.
• Experienced in the full software development lifecycle, adhering to best practices like version control, CI/CD, and code reviews.
• Adept at breaking down technical problems into modular solutions and working collaboratively in fast-paced, multi-project environments, with excellent communication and documentation skills.

Relocation benefits are not available for this posting.

Qui nous sommes

Un avenir plus sain nous pousse à innover. Ensemble, plus de 100 000 employés à travers le monde sont dédiés à faire progresser la science et à garantir à chacun l'accès aux soins de santé aujourd'hui et pour les générations à venir. Nos efforts aboutissent à plus de 26 millions de personnes traitées avec nos médicaments et plus de 30 milliards de tests réalisés avec nos produits de Diagnostique. Nous nous encourageons mutuellement à explorer de nouvelles possibilités, à favoriser la créativité et à conserver nos grandes ambitions, afin de fournir des solutions de santé qui changent des vies et ont un impact mondial.

Construisons ensemble un avenir plus sain.

Roche est un employeur offrant l'équité en matière d'emploi.